基于Gaussian FCHT计算分解重组能和计算Huang-Rhys因子的Python小脚本

Kalinite

天月将白 发表于 2024-6-3 15:35
老师您好，我也遇到了一摸一样的问题，以激发态为初态，基态为末态，oldchk=基态.chk可以正常运算；以基 ...

检查chk文件

天月将白

Kalinite 发表于 2024-6-4 12:15
检查chk文件

老师chk文件没问题，S1-S0可以算出来，我试过好几个化合物都是这样，算S0-S1的时候无法识别S0的chk

Kalinite

天月将白 发表于 2024-6-4 13:26
老师chk文件没问题，S1-S0可以算出来，我试过好几个化合物都是这样，算S0-S1的时候无法识别S0的chk

如果按照主贴计算，得到的chk肯定是可以的，要不就损坏了，要不就是关键词不对

天月将白

Kalinite 发表于 2024-6-4 19:26
如果按照主贴计算，得到的chk肯定是可以的，要不就损坏了，要不就是关键词不对

老师我算了一个苯的，也是S0-S1报错，S1到S0的可以，您有时间可以看一下吗

Kalinite

天月将白 发表于 2024-6-5 12:56
老师我算了一个苯的，也是S0-S1报错，S1到S0的可以，您有时间可以看一下吗

initial state S0.chk
final state S1.chk
则此时显然是onephotonabsorption而非onephotonemission

S0-S1FCHT.log (126.84 KB, 下载次数 Times of downloads: 3)

2024-6-5 22:58 上传 Uploaded

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S0-S1FCHT.gjf (212 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 6)

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天月将白

Kalinite 发表于 2024-6-5 22:58
initial state S0.chk
final state S1.chk
则此时显然是onephotonabsorption而非onephotonemission

哦哦，原来是这样，谢谢老师！

cokie

老师您好！关于【输出Huang-Rhys因子的方法】有几个问题想向您讨教。

在使用Gaussian 16 A.0.3按您所述的方法计算并输出HHuang-Rhys因子时，遇到了“输出的Huang-Rhys因子存在明显错误”的问题（比如存在对应某些振动模式，数值达到3000左右的Huang-Rhys因子），此时再采用老师您所写的脚本，结合Gaussian输出的Huang-Rhys因子来拆分重组能，就得到了及其离谱的结果。（比如总重组能高达3000 eV，但根据四点法所计算的S1 --> S0过程的重组能只有0.17 eV)。

根据gaussian使用的是谐振近似模型，以及一些帖子讨论的结论，我猜测是因为分子初末态几何结构差别过大使得Huang-Rhys因子的输出出现问题。

接着我又尝试使用FCClasses3.0.3 和 3.0.1 两个版本尝试进行Huang-Rhys因子的计算，采取的是EMI/AH modal/FC/INTERNAL COORDS进行的计算，结果依然不理想，还是存在高达几百的Huang-Rhys因子，这也致使换算出的拆分后的重组能依旧不合理（高达400以上）。

请问老师，在没有MOMAP资源的前提下，是否有什么方法（比如调整关键词等）来获得起码看起来合理/正确的Huang-Rhys因子结果呢？

Kalinite

cokie 发表于 2024-6-17 22:17
老师您好！关于【输出Huang-Rhys因子的方法】有几个问题想向您讨教。

在使用Gaussian 16 A.0.3按您所述 ...

FCClasses EMI/AH modal/FC/INTERNAL COORDS也不能给出合理结果的话，那换用MOMAP大概率也没法解决问题，可能是体系比较特殊，也并不罕见。
个人认为此时讨论相对大小即可，如考察振动模式对总重组能贡献的比例；总重组能仍使用四点法计算的结果，这个是没有问题的。

Joel

Kalinite 发表于 2024-6-19 20:10
FCClasses EMI/AH modal/FC/INTERNAL COORDS也不能给出合理结果的话，那换用MOMAP大概率也没法解决问题， ...

