简单量子化学问题答疑专帖

498746012 · 发表于 Post on 2023-5-29 17:28:15

本帖最后由 498746012 于 2023-5-29 17:31 编辑

sobereva 发表于 2023-5-29 10:38
当前问题和量子化学没直接关系，别在此帖里问

sob老师您好，我应该在哪里发帖呀？有没有简单问题专栏呀？

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-5-29 18:01:54

糖糖糖豆9988 发表于 2023-5-29 10:18
请教各位老师，我在计算一个双自由基发生的分子内氢迁移反应时，反应物→TS的H(0)势垒为负值-0.47 kcal/mol ...

可以考虑用包含核量子效应的分子动力学（包括但不限于PIMD）计算

红烧肉盖饭 · 发表于 Post on 2023-5-29 20:48:18

老师您好。我目前的工作内容是将Gaussian中优化好的体系导入MS中形成晶胞，再在VASP中进行吸附优化。
现在我的问题是，结构是全新的，在Material Project中找不到该体系的晶胞参数。对于这种未知的体系如何进行晶胞的构建呢？
我看到有博文是说通过找到相似的结构，对其进行修改从而得到想要的结构，这种方式是合理的吗？

桃子量子 · 发表于 Post on 2023-5-29 22:31:37

请教各位老师
计算原子数小于40的键能，优化使用的是m06-2x/6-311G+(2d,p),
那么在计算单点能的时候选择CCSD(T)是否可以呢，
使用CCSD(T)的时候后面6-311G+(2d,p)没有改变，是否正确呢，这样做可以吗
还是CCSD(T)/cc-pVDZ或者CCSD(T)/cc-pVTZ正确呢，
他们之间有什么不同吗，

sobereva · 发表于 Post on 2023-5-29 22:41:07

桃子量子发表于 2023-5-29 22:31
请教各位老师
计算原子数小于40的键能，优化使用的是m06-2x/6-311G+(2d,p),
那么在计算单点能的时候选择C ...

CCSD(T)算不动40原子体系，可以用DLPNO-CCSD(T)
6-311G+(2d,p)给CCSD(T)用是开玩笑，最起码用cc-pVTZ，仔细看下文
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336（http://bbs.keinsci.com/thread-3545-1-1.html）

sobereva · 发表于 Post on 2023-5-29 22:42:08

红烧肉盖饭发表于 2023-5-29 20:48
老师您好。我目前的工作内容是将Gaussian中优化好的体系导入MS中形成晶胞，再在VASP中进行吸附优化。
现在 ...

这是晶体结构预测问题，有专门的程序，诸如USPEX
在Gaussian里做单分子的优化并没什么用处

sobereva · 发表于 Post on 2023-5-29 22:42:35

498746012 发表于 2023-5-29 17:28
sob老师您好，我应该在哪里发帖呀？有没有简单问题专栏呀？

http://bbs.keinsci.com/forum-64-1.html

sobereva · 发表于 Post on 2023-5-29 22:50:02

糖糖糖豆9988 发表于 2023-5-29 17:18
请教各位老师，我在计算一个双自由基发生的分子内氢迁移反应时，反应物→TS的H(0)势垒为负值-0.47 kcal/mol ...

其实算这个的k意义不大
本身势垒就已经极低了，再加上隧道效应，迁移速率肯定极快，基本当成无势垒过程看待都可以。而且自由能垒的绝对值才这么小，理论方法的误差轻易引入数量级的误差，算也基本不可能算准

红烧肉盖饭 · 发表于 Post on 2023-5-30 08:45:14

老师您好。我在MS中建立了我想要的晶体之后导出cif文件，在导入VASP之后，原有的结构被自动clean了。请问如何调整成想要的结构呢？因为这个结构是我在gaussian优化对比出来之后的能量最低结构，所以不想让他变化。

糖糖糖豆9988 · 发表于 Post on 2023-5-30 09:01:24

本帖最后由糖糖糖豆9988 于 2023-5-30 14:46 编辑

sobereva 发表于 2023-5-29 22:50
其实算这个的k意义不大
本身势垒就已经极低了，再加上隧道效应，迁移速率肯定极快，基本当成无势垒过程 ...

谢谢社长，①你提到的势垒即H(0)吗？②若将其视作无能垒反应处理，利用您之前在“使用KiSThelP结合Gaussian基于过渡态理论计算反应速率常数”一文中的教程，通过VTST在kisthelp是不是可以计算这个反应的k呢？还是说即便当做无能垒反应处理仍然计算的不准确？谢谢老师

桃子量子 · 发表于 Post on 2023-5-30 09:15:31

sobereva 发表于 2023-5-29 22:41
CCSD(T)算不动40原子体系，可以用DLPNO-CCSD(T)
6-311G+(2d,p)给CCSD(T)用是开玩笑，最起码用cc-pVTZ， ...

好的老师，我去好好看看。
老师，如果原子数在20左右的体系，是不是可以在CCSD(T)/cc-pVTZ上面计算单点能了呢

iamjjLin · 发表于 Post on 2023-5-30 15:12:27

各位老师好！我在优化分子的T2和T3能量时ZPE出现了问题。
分子方法和基组是：PBE1PBE/6-31G(d)/SDD
分子优化正常结束，无虚频，Converge四个YES，激发能之间也没有交叉。
Etot上T3>T2，正常。但是加上ZPE(Zero point energy)后，T2>T3，出现了问题。
经过检查发现是T2的ZPE明显大了很多。我想知道为什么T2的ZPE出现明显增大？或者说是什么因素影响着ZPE的大小？
我画势能图时是使用Etot还是Etot+ZPE？这两种画法有哪方面的区别？
感谢各位老师！

吴双 · 发表于 Post on 2023-5-30 16:52:27

本帖最后由吴双于 2023-5-30 21:44 编辑

大家好，想跟大家请教一下，我想用高斯计算催化剂失去一个电子的吉布斯自由能，初始催化剂结构为LnCrⅢMoⅥO18（Ln为有机配体简称，Cr +3 Mo +6 其余O原子化合价为-2），催化剂失去一个电子，预期是Cr由3d3变为3d2,但是实际结构优化结束后，观察自旋密度Cr由一开始的3变为2.7只失去了0.3电子，6个Mo原子上自旋密度0.1，催化剂上的所有氧原子总的自旋密度是-0.8，请问一下有什么方法可以指定Cr的电子排布使得失去电子后变为3d2么。

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-5-30 17:10:50

吴双发表于 2023-5-30 09:52
大家好，想跟大家请教一下，我想用高斯计算催化剂失去一个电子的吉布斯自由能，初始催化剂结构为LnCrⅢMoⅥ ...

用指定片段初猜的方法（http://sobereva.com/82）。注意（1）即使Cr取3d2电子构型的组态确实存在，这个方法也不保证成功；（2）有可能Cr取3d2电子构型的组态从客观上就不存在，因此即使所有方法都不奏效也是有可能的

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-5-30 17:11:27

桃子量子发表于 2023-5-30 02:15
好的老师，我去好好看看。
老师，如果原子数在20左右的体系，是不是可以在CCSD(T)/cc-pVTZ上面计算单点 ...

一般来说可以

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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

关于高斯单点能的计算