计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
楼主 Author: sobereva
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

  [复制链接 Copy URL]

214

帖子

0

威望

891

eV
积分
1105

Level 4 (黑子)

4396#
发表于 Post on 2025-5-12 16:10:18 | 只看该作者 Only view this author
老师 我看了“使用量子化学程序基于簇模型计算金属表面吸附问题
其中提到

而且gCP校正有解析梯度,完全可以用于前面的几何优化过程中

也看了“大体系弱相互作用计算的解决之道

我不理解的是 gCP不是对能量的校正吗? 用在几何优化中的意义是什么? 是BSSE会影响复合物最低能量导致优化方向出错吗?

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120109

管理员

公社社长

4397#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-5-12 19:19:50 | 只看该作者 Only view this author
18217265596 发表于 2025-5-12 16:10
老师 我看了“使用量子化学程序基于簇模型计算金属表面吸附问题”
其中提到

gCP校正的是势能面,不仅能量值受影响,势能面对核坐标的负梯度(受力)也自然会受到影响
BSSE问题大的情况,有可能对优化出的复合物的结构产生可查觉的不良影响,只不过远没有对于相互作用能来说那么显著
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120109

管理员

公社社长

4398#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-5-12 19:34:35 | 只看该作者 Only view this author
2877321934 发表于 2025-5-12 11:29
好的好的,谢谢老师,抱歉molclus多打了一个i没发现,下次注意,此外想额外请问老师两个问题:
1.缩聚物 ...

1 二者完全没有联系,不知道你怎么会怎么问。掺杂一般是指对分子或晶胞里面的原子进行修改、替换,而缩聚物在当前是被吸附的外部分子,没有可比性。

2 建议用CP2K跑动力学,每隔一定帧数优化一次结构,取能量最低的。或者自己把被吸附的分子摆在不同位置、处于不同朝向和构象,然后分别优化。
但具体也取决于你的关注点是什么,算反应机理还是吸附能什么的。与过渡态直接相连的复合物未必是相应状态下的能量最低构型/构象。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

432

帖子

0

威望

1273

eV
积分
1705

Level 5 (御坂)

迷茫的本科生一枚

4399#
发表于 Post on 2025-5-13 16:18:55 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-5-12 19:34
1 二者完全没有联系,不知道你怎么会怎么问。掺杂一般是指对分子或晶胞里面的原子进行修改、替换,而缩聚 ...

懂了,谢谢老师的指导
放下

121

帖子

0

威望

2442

eV
积分
2563

Level 5 (御坂)

4400#
发表于 Post on 2025-5-15 15:57:41 | 只看该作者 Only view this author
各位老师好,我希望计算一个200原子左右主客体复合物中主体与客体的相互作用能,目前使用ORCA软件进行单点能计算,复合物单点能计算使用的级别是PWPB95-D4/def2-TZVPP,同时使用了gcp校正。
请问为了对于单独的主体或客体分子的单点能计算,是否也需要添加gcp校正以保持计算级别的一致呢?

281

帖子

0

威望

2439

eV
积分
2720

Level 5 (御坂)

4401#
发表于 Post on 2025-5-15 17:35:54 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 吴双 于 2025-5-15 17:42 编辑

老师,我想用高斯优化一个含有八个Ce原子的团簇结构,参考了您的帖子使用Gaussian做镧系金属配合物的量子化学计算(http://sobereva.com/581)。结构中4个+3价的Ce原子(优化的时候我想用MWB47),还有4个+4价的Ce原子,想跟您请教下,优化+4价的Ce原子的时候,基组应该怎么选择呀。

125

帖子

0

威望

466

eV
积分
591

Level 4 (黑子)

4402#
发表于 Post on 2025-5-16 00:27:15 | 只看该作者 Only view this author

求助:ORCA几何优化的时候可以设置GDIIS吗

本帖最后由 Xx_DerEnTh 于 2025-5-16 00:32 编辑

各位老师好,初学ORCA,有些问题想请教一下:我在ORCA6.0.1的手册里没有找到有关GDIIS的内容,ORCA做几何优化的时候可以选择GDIIS方法吗?

