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楼主 Author: sobereva
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[量化理论] CASSCF计算双自由基以及双自由基特征的计算

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发表于 Post on 2022-5-21 19:33:41 | 只看该作者 Only view this author
deltazheng 发表于 2021-8-24 11:44
Sob老师,我学习了一下论坛中的相关内容,准备用如下流程来进行CAS计算:
1. 在UB3LYP-D3(BJ)/def2-SVP ...

请教一下前辈几个问题:
1. 对于断裂反应,比如乙烷断键,需要用UDFT获得对称破缺态波函数。那么对于CH3OO的C-O裂解生成CH3和3重态的O2,也需要guess=mix吗?我自己测试了,好像在能量上没什么区别
2. 在选择活性空间时,怎么来判断想要的轨道纳入的活性空间啊?

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发表于 Post on 2022-5-21 20:26:15 | 只看该作者 Only view this author
尚艳磊 发表于 2022-5-21 12:33
请教一下前辈几个问题:
1. 对于断裂反应,比如乙烷断键,需要用UDFT获得对称破缺态波函数。那么对于CH3 ...

1. 因为CH3OO已经有一个单电子了,这个单电子本身就会导致自旋对称性破缺,所以不需要额外的操作来使对称性破缺
2. 参见https://mp.weixin.qq.com/mp/appm ... d=1#wechat_redirect
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?hl=zh-CN&user=XW6C6eQAAAAJ&view_op=list_works&sortby=pubdate
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1034/1702.htm
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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发表于 Post on 2022-5-23 08:03:54 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-5-21 20:26
1. 因为CH3OO已经有一个单电子了,这个单电子本身就会导致自旋对称性破缺,所以不需要额外的操作来使对称 ...

谢谢

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发表于 Post on 2022-5-24 15:40:36 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 尚艳磊 于 2022-5-24 15:43 编辑
wzkchem5 发表于 2022-5-21 20:26
1. 因为CH3OO已经有一个单电子了,这个单电子本身就会导致自旋对称性破缺,所以不需要额外的操作来使对称 ...

再次感谢前辈的回答。根据参考资料,我以CH3OO为例子进行了尝试,考察C-O键断裂时的多参考态问题,想囊括O-O的两对pi成键和反键轨道(即6个电子在4个轨道上)和C的1个电子在1个轨道上,目前仍有几个问题:
1. 不同于闭壳层,开壳层的MO有alpha和beta,它们的形状某些时候是不一样的,不知有没有影响?
2. 如何通过分子轨道的形状来判断是想要考察的键?双原子分子轨道还比较容易一些,多原子分子轨道实在弄不明白。
O7和O8感觉像是pi成键轨道
C:\Users\admin\Desktop\7-alpha
C:\Users\admin\Desktop\7-beta
C:\Users\admin\Desktop\8-alpha
C:\Users\admin\Desktop\8-beta
O9和O10感觉像是pi反键轨道

C:\Users\admin\Desktop\9-alpha
C:\Users\admin\Desktop\9-beta
C:\Users\admin\Desktop\10-alpha
C:\Users\admin\Desktop\10-beta
O11像是C和O的sigma成键轨道
C:\Users\admin\Desktop\11-alpha
C:\Users\admin\Desktop\11-beta

3. 如果是这样的话,那么怎么把轨道调整到想要的地方呢?我看资料说casscf空间选择是自动选择HOMO和LUMO上下各一半的,对于CH3OO的体系,没有空轨道怎么办呢?


7-beta.png (56.59 KB, 下载次数 Times of downloads: 121)

7-beta.png

8-alpha.png (54.88 KB, 下载次数 Times of downloads: 155)

8-alpha.png

7-alpha.png (52.84 KB, 下载次数 Times of downloads: 131)

7-alpha.png

8-beta.png (56.36 KB, 下载次数 Times of downloads: 137)

8-beta.png

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10-beta.png (55.28 KB, 下载次数 Times of downloads: 125)

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11-alpha.png (54.28 KB, 下载次数 Times of downloads: 131)

11-alpha.png

CH3O2.fchk

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发表于 Post on 2022-5-24 16:18:25 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 zjxitcc 于 2022-5-24 16:21 编辑
尚艳磊 发表于 2022-5-24 15:40
再次感谢前辈的回答。根据参考资料,我以CH3OO为例子进行了尝试,考察C-O键断裂时的多参考态问题,想囊括 ...

