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楼主 Author: smlscu
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[Gaussian/gview] 铁离子加显式溶剂模型后优化SCF不收敛

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发表于 Post on 2022-9-29 17:13:47 | 只看该作者 Only view this author
护卫天使 发表于 2022-9-29 10:07
老师好,我把输入文件上传一下,总体自旋多重度是1.

自旋多重度设错了,由配体场理论显然可知这个体系的自旋多重度不可能是1
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发表于 Post on 2022-9-29 18:10:35 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-9-29 17:13
自旋多重度设错了,由配体场理论显然可知这个体系的自旋多重度不可能是1

感谢老师指正!那我是不是只能一个一个的试一下。

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发表于 Post on 2022-9-29 19:38:54 | 只看该作者 Only view this author
护卫天使 发表于 2022-9-29 11:10
感谢老师指正!那我是不是只能一个一个的试一下。

不是,应该从配体场理论判断。
如果不知道怎么从配体场理论判断,建议找一本金属有机或者配位化学的教材好好学一下,这个没有任何捷径
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发表于 Post on 2022-10-2 20:08:22 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 ZH123456 于 2022-10-2 20:12 编辑
zjxitcc 发表于 2022-9-29 16:18
(1)内存给得太小,40核计算怎么可能只给4GB,好歹40GB或80GB(如果机器配置允许的话)。
(2)R-Fe3+. ...

老师,我在Linux系统上试过10GB、40GB、80GB,结果都是显示如下错误,报错说是内存和核数不对,修改了之后还是不可以,第一部分是报错内容,第二部分是我的输入文件,第一步计算得到的稳定波函数的.chk文件放到当前目录文件文件夹下了,还是这样报错的,不知道问题出在了哪里?请老师帮我看一下
报错文件
%chk=E-R-Fe3+.chk
%mem=40GB
%nprocshared=40
#p opt=(calcfc,ts,noeigentest,gdiis,maxstep=4,notrust) freq
ub3lyp/6-31+g(d,p) scrf=(cpcm,solvent=water) nosymm guess=read pop=nbo
chkbasis scf=(xqc,maxcycle=128) int=ultrafine
1/11=1,14=-1,18=20,19=15,26=4,38=1/1,3;
2/9=110,12=2,15=1,17=6,18=5,40=1/2;
3/5=8,6=8,7=111,11=2,16=1,25=1,30=1,70=2101,71=1,72=1,74=-5,75=-5,116=2/1,2,3;
4/5=1/1;
5/5=2,7=128,8=3,13=1,38=6,53=1/2,8;
6/7=2,8=2,9=2,10=2,28=1,40=1/1,7;
7/30=1/1,2,3,16;
1/11=1,14=-1,18=20,19=15,26=4/3(2);
2/9=110,15=1/2;
99//99;
2/9=110,15=1/2;
3/5=8,6=8,7=111,11=2,16=1,25=1,30=1,70=2105,71=1,72=1,74=-5,75=-5,116=2/1,2,3;
4/5=5,16=3,69=1/1;
5/5=2,7=128,8=3,13=1,38=5,53=1/2,8;
7/30=1/1,2,3,16;
1/11=1,14=-1,18=20,19=15,26=4/3(-5);
2/9=110,15=1/2;
6/7=2,8=2,9=2,10=2,19=2,28=1,40=1/1,7;
99/9=1/99;
Error termination via Lnk1e in /data/home/liuzzgroup/g09/g09/l1.exe at Sun Sep 25 22:32:15 2022.
Job cpu time:       0 days  0 hours  0 minutes  1.9 seconds.
输入文件
%chk=E-R-Fe3+.chk
%mem=40GB
%nprocshared=40
#p opt=(calcfc,ts,noeigentest) ub3lyp/6-31+g(d,p) guess=read chkbasis geom=allcheck scrf=(cpcm,solvent=water) nosymm int=ultrafine

TS1-R-Fe3+

2 4
C               000
C                 000
S               000
O                00
O               000
F                000
F                000
F                 000
F                 000
O                000
Fe               000
F                000

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发表于 Post on 2022-10-4 11:54:09 | 只看该作者 Only view this author
zjxitcc 发表于 2022-9-29 16:18
(1)内存给得太小,40核计算怎么可能只给4GB,好歹40GB或80GB(如果机器配置允许的话)。
(2)R-Fe3+. ...

老师您好,我要设计一种配合物断键产生自由基,那么在寻找稳定波函数(第一步时)就应该把相应的键长拉长到原来的1.3倍吗?在得到稳定波函数的基础上设置过渡态的任务(第二部)吗?

