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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

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发表于 Post on 2024-5-16 23:49:00 | 只看该作者 Only view this author
wlwlw 发表于 2024-5-16 15:57
谢谢您 我了解了
ps:请问可以问一下您我我输出文件最后这里这些话有问题吗 如果没有我就算下去了谢 ...

这些都没有问题
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?hl=zh-CN&user=XW6C6eQAAAAJ&view_op=list_works&sortby=pubdate
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1034/1702.htm
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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发表于 Post on 2024-5-17 00:15:05 | 只看该作者 Only view this author

太谢谢您了 麻烦了

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发表于 Post on 2024-5-17 14:35:19 | 只看该作者 Only view this author
各位老师好,在ORCA或者FCclasses软件里,对于AH模型,如果初末态构象差别较大,选择CARTESIAN坐标会报k^2过大无法计算的错误,此时应该转用INTERNAL坐标。我的困惑是,CARTESIAN坐标在什么情况下会比INTERNAL坐标有优势呢?还是说绝大多数情况下,全部都可以使用INTERNAL坐标来替代CARTESIAN坐标计算呢?

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发表于 Post on 2024-5-18 10:47:54 | 只看该作者 Only view this author
Hi everyone,
I would like to ask if I can use visualization methods like hole-electron analysis for adiabatic excitation? Or are there any similar methods that suit adiabatic excitation?
Thank you

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发表于 Post on 2024-5-18 18:42:21 | 只看该作者 Only view this author

使用Gaussian在结构优化时出现l301报错,该怎么解决?

本帖最后由 KYJY 于 2024-5-18 18:44 编辑

卢老师您好,我在计算[Ac(H2O)9(H2O)2}3+,其中包含两个游离水,结构优化的泛函可以用PBE0-D3BJ,Ac使用用SDD基组,水分子O,H使用def2TZVP,使用隐式溶剂模型scrf,电荷数为3,自旋多重度为2,出现了l301报错,通过查看基组信息输入文件,最后空了两行,请教卢老师,该怎么解决了?
计算输入文件信息如下:
ps:输入文件以Ac2.gjf文件格式上传,报错文件以Ac2.log文件上传
%nprocshared=64
%mem=200GB
%chk=Ac2.chk
# opt=loose genecp scrf pbe1pbe EmpiricalDispersion=GD3

Ac

3 2
Ac                -1.00712481   -0.39245844    1.64400582
O                 -1.00712481    1.43748694    0.15373741
H                 -0.45375235    1.23334047   -0.60369452
O                  1.03669490    0.78754197    1.64400582
H                  1.16957289    1.51739032    1.03469077
O                  0.57765473   -1.30743011    0.15373716
H                  0.70774321   -2.23683330    0.35594174
O                  0.57765473   -1.30743011    3.13427447
H                  0.19734695   -2.06919699    3.57775751
O                 -1.00712481   -2.75245844    1.64400582
H                 -1.67094897   -3.07245844    2.25925982
O                 -2.59190435   -1.30743011    0.15373716
H                 -2.17664882   -1.46622409   -0.69711377
O                 -2.59190435   -1.30743011    3.13427447
H                 -2.65083233   -0.75526622    3.91737251
O                 -3.05094453    0.78754197    1.64400582
H                 -3.18862345    1.18907496    2.50506085
O                 -1.00712481    1.43748694    3.13427422
H                 -1.13290466    2.25033802    2.64505764
H                 -0.66354160    2.21437457    0.60094674
H                  1.73520121    0.53769379    2.25332086
H                  1.41109198   -0.84009091    0.24634610
H                  1.35782030   -1.57852889    2.64494112
H                 -0.14238714   -3.07245844    1.91126740
H                 -2.31987580   -2.19279322    3.38672770
H                 -3.32070062   -0.69222588    0.04428507
H                 -3.77064511    0.18098436    1.45501126
H                 -1.72050905    1.33140692    3.75421206
O                  0.53512996    2.33353462    0.64368595
H                  1.49512996    2.33353462    0.64368595
H                  0.21467537    3.23847046    0.64368595
O                  0.72785289   -2.67202965    1.54119804
H                  1.68785289   -2.67202965    1.54119804
H                  0.40739830   -3.56046720    1.36918762

H O 0
def2TZVP
****
Ac 0
SDD
****

Ac 0
SDD
报错信息如下:
The combination of multiplicity 2 and   136 electrons is impossible.
Error termination via Lnk1e in /public4/home/sc56236/software-sc56236/g16/l301.exe at Sat May 18 18:05:24 2024.
Job cpu time:       0 days  0 hours  0 minutes 50.9 seconds.
Elapsed time:       0 days  0 hours  0 minutes  1.0 seconds.

