谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算

wzkchem5

2532251334 发表于 2024-1-23 15:41
就是我直接自己先按体积比算好，然后用算好的参数就可以吗

有歧义，先按http://sobereva.com/620的要求仔细修改帖子，让你说的话没有歧义了，我们再回答你说的对不对

sobereva

2532251334 发表于 2024-1-23 22:41
就是我直接自己先按体积比算好，然后用算好的参数就可以吗

是

2532251334

sobereva 发表于 2024-1-23 23:23
是

好的谢谢老师

moiumuio

dear prof.
I would like to mix water with some other solvents (toluene, DMF, etc.) in order to calculate my complex.
Through the link: "https://comp.chem.umn.edu/solvation/mnsddb.pdf" does eps mean epsilon and epsinf=refraction^2?
And if there are some parameters that are not available for water, those parameters of the other solvent (toluene, DMF, etc.) are used with 100% ratio?
thank you.

sobereva

moiumuio 发表于 2024-4-4 14:32
dear prof.
I would like to mix water with some other solvents (toluene, DMF, etc.) in order to cal ...

eps=epsilon
When epsinf is not experimentally directly available, epsinf=refraction^2 is a good approximation
Water is special in SMD. You cannot use mixed solvent (in the case that non-polar parameters are also needed to be considered) containing water. If you need solvation free energy in this case, you can calculate solvation free energy for pure water and for another solvent respectively, and then take weighted average.

moiumuio

sobereva 发表于 2024-4-4 17:01
eps=epsilon
When epsinf is not experimentally directly available, epsinf=refraction^2 is a good a ...

Thank you for your advice prof.

Dolantin

请教下大家，我根据 溶质在溶剂环境下标况时的自由能 = 溶质在1atm气相下的自由能 + 直接通过隐式溶剂模型计算的溶解自由能 + 1.89kcal/mol 计算第一项溶质在1atm气相下的自由能 时，遭到审稿人质疑：“为什么气相下的自由能基于 隐式溶剂模型下opt freq得到的构型进行计算，而不是真空下的”。 我计算高精度单点时是没加隐式溶剂模型，是按照帖子中讲究的人的方法计算，除了sob提到的这些经验性的观点之外： “对于绝大多数中性分子，而且局部也不显离子性的情况，是否考虑隐式溶剂模型对几何结构以及振动频率的影响很小，用不用溶剂模型优化出来的结构的差异肉眼上甚至都看不出来。但是对于局部带很显著电荷的情况，不考虑溶剂模型优化出的结构可能与实际溶剂环境下其结构相差甚远、结果定性错误。如果你不清楚结构优化（以及随后的振动分析）时该不该加隐式溶剂模型，建议你一律加上，反正耗时也就增加一点（对于普通泛函做DFT而言），还可以避免对某些体系得到定性错误结果的风险，也避免一些的审稿人的吐槽。对几何结构的影响基本上都是溶剂的极性部分所致，是否考虑非极性部分对结构优化和振动分析总是很小的。还值得一提的是，有些反应，在溶剂下和气相下反应路径上的势能面差异极大。比如Menschutkin反应，在溶剂环境下才有过渡态，在气相下连过渡态都没有，这是因为这个反应的两个产物都显离子性，溶剂环境对二者稳定化程度十分显著。所以，研究溶液下化学反应过程，如果你心里没数，所有计算都应当加上隐式溶剂模型。//如前所述，对于某些情况气相和溶剂下结构差异甚大，甚至不用溶剂模型都优化不出某些结构的情况，还是应当在溶剂模型下优化结构再计算溶解自由能。如果你搞不清楚，就索性优化时候总是带着溶剂模型。//对于中性且没有局部显离子性的体系，带不带隐式溶剂模型对结构和自由能的热校正量影响甚微”。  是否有其他文献可以说明问题呢？我看帖子提到的文献是针对 溶解自由能(solvation free energy)在什么结构下计算。谢谢大家啦~

sobereva

Dolantin 发表于 2024-5-9 07:53
请教下大家，我根据 溶质在溶剂环境下标况时的自由能 = 溶质在1atm气相下的自由能 + 直接通过隐式溶剂模型 ...

把我这段话用作回复就完了

Dolantin

sobereva 发表于 2024-5-10 07:34
把我这段话用作回复就完了

好的，谢谢sob老师

Dolantin

各位老师好，大家有看着根据sob老师公式【溶质在溶剂下的自由能 = 溶质在1atm气相下的自由能 + 直接通过隐式溶剂模型计算的溶解自由能 + 1.89kcal/mol】计算自由能的文献吗？ 由于计算溶剂下的自由能遭到审稿人质疑，准备在正文和回复中引用相关文献进行说明，自己课题组的也可。一时没搜着严格按照此公式计算自由能的文献，回复审稿意见的时间稍紧，感激不尽

sobereva

Dolantin 发表于 2024-5-30 16:14
各位老师好，大家有看着根据sob老师公式【溶质在溶剂下的自由能 = 溶质在1atm气相下的自由能 + 直接通过隐 ...

谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327（http://bbs.keinsci.com/thread-3345-1-1.html）
里面都说了

对这点还心存疑虑的话，一定仔细去看J. Phys. Chem. A, 114, 13442 (2010)，包括其中补充材料部分，文章专门说了这个问题。

Dolantin

sobereva 发表于 2024-5-31 09:52
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327（http://bbs.keinsci.com/th ...

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wang0108

各位老师好，我想问一下sob老师说的”一种粗略但比较省事的计算溶剂下焓或自由能的方法如下：(2)在(1)的结构下结合溶剂模型用高级别计算单点“中还用算在真空下的电子能量吗？为什么用这种方法就相当于是在高级别下计算了溶解自由能呢？用这种方法计算可以用于文章的发表吗？

wzkchem5

wang0108 发表于 2024-6-10 11:52
各位老师好，我想问一下sob老师说的”一种粗略但比较省事的计算溶剂下焓或自由能的方法如下：(2)在(1)的结 ...

sob老师已经说了，这种方法是计算“溶剂下焓或自由能”，也就是真空下自由能和溶解自由能之和，不是溶解自由能本身。如果要得到溶解自由能本身，那必须再做一个真空的计算

wang0108

wzkchem5 发表于 2024-6-10 19:19
sob老师已经说了，这种方法是计算“溶剂下焓或自由能”，也就是真空下自由能和溶解自由能之和，不是溶解 ...

明白了，谢谢老师