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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

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发表于 Post on 2024-5-6 19:00:55 | 只看该作者 Only view this author
TinnKuka 发表于 2024-5-6 10:04
各位老师好,请问如何判断有机小分子热分解是均裂还是异裂?我有看见sob老师说布居分析判断,请问可不可以 ...

可以,但是要注意考虑溶剂效应对离子的稳定化作用。即使没有溶剂,如果有机小分子是固相或者液相,那么附近其他的有机小分子对于离子产物的极化稳定作用也是非常重要的
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?hl=zh-CN&user=XW6C6eQAAAAJ&view_op=list_works&sortby=pubdate
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
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发表于 Post on 2024-5-6 19:22:46 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2024-5-6 18:58
1. 原文已经说了,极性溶剂既查不到epsinf又查不到折射率时,epsinf可以设为1.9
2. 质子化不会改变电子 ...

好的谢谢老师,那我是不是还要对比一下自旋多重态分别在1.3.5时的能量,然后选最低的作为最终的基态优化结构

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发表于 Post on 2024-5-6 20:24:44 | 只看该作者 Only view this author
jelena 发表于 2024-5-6 12:22
好的谢谢老师,那我是不是还要对比一下自旋多重态分别在1.3.5时的能量,然后选最低的作为最终的基态优化 ...

一般靠数单电子更快。你必然知道这个体系的共振式怎么画,因此必然知道体系里面有几个单电子,如果没有,自旋多重度必然是1;如果有,可以用Hund规则、配体场理论等判断几个自旋朝上,几个自旋朝下。
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2024-5-7 23:59:47 | 只看该作者 Only view this author
各位老师好,学生目前优化了一个有机分子的S1/T1激发态,审稿人要求补充两个激发态势能面的扫描,目的是衡量相对于极小值点结构是否存在不同二面角的、更有利于发生系间窜跃的结构。请问这种情况下应该进行刚性还是柔性的扫描?另外起始结构是都从S0 minima开始变化二面角、做单点激发,还是应该从S1/T1的minima开始变化二面角再做单点激发呢?

我目前的想法是,如果进行柔性扫描的话无法其他基团可能同样会发生很大的结构弛豫,从而无法向审稿人说明二面角因素的影响;如果进行刚性扫描的话则其他极小值点结构算出来的可能性就比较小了,可靠性未必合理;另外由于原则上二面角旋转的时间尺度比S0minima到比较靠近的S1/T1minima相似乃至略慢,因此还是选择S1/T1 minima结构作为初始结构更合理?

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发表于 Post on 2024-5-8 14:24:26 | 只看该作者 Only view this author
各位老师好,请问我想在使用ORCA5.0.3计算SOCME并考虑HT效应时,在启用ESD模块添加DOHT TRUE和初末态的HESS后,得到的SOCME是否就是考虑了HT效应的SOCME呢?

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发表于 Post on 2024-5-8 14:30:16 | 只看该作者 Only view this author
cokie 发表于 2024-5-8 07:24
各位老师好,请问我想在使用ORCA5.0.3计算SOCME并考虑HT效应时,在启用ESD模块添加DOHT TRUE和初末态的HESS ...

不是。不存在“考虑了HT效应的SOCME”,只存在考虑了HT效应的ISC速率、荧光/磷光速率、吸收/荧光/磷光光谱
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2024-5-8 14:59:15 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2024-5-8 14:30
不是。不存在“考虑了HT效应的SOCME”,只存在考虑了HT效应的ISC速率、荧光/磷光速率、吸收/荧光/磷光光 ...

请问老师,我可以理解为:
SOCME只跟初/末态结构有关,并不会因为考虑HT效应而得到所谓“加权”的结果对吗?

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发表于 Post on 2024-5-8 16:26:33 | 只看该作者 Only view this author
cokie 发表于 2024-5-8 07:59
请问老师,我可以理解为:
SOCME只跟初/末态结构有关,并不会因为考虑HT效应而得到所谓“加权”的结果对 ...

主要在于只有在一个给定的结构下才能定义SOCME。虽然可以定义不同结构下的平均SOCME,但是在考虑HT效应的计算里,并不是先计算不同结构下的平均SOCME,再套速率常数公式的,在整个计算过程中出现的SOCME只有当前结构下的SOCME,以及用有限差分法计算SOCME对核坐标导数时涉及的SOCME,并不涉及任何的平均的SOCME

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cokie + 5 明白了,谢谢老师

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Zikuan Wang
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发表于 Post on 2024-5-8 22:25:07 | 只看该作者 Only view this author
请问老师,我想利用量化计算比较2-溴酚,3-溴酚,4-溴酚生化降解的难易程度,该用什么方法或用什么指标来衡量呢?
尝试计算过和酶反应的反应能垒没有成功,可能是酶没有选对。

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发表于 Post on 2024-5-9 11:48:58 | 只看该作者 Only view this author
请问在Gaussian16软件中,怎么使用PW6B95-D3BJ泛函? em=GD3BJ PW6B95会报错:R6DS8: Unable to choose the S8 parameter
是IOP控制的嘛?应该怎么写?

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发表于 Post on 2024-5-9 17:16:07 | 只看该作者 Only view this author
老师好,%oldchk的check文件与%chk的check文件可以放在同一个文件夹吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-5-10 07:56:45 | 只看该作者 Only view this author
498746012 发表于 2024-5-9 17:16
老师好,%oldchk的check文件与%chk的check文件可以放在同一个文件夹吗?

可以。文件名不同就行
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-5-10 07:57:09 | 只看该作者 Only view this author
yiwei 发表于 2024-5-9 11:48
请问在Gaussian16软件中,怎么使用PW6B95-D3BJ泛函? em=GD3BJ PW6B95会报错:R6DS8: Unable to choose the ...

按下文说的自定义D3参数
DFT-D色散校正的使用
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-5-10 07:58:14 | 只看该作者 Only view this author
junemu 发表于 2024-5-8 22:25
请问老师,我想利用量化计算比较2-溴酚,3-溴酚,4-溴酚生化降解的难易程度,该用什么方法或用什么指标来衡 ...

必须得从生化降解的机理出发思考,考虑所有影响降解效率的可能性,典型的就是反应自由能垒
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发表于 Post on 2024-5-10 08:53:13 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-5-10 07:56
可以。文件名不同就行

谢谢sob老师

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