File lengths (MBytes):  RWF=      6 Int=      0 D2E=      0 Chk=      1 Scr=      1  


Ac2.gjf

2.16 KB, 下载次数 Times of downloads: 1

输入文件

Ac2.log

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报错信息

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-5-18 23:55:41 | 只看该作者 Only view this author
moiumuio 发表于 2024-5-18 10:47
Hi everyone,
I would like to ask if I can use visualization methods like hole-electron analysis for ...

hole-electron analysis is only applicable to vertical excitation. For adiabatic excitation, you can use variation of fragment charge or population analysis result to discuss change in electronic structure. Alternatively, you can dissect the excitation as two steps to discuss: vertical excitation, and subsequent geometry relaxation on excited state potential energy surface.
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-5-19 00:27:12 | 只看该作者 Only view this author
KYJY 发表于 2024-5-18 18:42
卢老师您好,我在计算[Ac(H2O)9(H2O)2}3+,其中包含两个游离水,结构优化的泛函可以用PBE0 ...

偶数电子数体系显然自旋多重度不可能为2,提示里写了
当前结构建得太烂,游离水哪能离配位水那么近
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发表于 Post on 2024-5-19 00:36:13 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-5-18 23:55
hole-electron analysis is only applicable to vertical excitation. For adiabatic excitation, you ca ...

To calculate Hirshfeld fragment charge for adiabatic excitation, should the step be:
1. opt td wB97XD/6-311+G(d,p) density
2. Using ADCH in Multiwfn to calculate the atomic charges from the result of step 1
3. compare with atomic charge of GS structure
Am I right?
Thank you

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-5-19 00:45:34 | 只看该作者 Only view this author
moiumuio 发表于 2024-5-19 00:36
To calculate Hirshfeld fragment charge for adiabatic excitation, should the step be:
1. opt td wB ...

Note that ADCH is different to Hirshfeld. ADCH is a post-corrected charge on the top of Hirshfeld charge.

I suggest using "opt td wB97XD/6-311+G(d,p) out=wfn", and specify the path to export the .wfn file at the end of input file with a blank line before it. After Gaussian running, you can use Multiwfn to calculate excited state ADCH or Hirshfeld atomic charges based on the exported .wfn file. Then you can compare the charges with those obtained for ground state.
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发表于 Post on 2024-5-19 02:45:15 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-5-19 00:45
Note that ADCH is different to Hirshfeld. ADCH is a post-corrected charge on the top of Hirshfeld  ...

If I export .chk file only, do I need to add "density" keyword?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-5-19 03:09:48 | 只看该作者 Only view this author
moiumuio 发表于 2024-5-19 02:45
If I export .chk file only, do I need to add "density" keyword?

Using .chk file is cumbersome, you then need to manually generate and save natural orbitals of excited state to chk file, even if you have used "density" keyword. In contrast, if you export .wfn file, it will automatically record natural orbitals of excited state.
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发表于 Post on 2024-5-20 16:41:43 | 只看该作者 Only view this author

离子和水分子自选多重度设置

体系是Li+、Na+和Mg2+离子周围四个水分子、以及6个水分子,设置的自选多重度是1,不知道有没有错,想问一下大家。
用的是ORCA5.0.4,不是太懂,运行起来没有报错。



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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-5-21 00:57:02 | 只看该作者 Only view this author
没错
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发表于 Post on 2024-5-21 14:47:15 | 只看该作者 Only view this author
sobereva老师,您好,我想请问下下图这个体系中明显有氢键存在,我也通过IGMH中验证了这点,但做IGMH分析时在键长为2.48A的中间位置也存在绿色的范德华作用区域,但是很明显没有形成氢键,或者说没有形成强度较强的氢键,因为CH...O也符合氢键的定义,我不知道这种说法对不对,所以想请教您这种情况可以用您关于氢键本质(http://sobereva.com/513)的这篇文章进行讨论吗?

Snipaste_2024-05-21_12-08-25.png (380.53 KB, 下载次数 Times of downloads: 4)

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发表于 Post on 2024-5-21 16:38:05 | 只看该作者 Only view this author
wang_ 发表于 2024-5-21 07:47
sobereva老师,您好,我想请问下下图这个体系中明显有氢键存在,我也通过IGMH中验证了这点,但做IGMH分析时 ...

看你怎么定义“较强”。这里的C-H...O肯定比O-H...O弱,但是相比类似的其他体系的C-H...O是强还是弱就说不定了。IGMH有明显的绿色区域,且原子间距离也支持存在C-H...O的话,说存在C-H...O是没有问题的,但是如果要讨论强度的话,你得先确定你用的强度的定义是什么,以及你需要和其他哪些键的强度做比较
Zikuan Wang
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