时代不一样了,如今不会有“好像是xx键”、“好像是xx轨道”、“为何他能看出这轨道成分、而我看不出”、“这好像不是xx轨道”、“这有2列轨道、我只需要1列怎么办”这些问题了。借助于各种局域轨道(RHF局域轨道只是这其中最为基础的一种,绝不是最常用的),可以清晰展现所有化学键,挑选轨道毫无歧义,无需拥有“别人家的化学直觉”。例如这个体系的GVB轨道如下(仅展示部分)


可以看到成键、反键轨道十分清楚,用来做CASSCF计算不会产生任何歧义。当然,也不需要小基组作初猜、手动挑选轨道这些步骤了,MOKIT都自动算好了(但如果你愿意,仍然可以基于GVB轨道自行手动挑选,好处是挑哪个很清楚),当前结构下自动确定的活性空间为CAS(5,5)。用户要做的就是安装MOKIT, Gaussian, PySCF等程序,然后写一个gjf文件
  1. %mem=8GB
  2. %nprocshared=4
  3. #p CASSCF/cc-pVTZ

  4. mokit{}

  5. 0 2
  6. O                 -1.23394374   -0.29298704    0.00000000
  7. O                 -0.11258972    0.59963499    0.00000005
  8. C                  1.09908366   -0.21551164    0.00000000
  9. H                  1.13410555   -0.82814821   -0.88654494
  10. H                  1.90954833    0.49617360   -0.00000651
  11. H                  1.13411189   -0.82813912    0.88655103
复制代码
提交
  1. automr CH3O2.gjf >& CH3O2.out &
复制代码

即可。算完之后有UNO、局域UNO、GVB轨道、CASSCF自然轨道各种fch文件。附件上传的是GVB轨道和CASSCF自然轨道。
CH3O2.zip (565.19 KB, 下载次数 Times of downloads: 16)



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发表于 Post on 2022-10-12 14:33:25 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 somnus133937 于 2022-10-12 15:02 编辑

有个问题不太懂,上述方法只能针对于单重态基态的双自由基分子吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-10-12 19:20:16 | 只看该作者 Only view this author
somnus133937 发表于 2022-10-12 14:33
有个问题不太懂,上述方法只能针对于单重态基态的双自由基分子吗?

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
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发表于 Post on 2022-10-13 09:44:58 | 只看该作者 Only view this author

那Sob老师,想请问下,目前三重态基态的双自由基分子的y0是只能计算其最低单重态的占据数来进行判断吗?
谢谢老师~

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-10-13 10:57:34 | 只看该作者 Only view this author
somnus133937 发表于 2022-10-13 09:44
那Sob老师,想请问下,目前三重态基态的双自由基分子的y0是只能计算其最低单重态的占据数来进行判断吗?
...

三重态基态的不是一般意义的双自由基
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2022-10-13 12:25:30 | 只看该作者 Only view this author
somnus133937 发表于 2022-10-13 09:44
那Sob老师,想请问下,目前三重态基态的双自由基分子的y0是只能计算其最低单重态的占据数来进行判断吗?
...

“三重态基态的双自由基分子的y0”此话有歧义。三重态基态的双自由基分子 有T0, S1, ...各个电子态,你可以计算S1态的y0,不能计算T0态的y0(不能计算不存在的东西)。但你可以计算各个电子态的未成对电子数。
对于常见的基态为单重态的双自由基,人们常说“这个体系的y0”,其实他们是在说“这个体系S0态的y0”,不能忘记中间省略的S0态。
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发表于 Post on 2022-10-13 15:30:38 | 只看该作者 Only view this author
zjxitcc 发表于 2022-10-13 12:25
“三重态基态的双自由基分子的y0”此话有歧义。三重态基态的双自由基分子 有T0, S1, ...各个电子态,你可 ...

原来如此,谢谢您老师,这回我了解了,非常感谢~

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发表于 Post on 2022-11-8 17:20:04 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师,请问您在“2.2 CASSCF计算双自由基C4H8实例”里的计算,设置的电荷与自旋多重度分别是0和1吗?

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发表于 Post on 2022-11-8 17:32:01 | 只看该作者 Only view this author
糖糖糖豆9988 发表于 2022-11-8 17:20
Sob老师,请问您在“2.2 CASSCF计算双自由基C4H8实例”里的计算,设置的电荷与自旋多重度分别是0和1吗?

y。中性单线态双自由基

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-3-21 15:12:40 | 只看该作者 Only view this author
更新了本文,在3.1节加入了基于双正交化轨道计算双自由基特征的说明
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
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