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楼主 Author: Kalinite
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[辅助/分析程序] 基于Gaussian FCHT计算分解重组能和计算Huang-Rhys因子的Python小脚本

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发表于 Post on 2023-6-26 22:01:59 | 只看该作者 Only view this author
老师,您好,我在计算重组能时遇到了以下问题:
当我以基态(TBPY-gs)作为初态时,出现了FileIO operation on non-existent file.的报错。
此时的输入文件为:
%oldchk=TBPY-es.chk
#p geom=allcheck freq(readfc,fcht,readfcht)

initial=source=chk final=source=chk spectroscopy=onephotonemission
print=(huangrhys,matrix=JK)

TBPY-gs.chk
TBPY-es.chk

出现了.chk文件的读取失败:
Initial State
-------------
Data taken from checkpoint file "TBPY-gs.chk"
Normal modes recovered from file.
FileIO operation on non-existent file.
FileIO: IOper= 2 IFilNo(1)=-40770 Len=           0 IPos=           0 Q=   47574516753952


dumping /fiocom/, unit = 1 NFiles =    33 SizExt =    524288 WInBlk =       512
                   defal = F LstWrd =      659456 FType=2 FMxFil=10000

但是当我以激发态(TBPY-es)作为初态时,初态末态读取正常且未发生报错。
此时的输入文件为:
%oldchk=TBPY-gs.chk
#p geom=allcheck freq(readfc,fcht,readfcht)

initial=source=chk final=source=chk spectroscopy=onephotonemission
print=(huangrhys,matrix=JK)

TBPY-es.chk
TBPY-gs.chk

此时读取正常:
Initial State
-------------
Data taken from checkpoint file "TBPY-es.chk"
Normal modes recovered from file.

Final State
-----------
Data taken from checkpoint file "TBPY-gs.chk"
Normal modes recovered from file.

您知道为啥会出现这样嘛?这是我的.chk文件有问题的原因嘛?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-6-27 04:13:02 | 只看该作者 Only view this author
furcore 发表于 2023-6-26 22:01
老师,您好,我在计算重组能时遇到了以下问题:
当我以基态(TBPY-gs)作为初态时,出现了FileIO operation  ...

TBPY-gs.chk有问题,转成fchk用GaussView打开,检查是否包含振动模式相关信息

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发表于 Post on 2023-6-28 01:07:38 | 只看该作者 Only view this author
Kalinite 发表于 2023-6-27 04:13
TBPY-gs.chk有问题,转成fchk用GaussView打开,检查是否包含振动模式相关信息

老师您好,我检查了.log文件和.fchk文件里面应该都有振动模式的信息,不太清楚问题出在哪里。
这是我的.log文件和.fchk文件,麻烦您帮忙看一看。
链接:https://pan.baidu.com/s/1Hh69DD4OIWpzkTY-UL_JYw?pwd=xfeg
提取码:xfeg


TBPY-gs.png (39.84 KB, 下载次数 Times of downloads: 99)

TBPY-gs.png

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-6-30 11:27:29 | 只看该作者 Only view this author
furcore 发表于 2023-6-28 01:07
老师您好,我检查了.log文件和.fchk文件里面应该都有振动模式的信息,不太清楚问题出在哪里。
这是我的. ...

这个fchk看不出明显问题,方便的话可以两个都传一下

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发表于 Post on 2023-7-1 16:42:56 | 只看该作者 Only view this author
Kalinite 发表于 2023-6-30 11:27
这个fchk看不出明显问题,方便的话可以两个都传一下

老师您好,我把激发态的文件也都传上去了,麻烦您看一下吧,谢谢老师
链接:https://pan.baidu.com/s/1D8R9K_vy_BhY94CVkXS8Sg?pwd=os1t
提取码:os1t
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-7-2 02:59:34 | 只看该作者 Only view this author
furcore 发表于 2023-7-1 16:42
老师您好,我把激发态的文件也都传上去了,麻烦您看一下吧,谢谢老师
链接:https://pan.baidu.com/s/1D ...

