简单量子化学问题答疑专帖

hehe321123

请问各位老师，我想让我这个体系的三苯基膦上的苯与钠配上，但是始终没有配上，请问有什么建议或方法？还有三苯基膦上的苯环容易与下面环状结构重叠，是不是优化成这样可以认为这种重叠构像比钠的n3配位更稳定

化小白

老师，我在做IRC分析时，发现从过渡态往产物方向走的很好，是想要的产物，而往反应物方向就只走一个点，趋势是想要的，但是无论设置走多长的点，反应物方向就只走一个点就正常结束了，频率分析后，发现负频为-62，有点小。想问一下老师，这是咋回事

wzkchem5

hehe321123 发表于 2023-5-31 03:45
请问各位老师，我想让我这个体系的三苯基膦上的苯与钠配上，但是始终没有配上，请问有什么建议或方法？还有 ...

实验上已知能配吗？可能本来客观上就不能配，毕竟苯环是很弱的软碱，钠离子是很弱的软酸，两者本来就不怎么亲和

wzkchem5

化小白 发表于 2023-5-31 04:35
老师，我在做IRC分析时，发现从过渡态往产物方向走的很好，是想要的产物，而往反应物方向就只走一个点，趋 ...

参见http://sobereva.com/400

wzkchem5

吴双 发表于 2023-5-31 02:55
大家好，我在用高斯优化一个开壳层体系，电荷-3 自选多重度3，在观察自旋密度的时候发现从Mulliken charges ...

那估计是高斯认为K和某个氢原子成键了。如果事实不是这样的话，只看前者（不sum into heavy atoms）而不看后者（summed into heavy atoms）就行了

wzkchem5

Roonry 发表于 2023-5-31 02:02
老师麻烦您再看一下 我觉得应该没有问题吧 感谢老师

这个应该没问题。不过这个加成途径未必是主反应途径，另一种区域选择性的加成最好也考虑一下

化小白

wzkchem5 发表于 2023-5-31 16:08
参见http://sobereva.com/400

好的，谢谢老师，老师，那么小的负频会是不对的吗？

wzkchem5

化小白 发表于 2023-5-31 09:15
好的，谢谢老师，老师，那么小的负频会是不对的吗？

首先，那叫虚频，不叫负频。

其次，虚频绝对值越小，越有可能是因为数值误差导致的假虚频。但假如你格点设置合理的话，-62 cm-1几乎不可能是假虚频。因此这个虚频本身没问题，至于这个虚频是否对应于你想找的过渡态，还是说对应于某个你不想要的过渡态，就是另一码事了

化小白

wzkchem5 发表于 2023-5-31 16:20
首先，那叫虚频，不叫负频。
其次，虚频越小，越有可能是因为数值误差导致的假虚频。但假如你格点设置合 ...

好的，谢谢老师

吴双

wzkchem5 发表于 2023-5-31 16:09
那估计是高斯认为K和某个氢原子成键了。如果事实不是这样的话，只看前者（不sum into heavy atoms）而不 ...

好的 谢谢老师

啊不错的飞过海

Roonry 发表于 2023-5-30 19:37
谢谢老师回复 我这个是热解状态下的 是不是不会有两个协同的作用？
是 我也觉得HCl摆反了 但是我是看热 ...

热解，那就是气相反应咯？气相三分子确实不很多，协同机制可以往后稍稍。
楼下的IRC端点看起来没啥问题，那这个确实是一步可能存在的基元反应。主反应途径确实可能还有别的：比如反过来区域选择性的加质子后再氢迁移得到一级碳正，再和氯负结合，脑测这个反应途径可能比直接这样加成能垒小，可以试试。

Roonry

wzkchem5 发表于 2023-5-31 16:12
这个应该没问题。不过这个加成途径未必是主反应途径，另一种区域选择性的加成最好也考虑一下

好的好的 谢谢老师

Roonry

啊不错的飞过海 发表于 2023-5-31 18:35
热解，那就是气相反应咯？气相三分子确实不很多，协同机制可以往后稍稍。
楼下的IRC端点看起来没啥问题 ...

好的 谢谢老师 您说的这个路径有可以参考的文献吗 我刚入门没太明白

Roonry

各位老师好 图1和图2我都进行了结构优化 我想问一下为什么同一种物质由于最初的分子摆放不同 优化后的结构也不同？

cokie

各位老师好，有个有机共轭小分子（芳环骨架）的计算，我从基态/激发态的优化，以及垂直激发/发射能，都是用M06-2X(D3)/Def2-TZVP来算的，能量和试验值吻合很好，就是homo-lumo gap很大。因为投的不是计算类杂志，所以审稿人问的问题包含一条：说我homo-lumo gap过大，和吸收光谱对应较差。

1. 请问老师们，我该怎么回复比较合适呢？

2. 另，如果需要重算，我应该怎么调整呢？（1）是需要把所有计算内容都改用B3LYP(D3)-BJ重算一遍吗？（2）还是基态/激发态优化该用B3LYP(D3)-BJ,算能量依旧改用M06-2X(D3)呢？（我尝试这两种方法，和试验的误差在0.3 eV（1）和0.15 eV（2））。

有拜读sob老师的《简谈量子化学计算中DFT泛函的选择》和《量子化学研究中切换泛函应当注意的问题》两篇博文，文中有提到可以选择B3LYP(D3)-BJ优化以及频率计算，M06-2X算单点。但亦提到M06-2X做大共轭的优化更有优势，难道要仅仅为了一个HOMO-LUMO Gap而改用B3LYP（D3）-BJ吗，我实在不知道该怎么回复。

有些迷茫，针对我遇到的问题，老师们有怎样的建议呢？