docker-singularity方法安装可随意移植的cp2k

flyingchow · 发表于 Post on 2021-10-25 01:10:17

asd9998876 发表于 2021-10-21 11:57
请教一下，服务器的指令集查看只有AVX的，这种能用docker进行编译吗之前toolchain的方法好像和指令集没有关 ...

我试过从avx2的机器里做的docker文件，转成sif后传到只有avx的机器里编译，编译会报错，显示"core dumped"。

xujc1983 · 发表于 Post on 2021-10-26 13:27:31

遇到这种情况，恳请楼主是哪里的问题？没找到哪里设置这个maxtasks

xujc1983 · 发表于 Post on 2021-10-26 14:35:30

xujc1983 发表于 2021-10-26 13:27
遇到这种情况，恳请楼主是哪里的问题？没找到哪里设置这个maxtasks

自己发帖，自己回了

参照https://www.cp2k.org/dev:regtesting里的说明，先进到psmp的目录下，后面执行do_regtest的语句抄上，后面的参数选项那里加上了“ -maxtasks 4 ”，然后就可以测试了

ggdh · 发表于 Post on 2021-10-26 22:17:01

djjj148 发表于 2021-10-23 08:00
这应该是singularity的挂载问题，我在手册上瞟到过，应该是用--bind参数可以指定挂载目录。

感谢大佬提示，
最后的脚本里面singularity后面加个选项--bind "/home:/home" 就搞定了

xzysooyoung · 发表于 Post on 2021-10-28 00:41:45

请问老师，如果版本再次更新，怎么样把现在使用的8.2版本彻底删除呢？

djjj148 · 发表于 Post on 2021-10-28 08:38:29

xzysooyoung 发表于 2021-10-28 00:41
请问老师，如果版本再次更新，怎么样把现在使用的8.2版本彻底删除呢？

singularity cache clean -f
docker image rm -f [Image_ID]
其他都是常规能看到的文件/目录，看着删除即可

xzysooyoung · 发表于 Post on 2021-10-28 17:59:46

请问楼主，百度网盘密码是什么？谢谢

djjj148 · 发表于 Post on 2021-10-29 07:31:14

jitou11 发表于 2021-10-28 19:28
最近按着您的教程走了一遍，到最后在容器外运行的时候有一些问题。
在容器外您写了一个脚本，最关键的部分 ...

1. 在容器外安装intel全家桶并在提交脚本里source
2. cpu_cores改为机器的物理核心就可以了

snljty · 发表于 Post on 2021-10-29 09:22:43

jitou11 发表于 2021-10-29 09:03
但是我感觉既然容器内有mpi了就没必要在容器外再装一个mpi了。
我想知道如何在容器内设置并行的线程 ...

说一个小问题，mpi是进程级并行，不是线程级。可以参考这个https://www.zhihu.com/question/25532384。

djjj148 · 发表于 Post on 2021-10-29 14:57:53

本帖最后由 djjj148 于 2021-10-29 15:13 编辑

jitou11 发表于 2021-10-29 09:03
但是我感觉既然容器内有mpi了就没必要在容器外再装一个mpi了。
我想知道如何在容器内设置并行的进程 ...

不建议这么搞，如果你坚持。。。
singularity exec /opt/cp2k82.sif mpirun -np ${cpu_cores} cp2k.popt cp2k.inp 1>cp2k.out 2>cp2k.err

自行搜索singularity的主流用法和测试后就知道为什么

abin · 发表于 Post on 2021-10-29 16:45:03

【秒换系统 | Switch Linux OS Instantly-哔哩哔哩】https://b23.tv/kGFqbJ

不仅是可以用来做应用，
也可以是瞬间可变的各种系统。

仅供参考。

djjj148 · 发表于 Post on 2021-10-30 13:39:07

本帖最后由 djjj148 于 2023-7-24 17:05 编辑

jitou11 发表于 2021-10-30 11:16
昨天测试了，能跑，就是很慢。同样的输入文件我直接跑几分钟就完了，
这样加mpirun几分钟还没跑完一 ...

这两种跑法我之前就实测过，为了严谨回复你，我刚才又测了一遍，结果就是：两者运行效率的差距可以忽略。你如果运行慢甚至比你自己做的VM虚拟机还慢的话就是你自己配置的问题。

wth1219 · 发表于 Post on 2021-10-30 23:12:35

“把这个sif文件复制到任何机器上，只要CPU的最高指令集一致，都可以运行，且运行速度不会受到丝毫影响。”

楼主您好，咨询一下实际读取用sif文件开展CP2K计算的机器应该也需要安装singularity罢？是否需要安装docker呢？谢谢！

djjj148 · 发表于 Post on 2021-10-31 08:08:09

wth1219 发表于 2021-10-30 23:12
“把这个sif文件复制到任何机器上，只要CPU的最高指令集一致，都可以运行，且运行速度不会受到丝毫影响。” ...

需要singularity，不需要docker了

wth1219 · 发表于 Post on 2021-10-31 09:43:37

djjj148 发表于 2021-10-31 08:08
需要singularity，不需要docker了

收到，谢谢！

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