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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算

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发表于 Post on 2024-6-10 19:19:55 | 只看该作者 Only view this author
wang0108 发表于 2024-6-10 11:52
各位老师好,我想问一下sob老师说的”一种粗略但比较省事的计算溶剂下焓或自由能的方法如下:(2)在(1)的结 ...

sob老师已经说了,这种方法是计算“溶剂下焓或自由能”,也就是真空下自由能和溶解自由能之和,不是溶解自由能本身。如果要得到溶解自由能本身,那必须再做一个真空的计算
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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发表于 Post on 2024-6-11 09:42:39 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2024-6-10 19:19
sob老师已经说了,这种方法是计算“溶剂下焓或自由能”,也就是真空下自由能和溶解自由能之和,不是溶解 ...

明白了,谢谢老师

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发表于 Post on 2024-6-11 09:58:19 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-5-10 07:34
把我这段话用作回复就完了

sob老师,审稿人还是比较较真,我用您的观点在论文第一轮大修中回复了审稿人,还是没能说服他并让他理解,现在整到第二轮大修了。您有推荐的文献来支撑观点吗

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发表于 Post on 2024-6-26 21:01:22 | 只看该作者 Only view this author
各位老师好,最近在进行氧化还原反应,想计算一下自由能,有几个问题想请教一下:
(1)反应物涉及到了氢氧根,我看到这篇文献J. Phys. Chem. B, 110, 16066 (2006)里面计算了质子、氢氧根等离子的溶解自由能,可以直接用吗?要是可以直接用的话气相中的自由能要怎么计算呢?
(2)最后生成物有水,溶剂是水,这样的水要怎么计算呢?
(3)对于有过渡金属的结构,比如Ni(OH)2,它可以直接用B3LYP/6-31G(d,p)来进行第一步的结构优化和振动分析吗,还是需要把过渡金属单独选用适合的基组
谢谢各位

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-6-27 03:38:55 | 只看该作者 Only view this author
wang0108 发表于 2024-6-26 21:01
各位老师好,最近在进行氧化还原反应,想计算一下自由能,有几个问题想请教一下:
(1)反应物涉及到了氢 ...

1 可以。气相自由能平时该怎么算还怎么算。注意标准态转换问题就行了
使用Shermo结合量子化学程序方便地计算分子的各种热力学数据
http://sobereva.com/552http://bbs.keinsci.com/thread-17494-1-1.html

2 按常规产物计算。注意如果你要计算考虑实际浓度的反应自由能的话,必须得考虑浓度校正,水的实际浓度和1M标准态浓度相距甚远。

3 这么小体系建议用PBE0/def2-TZVP。如果配体较大,基组改用更便宜的def-TZVP或6-311G**,而且此时若配体间或配体内色散作用对结构影响显著,还得再加D3或D4。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
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思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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发表于 Post on 2024-6-27 19:58:57 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-6-27 03:38
1 可以。气相自由能平时该怎么算还怎么算。注意标准态转换问题就行了
使用Shermo结合量子化学程序方便地 ...

很详细,感谢sob老师的解答

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发表于 Post on 2024-7-23 22:23:39 | 只看该作者 Only view this author
请问老师,如果采用文中省事的方法算溶剂下焓或自由能,会被审稿人诟病吗

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-7-24 04:40:27 | 只看该作者 Only view this author
kl19990215 发表于 2024-7-23 22:23
请问老师,如果采用文中省事的方法算溶剂下焓或自由能,会被审稿人诟病吗

一般不会
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发表于 Post on 2024-7-31 17:10:38 | 只看该作者 Only view this author
Dolantin 发表于 2024-6-11 09:58
sob老师,审稿人还是比较较真,我用您的观点在论文第一轮大修中回复了审稿人,还是没能说服他并让他理解 ...

如果结构不是很多,最直接的办法就是你把这两种情况都算一下,把结果扔给审稿人不就行了,审稿人可能是觉得你在偷懒不想算
用心去观察这纷纷扰扰的红尘

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发表于 Post on 2024-9-12 21:21:33 | 只看该作者 Only view this author
请问Gaussian16中scrf输入的关键字:用哪个关键词能让iefpcm同时包含d3?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-9-13 02:25:30 | 只看该作者 Only view this author
gaojiahao 发表于 2024-9-12 21:21
请问Gaussian16中scrf输入的关键字:用哪个关键词能让iefpcm同时包含d3?

二者八竿子打不着
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发表于 Post on 2024-9-13 20:37:20 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-9-13 02:25
二者八竿子打不着

好的,谢谢老师解答。

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发表于 Post on 2024-10-18 20:50:56 | 只看该作者 Only view this author
老师,用讲究的方法计算标况下气相下自由能,我先在隐式溶剂模型下优化(结构在气相和溶剂模型下差异较大),然后用优化后的结构做振动分析用于给Shermo程序作为输入文件,请问做振动分析时应不应该带隐式溶剂模型呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-10-20 10:20:39 | 只看该作者 Only view this author
喝了假咖啡 发表于 2024-10-18 20:50
老师,用讲究的方法计算标况下气相下自由能,我先在隐式溶剂模型下优化(结构在气相和溶剂模型下差异较大) ...

你既然计算气相下自由能,还带溶剂模型干嘛
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发表于 Post on 2024-10-20 20:07:44 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-10-20 10:20
你既然计算气相下自由能,还带溶剂模型干嘛

老师,频率计算带溶剂模型无虚频,不带溶剂模型却出现2个虚频,在气相下重新优化消虚频那结构跟溶剂模型下优化的又不一样了。。。这种情况有什么好的解决方法吗?

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