基于Gaussian FCHT计算分解重组能和计算Huang-Rhys因子的Python小脚本

HONEYJ · 发表于 Post on 2022-5-17 22:32:10

老师，g16 B01是不支持这个吗,我按照老师的输入文件写结果会出现输入错误。
FileIO operation on non-existent file.
FileIO: IOper= 2 IFilNo(1)=-40770 Len= 0 IPos= 0 Q= 47886111111392
Error termination in NtrErr:
NtrErr Called from FileIO.

HONEYJ · 发表于 Post on 2022-5-18 10:24:13

老师，您好，我尝试用您方法做oniom模型的频率的分解，但是在运行python脚本时会出现IndexError: list index out of range。在产生log文件的时候会有Overlap in IMove的报错，还请老师帮忙看一下。文件较大，放网盘了链接：https://pan.baidu.com/s/1-qclyO-h7hbh6BVV_2zdSA?pwd=mkxx 提取码：mkxx

Kalinite · 发表于 Post on 2022-5-18 21:17:41

HONEYJ 发表于 2022-5-18 10:24
老师，您好，我尝试用您方法做oniom模型的频率的分解，但是在运行python脚本时会出现IndexError: list inde ...

16楼的报错大概率与chk有关，缺少了某些信息，G16 B.01是支持这么做的。不过看来这个问题已经解决了。
17楼的报错可能是因为匹配原子顺序的问题，另外你用的是oniom，这个有没有可能会引起一些其他的问题我没有试过，如果确定原子顺序没有问题的话，建议问问Gaussian中文支持。
我看了你的log文件，频率输出部分的原子序号是478-530，这应该是high layer部分的输出，共159个振动模式。然而脚本会读取"Deg. of freedom"来判断振动模式个数，即全部4737个振动模式，故执行脚本时索引序号超出上限报错。解决这一问题或可参考手册freq部分有关layer=real的说明，或者手动将输出文件中自由度改为159。Gaussian已经正常输出了Duschinsky矩阵，但是没有给出Huang-Rhys因子，这可能是因为计算的位移矢量是根据全部结构计算的，但力常数只有high layer部分。

HONEYJ · 发表于 Post on 2022-5-19 09:27:10

Kalinite 发表于 2022-5-18 21:17
16楼的报错大概率与chk有关，缺少了某些信息，G16 B.01是支持这么做的。不过看来这个问题已经解决了。
1 ...

谢谢老师您的指导，我按照老师说的几个思路尝试解决一下，非常感谢！！！

望月凝香 · 发表于 Post on 2022-7-29 07:13:40

我使用主楼提供的计算脚本试图产生一个分子的HuangRhys因子的时候，反复发生out_of_memory失败。请问可以提供一下建议的内存使用级别吗？
计算的分子是仅包含CNHO的有机小分子，含H在内90个原子。
已经在pbe0/def2sv下opt td了S1和T3（目前我感兴趣的态），并分别作为initial.chk final.chk代入到计算
目前尝试过nproc=16, mem=16g和nproc=16, mem=160g，都报错。

billyguo6 · 发表于 Post on 2022-7-30 17:02:27

望月凝香发表于 2022-7-29 07:13
我使用主楼提供的计算脚本试图产生一个分子的HuangRhys因子的时候，反复发生out_of_memory失败。请问可以提 ...

nproc=16 mem=400MW试试？

Jesse · 发表于 Post on 2022-8-17 12:00:30

老师您好我使用您的python脚本提取出了相对应的数据，但是并不清楚每一列数据的意义。我想做一个像文献里的图（Adv. Mater. 2021, 33, 2105999）

烦请您指点我应该如何作图分析重组能，谢谢
屏幕输出

fc2.out (25.51 KB, 下载次数 Times of downloads: 29)
huang-rhys

fc2.log.hr.txt (17.11 KB, 下载次数 Times of downloads: 19)
矩阵文件

fc2.log.mat.zip (575.96 KB, 下载次数 Times of downloads: 11)

Kalinite · 发表于 Post on 2022-8-17 19:15:12

Jesse 发表于 2022-8-17 12:00
老师您好我使用您的python脚本提取出了相对应的数据，但是并不清楚每一列数据的意义。我想做一个像文献里 ...

直接用fc2.log.hr.txt在origin里作图得到的Huang-Rhys factor的图，和你发的图是类似的；如果y轴要重组能的分解结果，那么用屏幕输出里的重组能数据替换即可。

Jesse · 发表于 Post on 2022-8-17 20:28:53

Kalinite 发表于 2022-8-17 19:15
直接用fc2.log.hr.txt在origin里作图得到的Huang-Rhys factor的图，和你发的图是类似的；如果y轴要重组能 ...

好的，十分感谢Kalinite老师！

小亚eva · 发表于 Post on 2022-11-25 23:33:15

Kalinite 发表于 2022-8-17 19:15
直接用fc2.log.hr.txt在origin里作图得到的Huang-Rhys factor的图，和你发的图是类似的；如果y轴要重组能 ...

您好，请问在您的小程序结果的基础上，图里的键长、键角、二面角对重组能贡献具体怎么计算呢

Kalinite · 发表于 Post on 2022-11-26 11:34:14

小亚eva 发表于 2022-11-25 23:33
您好，请问在您的小程序结果的基础上，图里的键长、键角、二面角对重组能贡献具体怎么计算呢

尚不支持这么做，且未必有非常明确的意义，收费程序MOMAP可以做。

weixy · 发表于 Post on 2023-2-1 19:55:16

老师，我没看懂，说一下我的理解
我算了中性分子以及带电分子的优化和频率分析关键词为
#p opt freq 6-311g(d,p) m062x
然后我需要把中性分子以及带电分子优化后的log文件再进行下面的计算：
%oldchk=带电分子.chk
#p geom=allcheck freq(readfc,fcht,readfcht)

initial=source=chk final=source=chk spectroscopy=onephotonemission
print=(huangrhys,matrix=JK)

中性分子.chk
带电分子.chk

这个计算完成后输入python gau_reorg.py output.log即可

不知道是否是这样？求老师解答

Kalinite · 发表于 Post on 2023-2-2 15:32:58

weixy 发表于 2023-2-1 19:55
老师，我没看懂，说一下我的理解
我算了中性分子以及带电分子的优化和频率分析关键词为
#p opt freq 6- ...

Gaussian的FCHT是处理同一个分子的不同电子态之间跃迁的，如S0-S1、S1-T1等。虽然重组能分解对于你想做的neutral-charged情况也一样适用，但Gaussian在执行任务时是否会因一些原因报错，例如电子数不同、无激发信息等，做个例子试试便知。
关于输入文件，由于neutral和charged state自旋多重度必然是不一样的，应freq(readfc,fc,readfcht)。

小西瓜123 · 发表于 Post on 2023-2-25 17:00:55

老师您好，我有一个S1结构只能通过使用多参考方法计算得到，高斯计算用td,或者eomcc都不能正常完成，目前是用molpro计算cas得到的，我可以使用molpro存fchk文件然后使用这个脚本吗

Kalinite · 发表于 Post on 2023-2-26 00:01:37

小西瓜123 发表于 2023-2-25 17:00
老师您好，我有一个S1结构只能通过使用多参考方法计算得到，高斯计算用td,或者eomcc都不能正常完成，目前是 ...

如果molpro存成的fchk包含正则模式相关信息且能被gaussian正确读取，则也可以这么做。

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