基于Gaussian FCHT计算分解重组能和计算Huang-Rhys因子的Python小脚本

小西瓜123 · 发表于 Post on 2023-2-27 09:36:43

Kalinite 发表于 2023-2-26 00:01
如果molpro存成的fchk包含正则模式相关信息且能被gaussian正确读取，则也可以这么做。

谢谢老师，我试试

oyezzy · 发表于 Post on 2023-3-17 16:14:02

请教老师，运行时出现这个语法报错，可能的原因？

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-3-17 16:25:31

oyezzy 发表于 2023-3-17 09:14
请教老师，运行时出现这个语法报错，可能的原因？

在命令行里运行，而不是在python里运行
建议自己查一下python脚本一共有哪几种运行方式，这个属于常识

oyezzy · 发表于 Post on 2023-3-17 16:50:02

wzkchem5 发表于 2023-3-17 16:25
在命令行里运行，而不是在python里运行
建议自己查一下python脚本一共有哪几种运行方式，这个属于常识

谢谢，刚试了2.7.5不能运行，需要3+版本

oyezzy · 发表于 Post on 2023-3-17 17:04:22

oyezzy 发表于 2023-3-17 16:50
谢谢，刚试了2.7.5不能运行，需要3+版本

windows系统的python3+版本即可

Windln · 发表于 Post on 2023-3-31 23:22:33

Kalinite老师，在计算uang-Rhys因子时，我遇到了一个错误。

Error: Too many modes selected with respect to the original request
192 modes chosen for 1 modes initially selected.

复制代码

这应该如何解决呢？
输入与输出文件包链接：
链接：https://pan.baidu.com/s/1W404tiWZ4D_dvMYGHlM3cQ
提取码：59si

Kalinite · 发表于 Post on 2023-4-1 23:06:00

Windln 发表于 2023-3-31 23:22
Kalinite老师，在计算uang-Rhys因子时，我遇到了一个错误。

这应该如何解决呢？

有虚频，先消虚频

Kalinite · 发表于 Post on 2023-4-2 01:36:08

Windln 发表于 2023-3-31 23:22
Kalinite老师，在计算uang-Rhys因子时，我遇到了一个错误。

这应该如何解决呢？

我看到你在公社群里的问题了。针对你的具体情况，如果会做QM/MM，例如最常用的静电嵌入方法，做有限差分得到Hessian，自己写脚本计算Huang-Rhys因子。或构建合理的簇模型，计算频率时将所有无关原子全部fix。若觉得簇模型仍然计算量过大，可以拟合RESP电荷，按照周围原子位置设置固定的背景电荷进行优化，计算频率，此时均应没有虚频。

小西瓜123 · 发表于 Post on 2023-4-12 16:23:51

老师您好，我使用了您的脚本计算，基态freq是#p freq aug-cc-pvtz nosymm guess=(mix,always) em=gd3 um062x计算，激发态freq是#p ueomccsd(maxcycle=300,singlets)/cc-pvdz nosymm freq计算，使用脚本后有输出Huang-Rhys Factors，但out文件末尾出现了报错，如下 ERROR: Low progression after class 2. Total convergence =  0.0%.
      The vibronic spectrum will likely be unreliable. Stopping.
Error termination via Lnk1e in /software//g16/l718.exe at Wed Apr 12 08:10:32 2023.
Job cpu time:    0 days  0 hours  0 minutes  5.1 seconds.
Elapsed time:    0 days  0 hours  0 minutes  5.1 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=    6 Int=    0 D2E=    0 Chk=    5 Scr=    1
请问这是什么原因导致的呢？应该怎么解决呢？

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-4-12 16:42:13

小西瓜123 发表于 2023-4-12 09:23
老师您好，我使用了您的脚本计算，基态freq是#p freq aug-cc-pvtz nosymm guess=(mix,always) em=gd3 um062 ...

基态频率计算和激发态频率计算的理论级别必须统一。
如果统一以后还有这个问题，说明基态结构和激发态结构差别太大，高斯的基于基态、激发态平衡结构的谐振近似计算失效。此时建议改用ORCA的AHAS方法计算。

小西瓜123 · 发表于 Post on 2023-4-12 17:31:04

wzkchem5 发表于 2023-4-12 16:42
基态频率计算和激发态频率计算的理论级别必须统一。
如果统一以后还有这个问题，说明基态结构和激发态结 ...

谢谢老师回复，我的initial是ho2…ch3的络合物，在激发态s1上计算得到，然后final是ch4…o2的络合物，在s0上得到，构型差别挺大的，要计算精度统一，基态得用ccsd(maxcycle=300,singlets)/cc-pvdz nosymm 计算结构优化和频率，对吗？

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-4-12 19:04:35

小西瓜123 发表于 2023-4-12 10:31
谢谢老师回复，我的initial是ho2…ch3的络合物，在激发态s1上计算得到，然后final是ch4…o2的络合物，在s ...

对。此外CCSD/cc-pVDZ不如双杂化泛函搭配triple zeta基组，或者NEVPT2搭配triple zeta基组。首先CCSD不加(T)精度大打折扣，其次coupled cluster一般至少要triple zeta基组才能充分发挥出精度优势

小西瓜123 · 发表于 Post on 2023-4-12 21:18:02

wzkchem5 发表于 2023-4-12 19:04
对。此外CCSD/cc-pVDZ不如双杂化泛函搭配triple zeta基组，或者NEVPT2搭配triple zeta基组。首先CCSD不加 ...

谢谢老师，请问改用ORCA的AHAS方法计算是计算重组能吗？还没有用过orca

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-4-12 22:37:38

小西瓜123 发表于 2023-4-12 14:18
谢谢老师，请问改用ORCA的AHAS方法计算是计算重组能吗？还没有用过orca

直接计算得到振动分辨光谱。重组能按四点法计算就行了

Kalinite · 发表于 Post on 2023-4-13 15:03:22

小西瓜123 发表于 2023-4-12 16:23
老师您好，我使用了您的脚本计算，基态freq是#p freq aug-cc-pvtz nosymm guess=(mix,always) em=gd3 um062 ...

你若只需要重组能和Huang-Rhys因子，无视该报错即可。
若需要振动分辨的光谱，Low progression如何解决的问题前面帖子里已经说过了。

ORCA的AHAS方法Gaussian16也可以做，关键词并没有在手册中给出。若图方便就用ORCA。

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[辅助/分析程序] 基于Gaussian FCHT计算分解重组能和计算Huang-Rhys因子的Python小脚本

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