铁离子加显式溶剂模型后优化SCF不收敛

wzkchem5

xyz0101 发表于 2023-6-30 12:56
没有二阶分析倒数，但为什么前两步可以算，但第三步优化才显示这种错误呢，而且我是在内坐标下进行的，这 ...

前两个什么步骤？
如果你指的是这个gjf文件里有三个任务，第三个任务是CCSD(T)的opt=calcfc计算，那当然在第三个任务（的第一步）报错。
用不用内坐标不是解决没有解析频率问题的方法，用数值频率才是。可能高斯里的某些写法允许你即使不明确要求用数值频率、也会自动给你用数值频率，但是用数值频率仍然是程序可以解决没有解析频率问题的根本原因。建议了解一下数值差分法和解析导数的关系

wzkchem5

xyz0101 发表于 2023-6-30 13:03
因为体系不大，想用ccsd(t)做基准。那一般构建片段组合波函数用什么方法是大家认可的呢？

只要构造出来的波函数正确即可，方法不重要

xyz0101

wzkchem5 发表于 2023-7-1 02:32
只要构造出来的波函数正确即可，方法不重要

我想要设置体系中一些原子的电荷，其他部分不变
O(Fragment=1)              
H(Fragment=1)                  1            B1
H(Fragment=2)                  1            B2    2            A1
O                                       1            B3    2            A2    3            D1    0
H                                       4            B4    1            A3    2            D2    0
H                                       4            B5    1            A4    2            D3    0

请问我其他部分该怎么设置呢

xyz0101

wzkchem5 发表于 2023-7-1 02:31
前两个什么步骤？
如果你指的是这个gjf文件里有三个任务，第三个任务是CCSD(T)的opt=calcfc计算，那当然 ...

第一步构造完波函数，我想要得到的改变后的体系的能量，进行了读取波函数单点能计算，但是单点计算完，电荷分布又恢复到了原始的状态，即没有设置片段电荷前的值，这是为什么呢？

wzkchem5

xyz0101 发表于 2023-7-1 04:59
第一步构造完波函数，我想要得到的改变后的体系的能量，进行了读取波函数单点能计算，但是单点计算完，电 ...

仔细阅读http://bbs.keinsci.com/thread-535-1-1.html

zjxitcc

xyz0101 发表于 2023-6-30 20:03
因为体系不大，想用ccsd(t)做基准。那一般构建片段组合波函数用什么方法是大家认可的呢？

（1）是二阶解析导数，不是“二阶分析倒数”。用内坐标不能避免高斯中CCSD(T)没有解析二阶导数的问题。

（2）片段组合波函数是用来构建HF/DFT初始轨道的，通常用于复杂体系的UHF和UDFT计算。在UHF计算完成后，CCSD(T)计算是一样的计算步骤（读取UHF轨道，做UCCSD(T)计算）；不是让你在UCCSD步骤去用片段组合波函数。

（3）“为什么前两步可以算，但第三步优化才显示这种错误”你没明确交待什么是“前两步”、什么是“第三步”。不过如果与问题无关，倒也不用继续谈这一点。

（4）目前你的计算略为混乱，想CCSD(T)，又想指定电荷，又想片段组合波函数，有理由怀疑进入了误区。建议把完整问题描述一下，然后让大家推荐你合适的做法。

xyz0101

zjxitcc 发表于 2023-7-1 16:55
（1）是二阶解析导数，不是“二阶分析倒数”。用内坐标不能避免高斯中CCSD(T)没有解析二阶导数的问题。
...

您好！我想要做的是规定一个原子带一个电荷，与不带电荷相比较，我在用组合片段波函数计算时，将片段2即带电荷的原子设置为1 -1，其余部分为-1 1，但按照教程，我计算出的结果，可以完成第一个任务，即电荷按设置情况分配，但我并未在log文件中找到体系的能量，在计算第二个任务，稳定波函数后，体系电荷又恢复的未设置的状态;计算第三个任务后，体系恢复的初始的状态和能量。
这是我的输入文件，请各位老师指正。
C%mem=36000MB
%nprocshared=12
%chk=1H2O-charge1.chk
#p b3lyp/aug-cc-pvtz guess(fragment=2,only)

