简单量子化学问题答疑专帖

ra2123456 · 发表于 Post on 2024-5-14 10:38:53

老师您好，我想请教一下；
1.gaussview中是否可以实现这样的操作：选中一组原子，使其围绕空间中一条直线（或一个点）旋转角度？我目前只会用二面角工具和角度工具，键长工具去比较僵硬的调整过渡态初猜结构，深感不便。
2.是否有比gaussview更方便的分子3d绘图工具呢

cokie · 发表于 Post on 2024-5-14 12:16:51

本帖最后由 cokie 于 2024-5-14 12:41 编辑

各位老师好，关于计算两分子形成的dimer的分子间相互作用能及可视化分析的计算，我打算使用ORCA B3LYP-D3 / TZVP 并使用gCP方法考虑BSSE来计算并得到相互作用能数值，最后使用ORCA产生的波函数文件，结合Multiwfn做可视化分析。
想请问一下，ORCA的输入文件需要除了算单点的相关关键词外，需要额外添加其他关键词来使得Multiwfn可以使用其产生的波函数文件来做弱相互作用可视化分析任务吗？（比如像NTO分析，需要在ORCA输入文件里添加相应关键词才可用Multiwfn分析）

不好意思各位，我应该先用手边已有的文件尝试一下再问的，现在试过了，可以直接操作，不需要添加额外的关键词。我问问题的时候脑子不转了，实在抱歉。

wzkchem5 · 发表于 Post on 2024-5-14 15:01:20

dalong331 发表于 2024-5-14 03:37
感谢老师的回复，但我并不想模拟PH环境下的反应，我只想模拟在常温下酯化反应是否能正常进行，模拟在常温 ...

即使是常温反应，也存在pH是多少的问题。先明确你想要算什么pH下的反应

sobereva · 发表于 Post on 2024-5-14 23:30:04

dalong331 发表于 2024-5-14 10:37
感谢老师的回复，但我并不想模拟PH环境下的反应，我只想模拟在常温下酯化反应是否能正常进行，模拟在常温 ...

你得同时说清楚什么温度下、什么pH环境下
搜索过渡态、跑IRC进行研究是最常规的做法，算不同条件的酯化反应文章多了去了，至少先花一刻钟用google学术搜索看相关文献是怎么研究的、过渡态/中间体都是什么样

sobereva · 发表于 Post on 2024-5-14 23:44:32

ra2123456 发表于 2024-5-14 10:38
老师您好，我想请教一下；
1.gaussview中是否可以实现这样的操作：选中一组原子，使其围绕空间中一条直线 ...

GaussView不行，利用下文的功能可以
Multiwfn中非常实用的几何操作和坐标变换功能介绍
http://sobereva.com/610（http://bbs.keinsci.com/thread-24674-1-1.html）

GaussView已经是最方便、最好用的了，除了极个别情况（如画并环体系，chemdraw+chem3D更容易）

时间似深海 · 发表于 Post on 2024-5-15 23:57:17

老师好，刚学习计算化学，在DFT/B3LYP-D3(BJ)6-31G(d,p)基组下计算了homo，lumo。得到了能隙和一些chemical reactivity descriptors。根据您在《正确地认识分子的能隙(gap)、HOMO和LUMO》中的描述，使用的泛函不同，计算结果数值也不同。算我是会算了，那我该如何确定在这个基组下，我算出的ΔE算较高还是较低？这个hardness值和softness值可以推断出它硬分子还是软分子吗？我现在就卡在只能将这些计算结果写在手稿里，无法展开讲这些数值代表的意义。

sobereva · 发表于 Post on 2024-5-16 00:48:48

时间似深海发表于 2024-5-15 23:57
老师好，刚学习计算化学，在DFT/B3LYP-D3(BJ)6-31G(d,p)基组下计算了homo，lumo。得到了能隙和一些chemical ...

先搞懂各个量的意义，看这里的资料
概念密度泛函综述和重要文献合集 http://bbs.keinsci.com/thread-384-1-1.html

要么对一批类似的分子对进行对比，讨论它们在这些特征上的差异性；要么将当前体系与一些具有明显不同特征的其它类型分子进行对比，判断当前分子特征。记得要在同等条件下计算

例如最近我的一篇文章将18氮环与18碳环、氮气分子的一些量进行了对比，可以作为例子（3.4节）
Tian Lu, Theoretical Prediction and Comprehensive Characterization of an all-Nitrogenatomic Ring, Cyclo[18]Nitrogen (N18), ChemPhysChem (2024) DOI: 10.1002/cphc.202400377

ra2123456 · 发表于 Post on 2024-5-16 10:34:18

sobereva 发表于 2024-5-14 23:44
GaussView不行，利用下文的功能可以
Multiwfn中非常实用的几何操作和坐标变换功能介绍
http://sobereva ...

