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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

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发表于 Post on 2025-4-20 17:35:47 | 只看该作者 Only view this author
老师 我想用高斯优化一个团簇结构,分子式是[Ce8VMo4O45(SO4)9]-31,八个Ce里面有四个Ce是+4价,四个Ce是+3价。优化的时候用的泛函是PBE0,对Ce用的基组是MWB28,其它主族元素用的6-31G(d.p)(S,O),过渡金属元素用的LANL2DZ(V, Mo),但是一直是第一圈就SCF不收敛,想跟您请教下,这个应该怎么办呀

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傻傻的木瓜

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发表于 Post on 2025-4-20 17:51:55 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 Uus/pMeC6H4-/キ 于 2025-4-20 17:53 编辑

Gaussian 16是不是不允许guess(fragment=x)与stable(或stable=opt)同时用来着?今尝试计算某自旋极化单重态体系,想在一个任务里先生成片段组合的初猜波函数、做完SCF迭代再测试波函数稳定性(或一并优化),结果包含这两个关键词的任务迅速报错结束:
  1. ...
  2. Leave Link  101 at Sun Apr 20 17:48:48 2025, MaxMem=   104857600 cpu:               0.1 elap:               0.1
  3. (Enter /opt//g16/l301.exe)
  4. Standard basis: 6-31G(d) (6D, 7F)
  5. Ernie: Thresh=  0.10000D-02 Tol=  0.10000D-05 Strict=F.
  6. FileIO operation on non-existent file.
  7. ...
  8. Error termination in NtrErr:
  9. NtrErr Called from FileIO.
复制代码
而用guess=mix stable=opt的计算就能正常地先混合HOMO和LUMO作为初猜波函数、做完SCF迭代再测试波函数稳定性并优化。


顺便记一下,原来guess=mix虽然要破坏alpha和beta轨道对称性,但并不会自动让方法变成非限制性的,所以对自旋极化单重态必须在方法名前加u
√546=23.36664289109

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发表于 Post on 2025-4-22 23:37:48 | 只看该作者 Only view this author
按照《量子化学程序ORCA的安装方法 - 思想家公社的门口:量子化学·分子模拟·二次元》安装orca6.0.0时,运行测试文件test.inp没有问题,
但是在运行ORCA的官方案例时(Conformer Search (GOAT) - ORCA 6.0 TUTORIALS)就出现了如下的错误,
执行命令/root/autodl-tmp/orca_6_0_0/orca diclofenac.inp > diclofenac.out结果如下:

其中
diclofenac.inp文件的内容:
!GOAT XTB PAL4

*XYZFILE 0 1 diclofenac.xyz

diclofenac.xyz文件的内容:
30

Cl      1.95410      1.15000      -2.50780
Cl      1.13770     -1.63920       2.11360
O     -3.26200     -2.92840      -1.06470
O     -2.79060     -1.91080       0.90920
N      0.26790     -0.20510      -0.39900
C     -2.06400      0.51390      -0.37690
C     -0.73130      0.71780      -0.01920
C     -2.47610     -0.68300      -1.17030
C      1.65710     -0.24820      -0.17950
C     -3.03820      1.43500       0.00810
C     -0.37280      1.84290       0.72340
C     -2.67970      2.56000       0.75060
C     -1.34700      2.76400       1.10830
C      2.53530      0.34770      -1.09180
C      2.17400     -0.88650       0.95340
C     -2.84800     -1.87490      -0.31230
C      3.91240      0.30580      -0.87390
C      3.55110     -0.92850       1.17130
C      4.42030     -0.33240       0.25760
H     -1.70860     -0.97920      -1.89300
H     -3.36140     -0.42660      -1.76760
H     -0.08610     -1.11460      -0.67800
H     -4.08120      1.28850      -0.26040
H      0.65690      2.02780       1.01670
H     -3.43820      3.27690       1.05110
H     -1.06830      3.63990       1.68680
H      4.60370      0.76540      -1.57580
H      3.96350     -1.42150       2.04800
H      5.49250     -0.36510       0.42740
H     -3.50250     -3.70110      -0.51020

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-4-23 11:50:15 | 只看该作者 Only view this author
caoyx0612 发表于 2025-4-22 23:37
按照《量子化学程序ORCA的安装方法 - 思想家公社的门口:量子化学·分子模拟·二次元》安装orca6.0.0时,运 ...

没试过此功能
做构象搜索强烈推荐用molclus:
构型和构象搜索程序Molclus主页:http://www.keinsci.com/research/molclus.html
使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-577-1-1.html
Molclus FAQ
http://sobereva.com/730http://bbs.keinsci.com/thread-50349-1-1.html
gentor:扫描方式做分子构象搜索的便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2388-1-1.html
genmer:生成团簇初始构型结合molclus做团簇结构搜索的超便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2369-1-1.html
将Confab或Frog2与Molclus联用对有机体系做构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-20063-1-1.html
使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-16255-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-4-23 11:52:00 | 只看该作者 Only view this author
Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2025-4-20 17:51
Gaussian 16是不是不允许guess(fragment=x)与stable(或stable=opt)同时用来着?今尝试计算某自旋极化单重 ...

