铁离子加显式溶剂模型后优化SCF不收敛

smlscu

zjxitcc 发表于 2022-9-23 11:12
注意，我从未否定“显式溶剂模型下HO·自由基可以收敛”，从未否定“显式溶剂模型下HOO·自由基可以收敛 ...

哦哦好的老师，抱歉之前是我理解错了。这一步基元反应产物结构对应的反应物结构为[Fe(H2O)5-OOH]^(2+)[H3O]^(+)[(H2O)4]，该构型已收敛，我设想的是该反应物结构通过Fe-O bond cleavage和Fe-(H2O) formation的过渡态之后产生水合二价铁离子和OOH自由基的产物[Fe(H2O)6]^(2+)(H2O)3(HO2)[H3O]^(+)。目前这一步基元反应只有反应物结构收敛（附件INT_2.fchk），我尝试过通过拉长Fe-O键从反应物柔性扫描势能面得到过渡态，然而该过程质子化水上的H离子被转移回OOH自由基变成了双氧水，得到的过渡态和产物都不符合预期。因此我尝试先优化产物结构，然后倒着扫回过渡态。然而产物结构几何优化不能收敛（附件product.fchk）。这一步为设想的整个反应路径的最后一步。

ZH123456

zjxitcc 发表于 2022-8-21 14:04
无论SCF不收敛、结构优化不收敛还是结构跑偏，这个问题首先要关注的不是计算结果报错，而是计算过程合理性 ...

老师，我在第一步link1得到的稳定波函数的基础（输出文件的结构）上设置了过渡态的gjf文件，如下。提交linux系统马上就报错了，我实在找不到什么原因导致得了，恳请老师指点
%chk=TS1-R-Fe3+.chk
%mem=40GB
%nprocshared=40
#p opt=(calcfc,ts,noeigentest,gdiis,maxstep=4,notrust) freq
ub3lyp/6-31+g(d,p) scrf=(cpcm,solvent=water) nosymm guess=read pop=nbo
chkbasis scf=(xqc,maxcycle=128) int=ultrafine
报错文件： 1/11=1,14=-1,18=20,19=15,26=4,38=1/1,3;
2/9=110,12=2,15=1,17=6,18=5,40=1/2;
3/5=8,6=8,7=111,11=2,16=1,25=1,30=1,70=2101,71=1,72=1,74=-5,75=-5,116=2/1,2,3;
4/5=1/1;
5/5=2,7=128,8=3,13=1,38=6,53=1/2,8;
6/7=2,8=2,9=2,10=2,28=1,40=1/1,7;
7/30=1/1,2,3,16;
1/11=1,14=-1,18=20,19=15,26=4/3(2);
2/9=110,15=1/2;
99//99;
2/9=110,15=1/2;
3/5=8,6=8,7=111,11=2,16=1,25=1,30=1,70=2105,71=1,72=1,74=-5,75=-5,116=2/1,2,3;
4/5=5,16=3,69=1/1;
5/5=2,7=128,8=3,13=1,38=5,53=1/2,8;
7/30=1/1,2,3,16;
1/11=1,14=-1,18=20,19=15,26=4/3(-5);
2/9=110,15=1/2;
6/7=2,8=2,9=2,10=2,19=2,28=1,40=1/1,7;
99/9=1/99;
Error termination via Lnk1e in /data/home/liuzzgroup/g09/g09/l1.exe at Sun Sep 25 22:32:15 2022.
Job cpu time:       0 days  0 hours  0 minutes  1.9 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=      5 Int=      0 D2E=      0 Chk=      1 Scr=      1

smlscu

ZH123456 发表于 2022-9-25 22:44
老师，我在第一步link1得到的稳定波函数的基础（输出文件的结构）上设置了过渡态的gjf文件，如下。提交li ...

freq和pop=nbo去掉试一下呢 要先搜索过渡态
[Gaussian/gview] Gaussian 常见报错及解决方法；新手求助报错时的注意事项 http://bbs.keinsci.com/thread-4829-1-1.html 进这个链接ctrl+F搜索关键词，sob老师有在这里讲

ZH123456

smlscu 发表于 2022-9-26 20:58
freq和pop=nbo去掉试一下呢 要先搜索过渡态
[Gaussian/gview] Gaussian 常见报 ...

去掉freq和pop=full，只保留了opt=ts，可还是那样，网上说是内存和核数不正确，我修改以后还是计算不了，可以减掉关键词吗 老师

hebrewsnabla

ZH123456 发表于 2022-9-25 22:44
老师，我在第一步link1得到的稳定波函数的基础（输出文件的结构）上设置了过渡态的gjf文件，如下。提交li ...