我将你的.fchk用unfchk转换后,能够正常计算。考虑是不是你的.chk文件损坏了,如某次计算失败,但没有写oldchk,导致.chk中某些信息缺失
result.zip (313.94 KB, 下载次数 Times of downloads: 15)

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发表于 Post on 2023-7-7 17:33:43 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 Red_Star 于 2023-7-7 17:50 编辑

您好,我想请教一下输入文件中的spectroscopy=onephotonemission关键词,在实际计算中,应该怎么根据自己的体系设置呢,或者说有什么要求吗?谢谢!

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发表于 Post on 2023-7-7 19:38:55 | 只看该作者 Only view this author
HONEYJ 发表于 2022-5-17 22:32
老师,g16 B01是不支持这个吗,我按照老师的输入文件写结果会出现输入错误。
FileIO operation on non-ex ...

您好,请问这个问题解决了吗?这个报错的原因是什么呢?

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发表于 Post on 2023-7-8 09:54:15 | 只看该作者 Only view this author
Kalinite 发表于 2022-5-18 21:17
16楼的报错大概率与chk有关,缺少了某些信息,G16 B.01是支持这么做的。不过看来这个问题已经解决了。
1 ...

您好,请问16楼的错误是什么原因造成的呢?我也出现了同样的报错。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-7-9 16:33:41 | 只看该作者 Only view this author
Red_Star 发表于 2023-7-8 09:54
您好,请问16楼的错误是什么原因造成的呢?我也出现了同样的报错。

FileIO operation on non-existent file.
要么文件不存在,要么不包含所需要的信息

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发表于 Post on 2023-7-9 20:15:16 | 只看该作者 Only view this author
太感谢了,正需要这个

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发表于 Post on 2023-9-16 22:54:59 | 只看该作者 Only view this author
老师您好,我是用您的方法计算分解重组能,最后分解重组能的结果很大约11ev,这个结果明显不太合理,还有您计算分解重组能的坐标使用的是CARTESIAN,有没有方法修改为INTENAl,如果修改为INTERNAL结果会不会合理一些,

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-9-17 21:41:07 | 只看该作者 Only view this author
xm.liu 发表于 2023-9-16 22:54
老师您好,我是用您的方法计算分解重组能,最后分解重组能的结果很大约11ev,这个结果明显不太合理,还有您 ...

如果一切计算无误,此法得到的结果不合理,可以使用FCClasses做;如果结果仍不合理,考虑是体系本身的问题,不适用某些近似。仅需要总重组能的结果时,没必要用此法计算。
我不知道Gaussian是否支持用内坐标做,非要使用内坐标对解决此问题无益。

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发表于 Post on 2023-9-19 15:44:07 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 xm.liu 于 2023-9-19 15:49 编辑
Kalinite 发表于 2023-9-17 21:41
如果一切计算无误,此法得到的结果不合理,可以使用FCClasses做;如果结果仍不合理,考虑是体系本身的问 ...

谢谢老师的回复,FCclass3.0我也用了,总重组能的结果差不多都是10ev左右,绝热发射能1.75ev,这个结果是不是很不合理,还可以用吗,至于为什么我问您内坐标的问题,原因就是我Cartesian坐标用FCclass3.0同时及算出来一个分子的KIC是负数,但是换成内坐标计算就是正数,尝试了一些方法也没解决

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发表于 Post on 2024-2-5 22:11:48 | 只看该作者 Only view this author
Kalinite 发表于 2023-4-17 23:22
S1的计算没写TD
这居然还能没有虚频(虽然有一个极小的0.75 cm^-1),从某种程度上可以认为S1和S0结构非 ...

kalinite老师您好,S1和S0构型差异太大是不是计算不出相应的振动分辨光谱啊,有相应的文献吗

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