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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

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发表于 Post on 2024-5-21 16:58:07 | 只看该作者 Only view this author
请教各位老师,如何看出两个过渡金属带的单电子自旋相反呢?谢谢

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发表于 Post on 2024-5-21 17:30:57 | 只看该作者 Only view this author
糖糖糖豆9988 发表于 2024-5-21 09:58
请教各位老师,如何看出两个过渡金属带的单电子自旋相反呢?谢谢

两个Fe处的自旋密度等值面的颜色不同。
这个和轨道图是类似的,轨道图颜色不同代表相位相反,自旋密度图颜色不同代表自旋方向相反
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?hl=zh-CN&user=XW6C6eQAAAAJ&view_op=list_works&sortby=pubdate
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1034/1702.htm
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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发表于 Post on 2024-5-21 17:57:23 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2024-5-21 16:38
看你怎么定义“较强”。这里的C-H...O肯定比O-H...O弱,但是相比类似的其他体系的C-H...O是强还是弱就说 ...

老师,您好,因为C-H...O相对于体系中的O-H...O弱,所以我就想着这是不是也属于氢键的范畴,但是因为比较弱,所以呈现出来的是一个绿色区域,如果这种判断方式合理的话,那是不是就能用关于氢键本质(http://sobereva.com/513)的这篇文章进一步研究其结合能,通过这种方式来定性说明其键的强度呢?

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发表于 Post on 2024-5-21 19:12:50 | 只看该作者 Only view this author
wang_ 发表于 2024-5-21 10:57
老师,您好,因为C-H...O相对于体系中的O-H...O弱,所以我就想着这是不是也属于氢键的范畴,但是因为比较 ...

可以。只是如果要说“较强”,必须有一个参考对象
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
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发表于 Post on 2024-5-21 20:41:48 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2024-5-21 19:12
可以。只是如果要说“较强”,必须有一个参考对象

好嘞,我明白啦,谢谢老师的解答

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发表于 Post on 2024-5-21 21:06:36 | 只看该作者 Only view this author

Gaussian输入文件咨询

我要计算钠离子和EC的结合能 系统一直说输入关键词错误 是怎么回事?

9VJ0R73T`$N}F9%[]@T@XYX.png (29.04 KB, 下载次数 Times of downloads: 5)

9VJ0R73T`$N}F9%[]@T@XYX.png

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发表于 Post on 2024-5-21 22:23:48 | 只看该作者 Only view this author
大概率是你的Gaussian版本过低,看此文第4节《DFT-D色散校正的使用》http://sobereva.com/210
自动做多参考态计算的程序MOKIT

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-5-21 23:52:06 | 只看该作者 Only view this author
十三月 发表于 2024-5-21 21:06
我要计算钠离子和EC的结合能 系统一直说输入关键词错误 是怎么回事?

G09 D.01开始才支持D3校正,看楼上提到的我的博文

如果只有这个版本,可以用wB97XD
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-5-22 05:30:00 | 只看该作者 Only view this author
wang_ 发表于 2024-5-21 17:57
老师,您好,因为C-H...O相对于体系中的O-H...O弱,所以我就想着这是不是也属于氢键的范畴,但是因为比较 ...

C-H...O明显是氢键的一种、符合氢键的定义,只不过是众所周知强度极弱的氢键,色散作用已经等于或超过静电作用的贡献,而不像一般强度的氢键那样主要是静电作用主导。由于这种氢键在氢键作用区域电子密度比一般强度氢键小得多,对应的IGMH等值面肯定是绿色的。光从等值面颜色就已经能定性体现出和一般强度氢键的显著差异。
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wzkchem5 发表于 2024-5-21 17:30
两个Fe处的自旋密度等值面的颜色不同。
这个和轨道图是类似的,轨道图颜色不同代表相位相反,自旋密度图 ...

谢谢王老师~

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发表于 Post on 2024-5-22 12:26:29 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 moiumuio 于 2024-5-22 20:40 编辑

sobereva 2024-5-19 03:09
Using .chk file is cumbersome, you then need to manually generate and save natural orbitals of exc ...


Is it necessary to calculate more states for td and td opt than the default three states for fragment charge?
And during relaxation, the structure has been broken apart which may not happen in real world; should I change the functional to different one then re-optimize with original functional? (currently I am using wB97XD/6-311+G**, I am tend to change to CAM-B3LYP then comback wB97XD)
Thank you.

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发表于 Post on 2024-5-22 19:51:13 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-5-22 05:30
C-H...O明显是氢键的一种、符合氢键的定义,只不过是众所周知强度极弱的氢键,色散作用已经等于或超过静 ...

好的好的,感谢sobereva老师解答,感觉对氢键的理解更加深刻了

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-5-23 04:49:47 | 只看该作者 Only view this author
moiumuio 发表于 2024-5-22 12:26
sobereva 2024-5-19 03:09
Using .chk file is cumbersome, you then need to manually generate and save ...

This depends on the state of interest. For example, if you want to characterize the lowest 10 excitations, usually you should set nstates=13. nstates should be slightly larger than the highest excited state you want to study.

The break is not necessarily caused by inappropriate choice of DFT functional, though you can try to use others.
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发表于 Post on 2024-5-23 19:19:59 | 只看该作者 Only view this author
请教各位老师,图片里的轨道电子占据数是什么意思呢?比如双自由基的两个轨道的电子占据数分别为1.3和0.7,这意味着什么呢?谢谢

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发表于 Post on 2024-5-23 20:17:22 | 只看该作者 Only view this author
糖糖糖豆9988 发表于 2024-5-23 12:19
请教各位老师,图片里的轨道电子占据数是什么意思呢?比如双自由基的两个轨道的电子占据数分别为1.3和0.7, ...

任何量化教材都会讲
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
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ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
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