看起来你没有写坐标 也没有geom=allcheck。

ZH123456

hebrewsnabla 发表于 2022-9-27 20:47
看起来你没有写坐标 也没有geom=allcheck。

坐标用的第一步第二小节得到稳定波函数的结构的坐标，写了geom=allcheck,输入文件如下
%chk=R-Fe3+.chk
%mem=4GB
%nprocshared=40
#p opt=(calcfc,ts) ub3lyp/6-31+g(d,p) chkbasis guess=read geom=allcheck scrf=(cpcm,solvent=water) nosymm int=ultrafine
scf=(xqc,maxcycle=128)

ZH123456

smlscu 发表于 2022-9-14 01:08
好的老师，前两步有按照您说的操作，激发态的时候是没有读取基态的初猜波函数，已改正并提交计算。除此之 ...

请问怎么读取基态的初猜波函数啊？是第一步计算得到稳定波函数的结果文件里的坐标结构吗？

smlscu

zjxitcc 发表于 2022-9-12 22:58
（1）你没写guess=read，没有读入辛苦算好的、稳定的基态波函数，变成了使用高斯默认初猜，那还算个啥， ...

老师，我用柔性扫描和IRC得到的过渡态和反应物及产物结构，在相同条件下即低精度b3lyp/6-31G*算频率高精度UPBE1PBE/def2TZVP算单点能之后加合得到吉布斯自由能（体系为三价铁和双氧水反应加显式溶剂模型，过渡态的吉布斯自由能量都低于反应物和产物。但是无论是柔性扫描还是IRC路径上显示的能量都是过渡态高于反应物和产物的。我也尝试了反应物和产物优化到稳定波函数之后或者直接读取扫出来的chk文件，然而结果都是过渡态能量最低。最后我尝试直接将要断的键拉长1/3并做过渡态优化，成功找到能量及结构最为合理的过渡态模型。

smlscu

ZH123456 发表于 2022-9-27 21:11
请问怎么读取基态的初猜波函数啊？是第一步计算得到稳定波函数的结果文件里的坐标结构吗？

当前工作文件夹目录下要有前一步计算所得chk文件

护卫天使

zjxitcc 发表于 2022-8-21 14:04
无论SCF不收敛、结构优化不收敛还是结构跑偏，这个问题首先要关注的不是计算结果报错，而是计算过程合理性 ...

老师好，按照您给的方法，算一个金属配合物，到了结构优化的时候，输出文件显示一直卡着某个地方，不知道我需不需要关掉它，重新再算？

zjxitcc

护卫天使 发表于 2022-9-29 14:18
老师好，按照您给的方法，算一个金属配合物，到了结构优化的时候，输出文件显示一直卡着某个地方，不知道 ...

截图内容是正常的计算过程。如果你觉得计算量太大，可以考虑自定义基组，给不重要的原子小一点的基组。如果你觉得计算不动了，就检查进程还在不在。你这体系自旋多重度是啥？

wzkchem5

护卫天使 发表于 2022-9-29 07:18
老师好，按照您给的方法，算一个金属配合物，到了结构优化的时候，输出文件显示一直卡着某个地方，不知道 ...

这是在做频率计算（可能是freq的步骤，也可能是calcfc的步骤）。因为频率计算当中输出文件更新速率比结构优化慢，所以如果你习惯了结构优化时输出文件的更新速度，就会觉得程序卡了。

zjxitcc

ZH123456 发表于 2022-9-27 21:06
坐标用的第一步第二小节得到稳定波函数的结构的坐标，写了geom=allcheck,输入文件如下
%chk=R-Fe3+.chk
...

（1）内存给得太小，40核计算怎么可能只给4GB，好歹40GB或80GB（如果机器配置允许的话）。
（2）R-Fe3+.chk文件是否为前一步计算得到的？是否把R-Fe3+.chk文件放到当前目录以供读取？

护卫天使

zjxitcc 发表于 2022-9-29 16:06
截图内容是正常的计算过程。如果你觉得计算量太大，可以考虑自定义基组，给不重要的原子小一点的基组。如 ...

老师好，我把输入文件上传一下，总体自旋多重度是1.

护卫天使

wzkchem5 发表于 2022-9-29 16:11
这是在做频率计算（可能是freq的步骤，也可能是calcfc的步骤）。因为频率计算当中输出文件更新速率比结构 ...

明白了，谢谢老师！