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120109

管理员

公社社长

4403#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-5-16 04:53:06 | 只看该作者 Only view this author
吴双 发表于 2025-5-15 17:35
老师,我想用高斯优化一个含有八个Ce原子的团簇结构,参考了您的帖子使用Gaussian做镧系金属配合物的量子化 ...

Ce(IV)用Stuttgart赝势官网上的MWB46

评分 Rate

参与人数
Participants 1
eV +3 收起 理由
Reason
吴双 + 3 好的 谢谢老师

查看全部评分 View all ratings

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120109

管理员

公社社长

4404#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-5-16 04:54:13 | 只看该作者 Only view this author
MercuryLamp 发表于 2025-5-15 15:57
各位老师好,我希望计算一个200原子左右主客体复合物中主体与客体的相互作用能,目前使用ORCA软件进行单点 ...

用wB97M-V。诸如下文介绍的大体系相互作用能的准确计算就是用这个算的
全面揭示各种碳环与富勒烯之间独特的pi-pi相互作用!
http://sobereva.com/727http://bbs.keinsci.com/thread-49376-1-1.html
8字形双环分子对18碳环的独特吸附行为的量子化学、波函数分析与分子动力学研究
http://sobereva.com/674http://bbs.keinsci.com/thread-38312-1-1.html
PWPB95-D4算这个没额外好处而贵得多

需要

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120109

管理员

公社社长

4405#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-5-16 06:41:45 | 只看该作者 Only view this author
Xx_DerEnTh 发表于 2025-5-16 00:27
各位老师好,初学ORCA,有些问题想请教一下:我在ORCA6.0.1的手册里没有找到有关GDIIS的内容,ORCA做几何优 ...

没有就说明不支持
非要用的话可以按下文用Gaussian和ORCA联用
将Gaussian与ORCA联用搜索过渡态、产生IRC、做振动分析
http://sobereva.com/422http://bbs.keinsci.com/thread-10141-1-1.html

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

125

帖子

0

威望

466

eV
积分
591

Level 4 (黑子)

4406#
发表于 Post on 2025-5-16 09:55:06 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-5-16 06:41
没有就说明不支持
非要用的话可以按下文用Gaussian和ORCA联用
将Gaussian与ORCA联用搜索过渡态、产生IR ...

谢谢sob老师

121

帖子

0

威望

2442

eV
积分
2563

Level 5 (御坂)

4407#
发表于 Post on 2025-5-17 02:29:13 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-5-16 04:54
用wB97M-V。诸如下文介绍的大体系相互作用能的准确计算就是用这个算的
全面揭示各种碳环与富勒烯之间独 ...

谢谢sob老师

1万

帖子

0

威望

8991

eV
积分
20739

Level 6 (一方通行)

4408#
发表于 Post on 2025-5-17 11:28:44 | 只看该作者 Only view this author
Xx_DerEnTh 发表于 2025-5-16 00:27
各位老师好,初学ORCA,有些问题想请教一下:我在ORCA6.0.1的手册里没有找到有关GDIIS的内容,ORCA做几何优 ...

以前ORCA是支持的,但后来发现几乎对于任何体系,总有一种方法比GDIIS更好。因此GDIIS现在即使仍然能用,也强烈不推荐用了
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?hl=zh-CN&user=XW6C6eQAAAAJ&view_op=list_works&sortby=pubdate
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1034/1702.htm
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

125

帖子

0

威望

466

eV
积分
591

Level 4 (黑子)

4409#
发表于 Post on 2025-5-17 17:30:13 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2025-5-17 11:28
以前ORCA是支持的,但后来发现几乎对于任何体系,总有一种方法比GDIIS更好。因此GDIIS现在即使仍然能用, ...

好的,谢谢老师

154

帖子

0

威望

854

eV
积分
1008

Level 4 (黑子)

4410#
发表于 Post on 2025-5-19 09:50:59 | 只看该作者 Only view this author
4T-O14.zip (5.32 MB, 下载次数 Times of downloads: 3)
这个报错l9999,这个算是振荡吗,应该怎么处理比较好呢?感谢老师答复

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2025-8-14 11:34 , Processed in 0.400422 second(s), 26 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list