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发表于 Post on 2022-10-4 15:49:21 | 只看该作者 Only view this author
ZH123456 发表于 2022-10-4 04:54
老师您好,我要设计一种配合物断键产生自由基,那么在寻找稳定波函数(第一步时)就应该把相应的键长拉长 ...

对,但是更重要的是优化收敛以后需要再做一次稳定性检验。优化前读哪个结构的稳定波函数只影响计算时间(读的结构越接近过渡态,之后发现过渡态波函数不稳定需要再优化一次的概率就越小),不影响结果的可用性
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发表于 Post on 2022-10-5 10:38:44 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-10-4 15:49
对,但是更重要的是优化收敛以后需要再做一次稳定性检验。优化前读哪个结构的稳定波函数只影响计算时间( ...

谢谢老师,我明白了,那后续跑IRC的时候走的步数会比不寻找稳定波函数这个过程的步数少吗?

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发表于 Post on 2022-10-5 15:32:04 | 只看该作者 Only view this author
ZH123456 发表于 2022-10-5 03:38
谢谢老师,我明白了,那后续跑IRC的时候走的步数会比不寻找稳定波函数这个过程的步数少吗?

IRC必须从稳定的过渡态波函数出发来算。所以不存在”不寻找稳定波函数这个过程“的概念,只有你即使不找稳定波函数也知道这个波函数肯定是稳定的,才可以不找稳定波函数。
这个和做结构优化是不同的,结构优化只需要最后一步是正确的就行,但IRC的每一步都是IRC曲线的一部分,所以必须一开始波函数就是正确的。
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发表于 Post on 2022-10-21 23:03:21 | 只看该作者 Only view this author
zjxitcc 发表于 2022-9-29 16:18
(1)内存给得太小,40核计算怎么可能只给4GB,好歹40GB或80GB(如果机器配置允许的话)。
(2)R-Fe3+. ...

请老师帮我看一下是哪里出了问题,我之前按照这样的方法短链成功了,现在长链使用相同的方法,总是报错,请老师指点
这是我的输入文件
%chk=E-SP256-R-Fe3+.chk
%mem=40GB
%nprocshared=40
#p ub3lyp/6-31+g(d,p) nosymm guess(fragment=2) scf=qc

E-SP256-R-Fe3+

2 6 0 2 0 5
C(Fragment=1)      5.44079800   -0.41272900    0.30312500
C(Fragment=1)      0.19088400   -0.32443700   -0.16948500
S(Fragment=2)     -5.35963100   -0.20743600   -0.49900900
O(Fragment=2)     -5.41550500   -1.34692900    0.67191300
O(Fragment=2)     -6.41711600    0.76139500   -0.26353400
O(Fragment=2)     -5.20013700   -0.90460200   -1.76115500
F(Fragment=1)      5.51498000   -0.32654100    1.63738800
F(Fragment=1)      6.51905600    0.18448500   -0.22452700
F(Fragment=1)      5.44496500   -1.70617000   -0.05395200
F(Fragment=1)      1.46676700    1.35942600    0.93908100
F(Fragment=1)      1.67380000    1.18426800   -1.24722700
F(Fragment=1)     -2.43036200   -0.16379000   -1.74990100
F(Fragment=1)     -3.79293700    0.77143500    1.37224600
F(Fragment=1)     -3.75836300    1.86591200   -0.52632900
Fe(Fragment=2)    -6.35365700   -1.70390900    2.16479000

--Link1--
%chk=E-SP256-R-Fe3+.chk
%mem=40GB
%nprocshared=40
#p ub3lyp chkbasis guess=read geom=allcheck scrf=(cpcm,solvent=water) nosymm stable=opt scf=qc
输出文件总是报错(下面是输出文件)
No NMR shielding tensors so no spin-rotation constants.
Leave Link  601 at Fri Oct 21 17:31:52 2022, MaxMem=   536870912 cpu:         6.7
(Enter /data/home/liuzzgroup/g09/g09/l122.exe)
CPIOFr:  IOpCl= 1 IRwI=-1 IRwCP=  731 ICalc=  2 LCPTot=      556095 Len1MO=     1099571 IndFrg=     3854808
CPIOFr:  IOpCl= 1 IRwI= 2 IRwCP=  731 ICalc=  0 LCPTot=      556095 Len1MO=     1099571 IndFrg=     1655666
CPIOFr:  IOpCl= 1 IRwI= 1 IRwCP=  731 ICalc=  0 LCPTot=      556095 Len1MO=     1099571 IndFrg=     1655666
CPIOFr:  IOpCl= 1 IRwI= 2 IRwCP=  731 ICalc= -1 LCPTot=      556095 Len1MO=     1099571 IndFrg=      556095
CPIOFr:  IOpCl= 1 IRwI= 2 IRwCP=  731 ICalc=  0 LCPTot=      556095 Len1MO=     1099571 IndFrg=     1655666
FinFrg:  NACore=    42 NAVal2=    89 NAVal1=     5 NBCore=    42 NBVal2=    89 NBVal1=     0
          NA=   136 NB=   131 NAE=   135 NBE=    130
Bad data into FinFrg.
Error termination via Lnk1e in /data/home/liuzzgroup/g09/g09/l122.exe at Fri Oct 21 17:31:53 2022.
Job cpu time:       0 days  1 hours 24 minutes 16.2 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=    212 Int=      0 D2E=      0 Chk=      6 Scr=      1