大概率不允许
产生片段初猜是一个很特殊的任务,原理上就不太可能和其它任务兼容
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-4-23 11:53:02 | 只看该作者 Only view this author
吴双 发表于 2025-4-20 17:35
老师 我想用高斯优化一个团簇结构,分子式是[Ce8VMo4O45(SO4)9]-31,八个Ce里面有四个Ce是+4价,四个Ce是+3 ...

小核赝势算镧系锕系本来就难收敛
参看下文
使用Gaussian做镧系金属配合物的量子化学计算
http://sobereva.com/581http://bbs.keinsci.com/thread-21274-1-1.html
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61

其它方面,没具体文件没法说

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吴双 + 3 好的 谢谢老师

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发表于 Post on 2025-4-24 15:33:01 | 只看该作者 Only view this author
老师,请问一下我在进行EPR模拟时使用网上查阅到的指令进行计算总是提示我输入有误,这是什么原因呢?gaussian版本为g16。

202504241531347449..png (16.7 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

202504241531347449..png

202504241531566459..png (8.56 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)

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发表于 Post on 2025-4-24 15:45:10 | 只看该作者 Only view this author
fubingjie 发表于 2025-4-24 15:33
老师,请问一下我在进行EPR模拟时使用网上查阅到的指令进行计算总是提示我输入有误,这是什么原因呢?gauss ...

你用的高斯版本和网上用的相同吗?
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?hl=zh-CN&user=XW6C6eQAAAAJ&view_op=list_works&sortby=pubdate
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1034/1702.htm
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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发表于 Post on 2025-4-24 15:47:01 | 只看该作者 Only view this author
caoyx0612 发表于 2025-4-22 23:37
按照《量子化学程序ORCA的安装方法 - 思想家公社的门口:量子化学·分子模拟·二次元》安装orca6.0.0时,运 ...

输入文件后面加一个空行
如果在linux下准备的输入文件,且在linux下跑,不需要空行;如果其中一个是在windows下做的,可能必须要有空行
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?hl=zh-CN&user=XW6C6eQAAAAJ&view_op=list_works&sortby=pubdate
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1034/1702.htm
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-4-24 18:31:22 | 只看该作者 Only view this author
fubingjie 发表于 2025-4-24 15:33
老师,请问一下我在进行EPR模拟时使用网上查阅到的指令进行计算总是提示我输入有误,这是什么原因呢?gauss ...

分清楚全角和半角的逗号
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发表于 Post on 2025-4-24 23:50:05 | 只看该作者 Only view this author
老师,在研究某一结构的R和S构型时,学生通过能量分解发现,导致R和S构型形成的主要因素是红色区域的扭曲形变能(手性C位置就是[1],C)。然而,当采用IRI方法进行分析时,仅能观察到该区域存在一大块相互作用,难以进一步明确其具体细节。在此情况下,对于这种扭曲形变能的分析,是否还有其他更有效的分析方法可供尝试?希望各位大佬能够提供一些指导和建议。

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发表于 Post on 2025-4-25 07:25:16 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 NHX 于 2025-4-25 07:27 编辑

各位老师好,假如一个反应是:A+B->C+D,我想计算这个反应的能垒(自由能),请问一个反应中的不同物质之间的优化需不需要保证泛函和基组相同?例如A是过渡金属,我想用tpssh或pbe0搭配合适的基组进行优化同时做振动分析;B是气体,想用b3lyp搭配合适的基组进行优化同时做振动分析,最后对每个物质算更高精度的单点能时再采用同一个泛函和基组,然后将得到的单点能和此时优化好的结构结合Shermo程序算自由能,这样的操作合理吗?

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发表于 Post on 2025-4-25 09:19:49 | 只看该作者 Only view this author
老师好
我想计算碳酸钠在溶剂环境中的单点能,从而计算在反应中的热力学能量。
碳酸钠在溶剂环境中是电离存在的
那我应该是分别计算碳酸根和钠离子的能量还是整体计算碳酸钠分子的能量?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-4-25 10:09:50 | 只看该作者 Only view this author
niuwenjin 发表于 2025-4-25 09:19
老师好
我想计算碳酸钠在溶剂环境中的单点能,从而计算在反应中的热力学能量。
碳酸钠在溶剂环境中是电离 ...

先明确哪部分参与反应,计算反应的模型中只需考虑实际参与反应的部分,而且应当处于真实存在的形态
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-4-25 10:13:38 | 只看该作者 Only view this author
NHX 发表于 2025-4-25 07:25
各位老师好,假如一个反应是:A+B->C+D,我想计算这个反应的能垒(自由能),请问一个反应中的不同物质之间的 ...

这种需要让能量相互求差的情况,每个物质的计算级别必须严格相同
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