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楼主 Author: smlscu
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[Gaussian/gview] 铁离子加显式溶剂模型后优化SCF不收敛

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-8-21 14:23:45 | 只看该作者 Only view this author
zjxitcc 发表于 2022-8-21 14:04
无论SCF不收敛、结构优化不收敛还是结构跑偏,这个问题首先要关注的不是计算结果报错,而是计算过程合理性 ...

感谢老师!拜读了您的回帖 受益匪浅 我认真学习并严格按照您说的步骤操作之后再来反馈结果

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发表于 Post on 2022-8-21 14:34:15 | 只看该作者 Only view this author
zjxitcc 发表于 2022-8-21 14:04
无论SCF不收敛、结构优化不收敛还是结构跑偏,这个问题首先要关注的不是计算结果报错,而是计算过程合理性 ...

其实不用片段组合也行,也是稳定的。

然后结构优化 5圈就收敛了。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-8-21 14:37:14 | 只看该作者 Only view this author
zjxitcc 发表于 2022-8-21 14:21
不建议在这个问题里 目前去搞什么续算,建议仔细阅读我在11L写的详细回答,以便尽快做出合理的计算。

好的老师 已拜读您的回帖 受益匪浅!我认真学习并严格按照您说的步骤测试之后再来反馈结果

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-8-21 15:10:37 | 只看该作者 Only view this author
zjxitcc 发表于 2022-8-21 14:04
无论SCF不收敛、结构优化不收敛还是结构跑偏,这个问题首先要关注的不是计算结果报错,而是计算过程合理性 ...

老师 构建片段组合波函数之后出现如下报错 我先在论坛搜了一下未找到相同问题

202208211509186836..png (76.75 KB, 下载次数 Times of downloads: 43)

202208211509186836..png

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发表于 Post on 2022-8-21 19:39:06 | 只看该作者 Only view this author
smlscu 发表于 2022-8-21 15:10
老师 构建片段组合波函数之后出现如下报错 我先在论坛搜了一下未找到相同问题

那就在第一个任务里把scrf去掉
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发表于 Post on 2022-8-21 19:41:58 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 zjxitcc 于 2022-8-21 19:43 编辑
hebrewsnabla 发表于 2022-8-21 14:34
其实不用片段组合也行,也是稳定的。

然后结构优化 5圈就收敛了。

这是有可能的,这个例子中Fe六重态是最高自旋,是比较简单的情况我上面展示的步骤是比较广义的,也适用于中间自旋等复杂情况
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-8-21 20:50:58 | 只看该作者 Only view this author
zjxitcc 发表于 2022-8-21 14:04
无论SCF不收敛、结构优化不收敛还是结构跑偏,这个问题首先要关注的不是计算结果报错,而是计算过程合理性 ...

按照老师给的步骤,[Fe(H2O)6]^(3+)显式溶剂模型结构成功收敛!并且检验了波函数稳定性如下图已稳定。19楼遇到的问题通过将scrf分开计算得到解决。再次感谢大神的指点!麻烦老师贴出几篇自己的代表作以供我们在文章中引用

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发表于 Post on 2022-8-21 20:52:11 | 只看该作者 Only view this author
smlscu 发表于 2022-8-21 20:50
按照老师给的步骤,[Fe(H2O)6]^(3+)显式溶剂模型结构成功收敛!并且检验了波函数稳定性如下图已稳定。19 ...

我自己做过这方面的计算,但是没有发过这方面的文章。。。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-8-21 21:03:59 | 只看该作者 Only view this author
zjxitcc 发表于 2022-8-21 20:52
我自己做过这方面的计算,但是没有发过这方面的文章。。。

我们还可以如何感谢您

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发表于 Post on 2022-8-21 21:08:02 | 只看该作者 Only view this author
smlscu 发表于 2022-8-21 21:03
我们还可以如何感谢您

仔细读读上面推荐的三篇就行。。。不用感谢或者给你们实验室的同学(如果有不懂的话)也推荐一下
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-8-21 21:12:20 | 只看该作者 Only view this author
zjxitcc 发表于 2022-8-21 21:08
仔细读读上面推荐的三篇就行。。。不用感谢或者给你们实验室的同学(如果有不懂的话)也推荐一下

谨遵教诲!

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发表于 Post on 2022-8-22 09:57:00 | 只看该作者 Only view this author
smlscu 发表于 2022-8-21 14:00
输出文件过大我上传不上来

注意看置顶的新社员必读贴里关于上传文件的说明
严禁大型文本文件不压缩就上传的行为
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-8-23 08:54:40 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-8-22 09:57
注意看置顶的新社员必读贴里关于上传文件的说明
严禁大型文本文件不压缩就上传的行为

好的sob老师 我下次一定注意

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-8-23 21:32:27 | 只看该作者 Only view this author
zjxitcc 发表于 2022-8-21 14:04
无论SCF不收敛、结构优化不收敛还是结构跑偏,这个问题首先要关注的不是计算结果报错,而是计算过程合理性 ...

老师,我按照相同的方法,在构建了片段组合波函数并测试了稳定性无误后,对[FeOH(H2O)6]^(2+)做结构优化, 出现了第二幅图的报错。 然后我看了置顶帖的FAQ的解决办法, 就导出报错之前的结构然后加opt=cartesian进行结构优化, 出现了图3的报错 ,此时的结构如图4。 我的想法是因为此时要计算的是[Fe(OH)]^(2+)的显式溶剂模型,所以是否应该周围为5个水分子较为合理呢。请问老师对于这个体系有什么建议呢

FeOH-6H2O-opt文件_gjf_fchk.zip

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发表于 Post on 2022-8-24 00:48:38 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 zjxitcc 于 2022-8-24 00:49 编辑
smlscu 发表于 2022-8-23 21:32
老师,我按照相同的方法,在构建了片段组合波函数并测试了稳定性无误后,对[FeOH(H2O)6]^(2+)做结构优化 ...

建议
(1)将[Fe(OH)]^(2+)拆成两个片段,Fe^(3+)和OH-
(2)先算4个水包围,成功后在4个配位水的结构基础上再加1个水(即算5个水配位,不要随便加,看准空隙加),以此类推,再算6个水配位。哪个数目水分子时的结合能最大,就应该采取那个数目。
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