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发表于 Post on 2022-11-6 23:05:11 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 zjxitcc 于 2022-11-6 23:08 编辑
ZH123456 发表于 2022-10-21 23:03
请老师帮我看一下是哪里出了问题,我之前按照这样的方法短链成功了,现在长链使用相同的方法,总是报错, ...

(1)你指定了两个片段都是中性的,但是整体却带+2电荷,片段与整体信息矛盾
(2)B3LYP计算过渡金属不是明智的选择,建议阅读《简谈量子化学计算中DFT泛函的选择》http://sobereva.com/272
(3)不建议直接上scf=qc,若通过片段组合波函数构建初始猜测,最终SCF仍难以收敛,那建议写scf(xqc,maxcycle=128)
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发表于 Post on 2023-6-29 22:13:19 | 只看该作者 Only view this author
zjxitcc 发表于 2022-8-21 14:04
无论SCF不收敛、结构优化不收敛还是结构跑偏,这个问题首先要关注的不是计算结果报错,而是计算过程合理性 ...

您好,我按照您给出的方法用相同的基组泛函可以正常计算,但是基组泛函换成ccsd(t)/aug-cc-pvtz后,出现了这样的报错。
Gaussian 09:  ES64L-G09RevD.01 24-Apr-2013
                29-Jun-2023
******************************************
%mem=36000MB
%nprocshared=12
Will use up to   12 processors via shared memory.
%chk=1H2O-charge1a.chk
----------------------------------------------------------------------
#p opt(maxstep=15,calcfc) freq ccsd(t)/aug-cc-pvtz guess=read geom=all
check
----------------------------------------------------------------------

Warning:  this job cannot use analytic gradients
           and so will do many energy evaluations.

No analytic 2nd derivatives for this method.
Error termination via Lnk1e in /home/wangzgjlu/software/g09/l1.exe at Thu Jun 29 22:10:35 2023.
Job cpu time:       0 days  0 hours  0 minutes  0.6 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=      5 Int=      0 D2E=      0 Chk=      3 Scr=      1

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发表于 Post on 2023-6-30 03:35:43 | 只看该作者 Only view this author
xyz0101 发表于 2023-6-29 15:13
您好,我按照您给出的方法用相同的基组泛函可以正常计算,但是基组泛函换成ccsd(t)/aug-cc-pvtz后,出现 ...

报错已经说得很清楚了,No analytic 2nd derivatives for this method.
看一下http://gaussian.com/freq/的availability页面就知道了
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发表于 Post on 2023-6-30 10:07:50 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 zjxitcc 于 2023-6-30 10:21 编辑
xyz0101 发表于 2023-6-29 22:13
您好,我按照您给出的方法用相同的基组泛函可以正常计算,但是基组泛函换成ccsd(t)/aug-cc-pvtz后,出现 ...

CCSD(T)不是泛函,世界上不止DFT一类方法,CCSD(T)方法分类属于波函数方法-耦合簇方法-考虑单双激发和微扰三激发。CCSD(T)耗时甚巨,一般不适合用来做结构优化和频率分析(除非是三、四个原子),你得清楚自己想算什么、要算什么,不然万一算一周一个分子都没算完,挨导师骂。
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发表于 Post on 2023-6-30 19:56:58 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 xyz0101 于 2023-6-30 21:48 编辑
wzkchem5 发表于 2023-6-30 03:35
报错已经说得很清楚了,No analytic 2nd derivatives for this method.
看一下http://gaussian.com/freq ...

没有二阶分析倒数,但为什么前两步可以算,但第三步优化才显示这种错误呢,而且我是在内坐标下进行的,这样可以避免ccsd(t)方法没有解析频率的问题。

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发表于 Post on 2023-6-30 20:03:25 | 只看该作者 Only view this author
zjxitcc 发表于 2023-6-30 10:07
CCSD(T)不是泛函,世界上不止DFT一类方法,CCSD(T)方法分类属于波函数方法-耦合簇方法-考虑单双激发和微 ...

因为体系不大,想用ccsd(t)做基准。那一般构建片段组合波函数用什么方法是大家认可的呢?

本版积分规则 Credits rule

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