谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算

Dolantin · 发表于 Post on 2024-6-11 09:58:19

sobereva 发表于 2024-5-10 07:34
把我这段话用作回复就完了

sob老师，审稿人还是比较较真，我用您的观点在论文第一轮大修中回复了审稿人，还是没能说服他并让他理解，现在整到第二轮大修了。您有推荐的文献来支撑观点吗

wang0108 · 发表于 Post on 2024-6-26 21:01:22

各位老师好，最近在进行氧化还原反应，想计算一下自由能，有几个问题想请教一下：
（1）反应物涉及到了氢氧根，我看到这篇文献J. Phys. Chem. B, 110, 16066 (2006)里面计算了质子、氢氧根等离子的溶解自由能，可以直接用吗？要是可以直接用的话气相中的自由能要怎么计算呢？
（2）最后生成物有水，溶剂是水，这样的水要怎么计算呢？
（3）对于有过渡金属的结构，比如Ni（OH）2，它可以直接用B3LYP/6-31G(d,p)来进行第一步的结构优化和振动分析吗，还是需要把过渡金属单独选用适合的基组
谢谢各位

sobereva · 发表于 Post on 2024-6-27 03:38:55

wang0108 发表于 2024-6-26 21:01
各位老师好，最近在进行氧化还原反应，想计算一下自由能，有几个问题想请教一下：
（1）反应物涉及到了氢 ...

1 可以。气相自由能平时该怎么算还怎么算。注意标准态转换问题就行了
使用Shermo结合量子化学程序方便地计算分子的各种热力学数据
http://sobereva.com/552（http://bbs.keinsci.com/thread-17494-1-1.html）

2 按常规产物计算。注意如果你要计算考虑实际浓度的反应自由能的话，必须得考虑浓度校正，水的实际浓度和1M标准态浓度相距甚远。

3 这么小体系建议用PBE0/def2-TZVP。如果配体较大，基组改用更便宜的def-TZVP或6-311G**，而且此时若配体间或配体内色散作用对结构影响显著，还得再加D3或D4。

wang0108 · 发表于 Post on 2024-6-27 19:58:57

sobereva 发表于 2024-6-27 03:38
1 可以。气相自由能平时该怎么算还怎么算。注意标准态转换问题就行了
使用Shermo结合量子化学程序方便地 ...

很详细，感谢sob老师的解答

kl19990215 · 发表于 Post on 2024-7-23 22:23:39

请问老师，如果采用文中省事的方法算溶剂下焓或自由能，会被审稿人诟病吗

sobereva · 发表于 Post on 2024-7-24 04:40:27

kl19990215 发表于 2024-7-23 22:23
请问老师，如果采用文中省事的方法算溶剂下焓或自由能，会被审稿人诟病吗

一般不会

alonewolfyang · 发表于 Post on 2024-7-31 17:10:38

Dolantin 发表于 2024-6-11 09:58
sob老师，审稿人还是比较较真，我用您的观点在论文第一轮大修中回复了审稿人，还是没能说服他并让他理解 ...

如果结构不是很多，最直接的办法就是你把这两种情况都算一下，把结果扔给审稿人不就行了，审稿人可能是觉得你在偷懒不想算

gaojiahao · 发表于 Post on 2024-9-12 21:21:33

请问Gaussian16中scrf输入的关键字：用哪个关键词能让iefpcm同时包含d3？

sobereva · 发表于 Post on 2024-9-13 02:25:30

gaojiahao 发表于 2024-9-12 21:21
请问Gaussian16中scrf输入的关键字：用哪个关键词能让iefpcm同时包含d3？

二者八竿子打不着

gaojiahao · 发表于 Post on 2024-9-13 20:37:20

sobereva 发表于 2024-9-13 02:25
二者八竿子打不着

好的，谢谢老师解答。

喝了假咖啡 · 发表于 Post on 2024-10-18 20:50:56

老师，用讲究的方法计算标况下气相下自由能，我先在隐式溶剂模型下优化（结构在气相和溶剂模型下差异较大），然后用优化后的结构做振动分析用于给Shermo程序作为输入文件，请问做振动分析时应不应该带隐式溶剂模型呢？

sobereva · 发表于 Post on 2024-10-20 10:20:39

喝了假咖啡发表于 2024-10-18 20:50
老师，用讲究的方法计算标况下气相下自由能，我先在隐式溶剂模型下优化（结构在气相和溶剂模型下差异较大） ...

你既然计算气相下自由能，还带溶剂模型干嘛

喝了假咖啡 · 发表于 Post on 2024-10-20 20:07:44

sobereva 发表于 2024-10-20 10:20
你既然计算气相下自由能，还带溶剂模型干嘛

老师，频率计算带溶剂模型无虚频，不带溶剂模型却出现2个虚频，在气相下重新优化消虚频那结构跟溶剂模型下优化的又不一样了。。。这种情况有什么好的解决方法吗？

sobereva · 发表于 Post on 2024-10-20 20:35:35

喝了假咖啡发表于 2024-10-20 20:07
老师，频率计算带溶剂模型无虚频，不带溶剂模型却出现2个虚频，在气相下重新优化消虚频那结构跟溶剂模型 ...

实际是什么环境就在什么环境下计算，别管其它的，有虚频该怎么解决怎么解决
Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法
http://sobereva.com/278（http://bbs.keinsci.com/thread-633-1-1.html）

月夕江YXJ · 发表于 Post on 2024-11-12 16:38:14

sob老师，我在结构优化的时候使用PCM溶剂模型，按照本文的方法定义了水和乙腈的混合溶剂模型，在计算能量的时候使用SMD溶剂模型，也定义了混合溶剂，请问对于两种溶剂模型的自定溶剂方法我需要引哪些参考文献

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[综合交流] 谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算