基于Gaussian FCHT计算分解重组能和计算Huang-Rhys因子的Python小脚本

LastXuan

wzkchem5 发表于 2025-6-30 21:43
如果要算S1频率，必须写td freq。这和计算目的是不是算黄昆因子无关

感谢老师回复，我按这个算一下

陈AG

老师，我遇到了这个问题，log输出：ERROR:2 imaginary frequencies found in initial state.终端输出：No.        Frequencies/cm^-1        Huang-Rhys Factors        lambda_i/kJ*mol^-1        lambda_i/eV
1        13.5959        Traceback (most recent call last):
  File "/home/server023/Python/gau_reorg.py", line 58, in <module>
    print(huangrhys[i-1],end='\t')
IndexError: list index out of range
，我转成fch文件，查看了也是有振动信息的

陈AG

陈AG 发表于 2025-8-29 08:57
老师，我遇到了这个问题，log输出：ERROR:2 imaginary frequencies found in initial state.终端输出：No.  ...

好像是两个freq都有有虚频导致的，我解决这个问题先

清明雨上

老师您好，我按照您的教程计算振动分辨的荧光谱的输入文件为：
%oldchk=s1.chk
#p geom=allcheck freq(readfc,fcht,readfcht)


initial=source=chk final=source=chk spectroscopy=onephotonemission Advanced=(ForceFCCalc) RedDim=ClearLowFreq=60 FORCEPRTSPECTRUM


s1.chk
s0.chk

最后计算得到谱只有一个振动贡献的峰（已上传），请问这正常吗？

杲杲出日

老师，我是用的是wb97xd泛函，所以将opt和freq分开来做，S0和S1的关键词分别为：
#p freq=saveNM wb97xd/6-31g(d,p) iop(3/107=0095000000,3/108=0095000000)
#p freq=saveNM wb97xd/6-31g(d,p) iop(3/107=0095000000,3/108=0095000000) td
两个任务顺利完成，没有虚频。当我接下来按照例子计算HR因子时，输入文件为：
%oldchk=Y6-S1-freq.chk
#p geom=allcheck freq(readfc,fcht,readfcht)

initial=source=chk final=source=chk spectroscopy=onephotonemission
print=(huangrhys,matrix=JK)

Y6-S0-freq.chk
Y6-S1-freq.chk

但是算到一般就会报错：Error termination in NtrErr:
NtrErr Called from FileIO.
请问老师这是哪里出错了

wal

杲杲出日 发表于 2025-12-12 21:02
老师，我是用的是wb97xd泛函，所以将opt和freq分开来做，S0和S1的关键词分别为：
#p freq=saveNM wb97xd/6 ...

看见FileIO首先尝试把S0和S1的chk对调

杲杲出日

wal 发表于 2025-12-12 21:43
看见FileIO首先尝试把S0和S1的chk对调

神医妙手啊老师

杲杲出日

老师您好，我想分解S0和anion之间跃迁的重组能，先计算了S0→anion的重组能，输入文件如下：
%oldchk=Y6-anion-freq.chk
#p geom=allcheck freq(readfc,fc,readfcht,intmode) IOp(7/75=-1)

initial=source=chk final=source=chk spectroscopy=onephotonemission
print=(huangrhys,matrix=JK)

Y6-S0-freq.chk
Y6-anion-freq.chk

计算的结果为1072cm-1，该结果和我使用四点法或者MOMAP计算的结果有较大出入（979cm-1）
当我将输入文件的S0和anion互换位置，计算anion→S0的重组能，结果为988cm-1，该结果也和别的方法计算的差异很大（1080cm-1）。存在差异能理解，为什么两个重组能的大小都翻转了呢

DianaW

Kalinite老师，您好！我用ONIOM(QM/MM)模型优化并算了S0和T1态频率，后面用Gaussian16 A.03中输出Huang-Rhys因子的gjf内容具体如下:
%nprocshared=64
%mem=5000MW
%oldchk=t1-opt.chk
#p geom=allcheck Freq=(ReadFC,ReadFCHT,FC)

initial=source=chk final=source=chk spectroscopy=onephotonabsorption
print=(huangrhys,matrix=JK)

s0-opt.chk
t1-opt.chk

但是出现报错为：
Overlap in IMove.
Error termination via Lnk1e in /opt/soft/g16/l718.exe at Tue Jan 20 22:34:25 2026.
Job cpu time:       0 days  9 hours 54 minutes 47.3 seconds.
Elapsed time:       0 days  0 hours 10 minutes  8.5 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=    847 Int=      0 D2E=      0 Chk=   3350 Scr=      2
想向您请教一下，哪里出了问题？

ffcc

wal 发表于 2024-9-19 10:54
老师，我也遇到了类似的问题，用gaussian和FCclasses内坐标模式得到的重组能比较相似，而且都是大得惊人 ...

您好，请问你解决这个问题了吗，我也是这样，重组能大的不正常

wal

ffcc 发表于 2026-5-19 18:44
您好，请问你解决这个问题了吗，我也是这样，重组能大的不正常

有基团旋转的低频模式引起谐振近似失效导致的。换支持离域内坐标的软件，如orca

ffcc

wal 发表于 2026-5-19 19:48
有基团旋转的低频模式引起谐振近似失效导致的。换支持离域内坐标的软件，如orca

感谢，麻烦您能告知一下orca该怎么计算重组能吗，我在手册和论坛上没有找到相应的教程。

wal

ffcc 发表于 2026-5-20 09:08
感谢，麻烦您能告知一下orca该怎么计算重组能吗，我在手册和论坛上没有找到相应的教程。

去看ESD模块的手册
https://bane-dysta.top/posts/Huang-Rhys/#orca

tiandikuoyuan

计算的时候发现了一个问题，脚本直接识别Deg. of freedom后面的数据，但是当计算的分子具有对称性分子的时候会出现自由度改变（Gaussian处理后），导致输出的频率数据少了一部分，可能计算的重组能数据不准确，本身应该是237自由度，识别成了120：

1. Stoichiometry    C43H34N2O2
   
2. Framework group  CS[SG(CO2),X(C42H34N2)]
   
3. Deg. of freedom   120
   
4. Full point group                 CS      NOp   2
   
5. RotChk:  IX=3 Diff= 1.45D-14
   
6. Largest Abelian subgroup         CS      NOp   2
   
7. Largest concise Abelian subgroup CS      NOp   2

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