Title Card Required

0 1 -1 1 1 -1
O(Fragment=1)                  0.00000000    0.12844200    0.00000000
H(Fragment=2)                  0.78587100   -0.59771700    0.00000000
H(Fragment=1)                 -0.78587100   -0.42982000    0.00000000

--link1--
%mem=36000MB
%nprocshared=12
%chk=1H2O-charge1.chk
#p b3lyp/aug-cc-pvtz guess=read geom=allcheck  scrf nosymm stable=opt

--link1--
%mem=36000MB
%nprocshared=12
%chk=1H2O-charge1.chk
#p opt(maxstep=15,calcfc)  b3lyp/aug-cc-pvtz guess=read geom=allcheck

zjxitcc

xyz0101 发表于 2023-7-3 23:40
您好！我想要做的是规定一个原子带一个电荷，与不带电荷相比较，我在用组合片段波函数计算时，将片段2 ...

片段组合波函数可以用来构建SCF初始猜测，但收敛结果并不一定你是预想的，因为：（1）一个人预想的不一定是合理的，不是真实基态SCF收敛解；（2）想啥就算出啥，这有很大任意性，不是严谨的科学。

你想要的能量在第二个任务中，SCF刚开始时，第一次输出的能量。如果想要更严谨的能量，像95L建议的那样使用Constrained DFT方法。

如果你还想在限制电荷的情况下做结构优化，那很容易让人怀疑你知不知道自己在算什么、要达到什么样的目的，或许已经走入了误区而不自知，需要别人提供更合适的方案。Anyway，算是可以算的，就是在Constrained DFT下做结构优化（高斯不支持）。

xyz0101

zjxitcc 发表于 2023-7-4 09:06
片段组合波函数可以用来构建SCF初始猜测，但收敛结果并不一定你是预想的，因为：（1）一个人预想的不一定 ...

我也用了qchem中的CDFT方法，结算出的结果没有按我设置的电荷分布，这是我的部分输入和输出信息。
input
$cdft
2
1 1 2
-1 3 3
$end

out:
Ground-State Mulliken Net Atomic Charges
      1 O                    -0.588026
      2 H                    -3.883611
      3 H                     2.468544
      4 O                    -0.560063
      5 H                     0.078551
      6 H                     0.269400
      7 O                     0.404533
      8 H                     1.440387
      9 H                     0.370286

smlscu

zjxitcc 发表于 2022-8-21 14:04
无论SCF不收敛、结构优化不收敛还是结构跑偏，这个问题首先要关注的不是计算结果报错，而是计算过程合理性 ...

老师，我构建类似体系片段组合波函数时报错并且找不到原因。体系为带一个氢氧根的三价铁配位5个水分子和一个羟基自由基。输入和输出文件贴附件。输入文件如下：
%chk=FeH2O6INT2.chk
%mem=48GB
%nprocshared=24
#p guess(fragment=3) nosymm UTPSSh def2TZVP scf=(xqc,maxcycle=300,vshift=500)

title

2 5 2 6 0 1 0 2
Fe(Fragment=1)    -0.11675200   -0.12176900   -0.16031000
H(Fragment=2)     -0.61023700    2.55520200   -0.60905100
H(Fragment=2)      2.58536100   -0.45094700   -0.23363400
H(Fragment=2)      0.62026700   -2.73388100    0.28630600
H(Fragment=2)     -1.96250600    0.40969800   -4.43918700
H(Fragment=2)     -2.76893500    0.31135800    0.45065800
H(Fragment=2)     -0.71843100   -0.55717300    2.51354800
O(Fragment=2)     -0.29335400    1.94362700    0.07046800
H(Fragment=2)     -0.50618300    2.31794000    0.93802100
O(Fragment=2)     -0.09000500   -0.02924900    2.00026000
H(Fragment=2)      0.77699400   -0.14182100    2.41758400
O(Fragment=2)     -2.12415400    0.50264600   -3.48962300
H(Fragment=2)     -2.91714300   -0.02222900   -3.31065800
O(Fragment=2)      1.95233500    0.18867400    0.12582300
H(Fragment=2)      2.28467000    1.07115900   -0.09970000
O(Fragment=2)     -2.19104100   -0.34808900    0.04042400
H(Fragment=2)     -2.57419600   -1.22231500    0.20421600
O(Fragment=2)      0.06997100   -2.15929000   -0.26262700
H(Fragment=2)      0.25368100   -2.31269600   -1.23831200
O(Fragment=1)     -0.08451600   -0.13715100   -2.02608300
H(Fragment=1)     -0.89131400    0.06698500   -2.61465700
O(Fragment=3)      0.26448176   -1.90917551   -5.23028809
H(Fragment=3)      1.13105147   -2.02617161   -5.65813806