非常感谢sob老师，马上去下载Multiwfn

junemu · 发表于 Post on 2024-5-16 17:29:51

wzkchem5 发表于 2024-5-10 16:01
这种问题适合从实验的角度解决。实验上确定哪个酶对于溴酚的降解占主导，然后再从计算上研究那个酶。
如 ...

谢谢老师答疑，我想的太简单了，那如果我现在想不做酶促反应，单纯做三者反应性能的差异比较该算什么呢
比如说我推断溴酚降解的第一步是加成一个羟基，那我能直接算溴酚和羟基发生加成反应的反应能垒或者其他什么量来说明三种溴酚的可降解性能差异吗，想请老师解惑

wzkchem5 · 发表于 Post on 2024-5-16 17:32:45

junemu 发表于 2024-5-16 10:29
谢谢老师答疑，我想的太简单了，那如果我现在想不做酶促反应，单纯做三者反应性能的差异比较该算什么呢
...

如果是羟基自由基的话，可以，算自由能垒就行了；如果是无垒反应，建议用AIMD算速率常数。
如果羟基是从结构不完全清楚的物质来的，例如酶里面的Fe(IV)=O物种（配体、配位模式不完全清楚），那么可能不好严格算

cokie · 发表于 Post on 2024-5-16 17:36:07

各位老师好，请问对于固态或者类固态样品（晶态、蛋白/纳米负载等），激发态能量衰减过程中，分子间相互作用产生的非辐射过程，是否可以归类于外转换（External conversion）呢？是否有手段可以计算外转换的相关参数（比如速率等）呢？

wlwlw · 发表于 Post on 2024-5-16 20:10:38

各位老师我是萌新，作为油气专业的学生，为了毕设学习了Gaussian软件，主要是为了计算三环萜烷的红外光谱，但是在进行分子结构优化时遇到了问题，程序一直卡在l502难以运行，已经三天了。我选择的是DFT B3LYP 3-21G基组，在发帖之前已经拜读了各位老师对于基组选择的帖子，但是对于我这个外行学生有些难以完全理解，只能在此麻烦各位老师帮忙看看，我把输出文件以及分子式贴在下方，请问各位老师是我的基组选择错误还是有其它问题

wlwlw · 发表于 Post on 2024-5-16 20:13:12

wlwlw 发表于 2024-5-16 20:10
各位老师我是萌新，作为油气专业的学生，为了毕设学习了Gaussian软件，主要是为了计算三环萜烷的红外光谱， ...

这是log文件，麻烦各位老师看看了

wzkchem5 · 发表于 Post on 2024-5-16 20:51:02

wlwlw 发表于 2024-5-16 13:10
各位老师我是萌新，作为油气专业的学生，为了毕设学习了Gaussian软件，主要是为了计算三环萜烷的红外光谱， ...

既然看了基组选择的帖子，就不应该选3-21G。基组最小也得用6-31G(d)，哪怕再小一点都不能发表。此外必须加色散校正，必须做构象搜索，建议加溶剂模型。
此外分子结构不合理，太拥挤了，且氢原子的数目不对。先用分子力场对结构做预优化，再做DFT结构优化

wlwlw · 发表于 Post on 2024-5-16 22:57:10

wzkchem5 发表于 2024-5-16 20:51
既然看了基组选择的帖子，就不应该选3-21G。基组最小也得用6-31G(d)，哪怕再小一点都不能发表。此外必须 ...

谢谢您我了解了
ps：请问可以问一下您我我输出文件最后这里这些话有问题吗如果没有我就算下去了

谢谢您麻烦了
Petite list used in FoFCou.
Requested convergence on RMS density matrix=1.00D-08 within 128 cycles.
Requested convergence on MAX density matrix=1.00D-06.
Requested convergence on energy=1.00D-06.
No special actions if energy rises.
Integral accuracy reduced to 1.0D-05 until final iterations.

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