可能是坐标系的问题，我先用您的脚本算了一下，得到的重组能（1.8 eV）明显高于四点法（0.35 eV）算出来的重组能，然后用momap算了一下，momap给了两个不同坐标下的重组能，基于笛卡尔坐标得到的重组能和用您的脚本也就是用高斯算出来的结果接近，但是基于内坐标算出来的结果就和四点法算出来的结果相近，个人猜测可能是结构优化过程中坐标数值出现了较大的变动？

Kalinite

Joel 发表于 2024-7-11 12:39
可能是坐标系的问题，我先用您的脚本算了一下，得到的重组能（1.8 eV）明显高于四点法（0.35 eV）算出来 ...

如果是这样的话，那可以把两个优化过结构在VMD里align一下，重新做一个freq。如果此时笛卡尔坐标系下能得到较好结果，那大概率能说明是坐标系的问题了。
不过按理说FCClasses用内坐标就能解决这种问题，97楼说他的例子FCClasses不行，不知道他的例子MOMAP行不行。根据笛卡尔坐标产生内坐标的方式，不同程序之间的差异可能太大了。

身在盘丝洞

老师我按照你这篇文章分解了重组能末态为S0 初态为S1是成功的但是结果不太符合，我想看一下S2为初态的情况在优化时相比于S1加了root=2其余都没变，但是用FCHT却失败了
%oldchk=optfreqs0.chk
%nprocshared=64
%mem=400GB
#P Geom=AllCheck Freq=(ReadFC,FCHT,ReadFCHT)

initial=source=chk final=source=chk spectroscopy=onephotonemission print=(huangrhys,matrix=JK)

optfreqs2.chk
optfreqs0.chk
下面是报错信息老师是哪里有问题呢
Initial state structure is set in Eckart orientation.
Final state structure is superposed to it.

IAn wrong for default in FilMas.
Error termination via Lnk1e in /public/software/g16/l718.exe at Fri Mar 24 12:20:52 2023.
Job cpu time:       0 days  0 hours  0 minutes 21.5 seconds.
Elapsed time:       0 days  0 hours  0 minutes  1.2 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=     31 Int=      0 D2E=      0 Chk=    324 Scr=      1

Kalinite

身在盘丝洞 发表于 2024-9-12 16:20
老师我按照你这篇文章分解了重组能末态为S0 初态为S1是成功的但是结果不太符合，我想看一下S2为初态的情况 ...

大概率是原子顺序不匹配造成的。

wal

Kalinite 发表于 2024-7-16 02:50
如果是这样的话，那可以把两个优化过结构在VMD里align一下，重新做一个freq。如果此时笛卡尔坐标系下能得 ...

老师，我也遇到了类似的问题，用gaussian和FCclasses内坐标模式得到的重组能比较相似，而且都是大得惊人。我尝试在VMD里把两个结构叠起来，发现两个结构基本是重合的（除了在激发过程中发生旋转的那个基团以外）。我还不太会用VMD做align，想问一下老师这种情况的话去align得到正确结果的希望是不是比较渺茫
我向momap提出过申请试用，人家没搭理我，现在这个情况我还有没有别的软件可以试，或者还有什么计算方法可以拯救一下

Kalinite

wal 发表于 2024-9-19 10:54
老师，我也遇到了类似的问题，用gaussian和FCclasses内坐标模式得到的重组能比较相似，而且都是大得惊人 ...

只要重组能的话，用四点法算就行了，没必要用Gaussian或FCClasses。
如果要分解重组能，此时用Gaussian或FCClasses得到的结果，从相对大小上还是可以讨论的。

有基团发生旋转，势能面偏离谐振近似较多，大概率就是造成结果不合理的原因，即使换了MOMAP，也未必会得到满意的结果。

wal

Kalinite 发表于 2024-9-19 20:39
只要重组能的话，用四点法算就行了，没必要用Gaussian或FCClasses。
如果要分解重组能，此时用Gaussian ...

老师，我是需要分解重组能的，而且需要对比几个分子的huang-rhys因子，若只讨论相对大小可能不太方便横向对比，很苦恼
您觉得做非谐振频率分析对改进结果可能会有帮助吗？