报错信息如下：
No NMR shielding tensors so no spin-rotation constants.
Leave Link  601 at Mon Oct 30 15:19:27 2023, MaxMem=  6442450944 cpu:              27.6 elap:               1.3
(Enter /THFS/home/xfm/software//g16/l122.exe)
CPIOFr:  IOpCl= 1 IRwI=-1 IRwCP=  731 ICalc=  3 LCPTot=      219987 Len1MO=      430521 IndFrg=     1942071
CPIOFr:  IOpCl= 1 IRwI= 2 IRwCP=  731 ICalc=  0 LCPTot=      219987 Len1MO=      430521 IndFrg=      650508
CPIOFr:  IOpCl= 1 IRwI= 1 IRwCP=  731 ICalc=  0 LCPTot=      219987 Len1MO=      430521 IndFrg=      650508
CPIOFr:  IOpCl= 1 IRwI= 2 IRwCP=  731 ICalc= -1 LCPTot=      219987 Len1MO=      430521 IndFrg=      219987
CPIOFr:  IOpCl= 1 IRwI= 2 IRwCP=  731 ICalc=  0 LCPTot=      219987 Len1MO=      430521 IndFrg=      650508
FinFrg:  NACore=    17 NAVal2=    31 NAVal1=     6 NBCore=    17 NBVal2=    31 NBVal1=     0
          NA=    54 NB=    48 NAE=    53 NBE=     49
Bad data into FinFrg.
Error termination via Lnk1e in /THFS/home/xfm/software//g16/l122.exe at Mon Oct 30 15:19:27 2023.

zjxitcc

smlscu 发表于 2023-10-30 15:32
老师，我构建类似体系片段组合波函数时报错并且找不到原因。体系为带一个氢氧根的三价铁配位5个水分子和 ...

原因：复合物的自旋多重度 与 各个片段自旋多重度 存在矛盾之处。你是不是把第二个片段的自旋多重度写错了？亦或是把复合物的自旋多重度写错了？

smlscu

zjxitcc 发表于 2023-10-30 15:43
原因：复合物的自旋多重度 与 各个片段自旋多重度 存在矛盾之处。你是不是把第二个片段的自旋多重度写错 ...

复合物和每个片段都反复检查了应该是没有的问题老师。我觉得很奇怪。复合物就是带一个氢氧根的三价铁配位5个水分子和一个羟基自由基，电荷和自旋多重度是2和5。第一个片段是带一个氢氧根的三价铁，电荷和自旋多重度是2和6。第二个片段是水分子，电荷和自旋多重度是0和1。第三个片段是羟基自由基，电荷和自旋多重度是0和2。

zjxitcc

smlscu 发表于 2023-10-30 16:05
复合物和每个片段都反复检查了应该是没有的问题老师。我觉得很奇怪。复合物就是带一个氢氧根的三价铁配位 ...

无需“反复检查”，原因已在101L给出。我只能说得详细一点：
（1）如果你认定两个片段自旋多重度分别是6和2，这意味着5个alpha电子、1个alpha电子，整体有6个alpha未成对电子，则复合物自旋多重度为7，然而你却写了5，矛盾。
（2）如果你认定两个片段自旋多重度分别是6和-2，这意味着5个alpha电子、1个beta电子，整体有4个alpha未成对电子，则复合物自旋多重度为5。此时矛盾之处在于，你的第二个片段自旋多重度设置错误。

smlscu

zjxitcc 发表于 2023-10-30 16:29
无需“反复检查”，原因已在101L给出。我只能说得详细一点：
（1）如果你认定两个片段自旋多重度分别是6 ...

明白啦！谢谢大神老师！