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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

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发表于 Post on 2025-5-8 10:34:00 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-5-7 23:52
如果能证实GFN-xTB算这个不灵就别强行用GFN-xTB。还有其它的如PM6-D3H4X可用
而且并非每个构象都一定需 ...

感谢老师的建议,我会去尝试一下这些方法(:

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发表于 Post on 2025-5-8 11:38:36 | 只看该作者 Only view this author
孙一舟 发表于 2025-5-8 10:32
应该不是,用DFT计算是可以顺利找到过渡态的,虚频检验符合预期,所以我感觉可能是计算精度下降导致的不 ...

嗯,有可能这个反应在低级别下是无垒的,或者过渡态和DFT过渡态结构差别很大
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?hl=zh-CN&user=XW6C6eQAAAAJ&view_op=list_works&sortby=pubdate
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1034/1702.htm
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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发表于 Post on 2025-5-10 01:52:33 | 只看该作者 Only view this author
Hi everyone,
I have 11 compounds and I want to research their behaviour toward my polymers. However, there is 1 anion in those compounds, which basis set should I use between 6-311G(d,p) for all neutral ones and 6-311+G(d,p) for the anion, or use 6-311+G(d,p) for all, considering the structure quite large
Thank you for helping

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-5-10 03:29:07 | 只看该作者 Only view this author
moiumuio 发表于 2025-5-10 01:52
Hi everyone,
I have 11 compounds and I want to research their behaviour toward my polymers. However ...

I don't know which task(s) do you want to perform. For example, if you want to calculate interaction energy, diffuse functions are needed even for neutral systems. While for opt and freq tasks, to reduce cost, you can only add diffuse functions to the atoms carrying significant negative charge.
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
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思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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发表于 Post on 2025-5-10 09:06:47 | 只看该作者 Only view this author
各位老师好,想问一下,Gaussian能计算不同价态金属与络合剂的结合能吗?如果可以,我该如何定义金属的价态,是改变自旋多重度或者电荷数吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-5-10 16:23:44 | 只看该作者 Only view this author
Roonry 发表于 2025-5-10 09:06
各位老师好,想问一下,Gaussian能计算不同价态金属与络合剂的结合能吗?如果可以,我该如何定义金属的价态 ...

对于Gaussian来说,只能通过修改净电荷体现(相应带电状态下,自旋多重度该怎么设怎么设)
至于实际金属处于什么价态,需要Multiwfn计算氧化态来确认,看下文
使用Multiwfn通过LOBA方法计算氧化态
http://sobereva.com/362http://bbs.keinsci.com/thread-5118-1-1.html
使用Multiwfn结合CP2K计算晶体中原子的氧化态
http://sobereva.com/711http://bbs.keinsci.com/thread-45876-1-1.html
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发表于 Post on 2025-5-11 02:02:24 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-5-10 03:29
I don't know which task(s) do you want to perform. For example, if you want to calculate interacti ...

Thank you for your answer. I want to do opt and freq tasks and calculate homo-lumo levels. So, can I only add diffuse functions to the compound with a negative charge?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-5-11 02:21:12 | 只看该作者 Only view this author
moiumuio 发表于 2025-5-11 02:02
Thank you for your answer. I want to do opt and freq tasks and calculate homo-lumo levels. So, can ...

If you need to compare orbital levels between neutral and anion species, all of them should employ diffuse functions, otherwise the results are not strictly comparable.
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发表于 Post on 2025-5-11 07:33:41 | 只看该作者 Only view this author
请问老师,如果我要使用簇模型计算Fe2O3和腐殖酸两者原位缩聚形成的Fe2O3-腐植酸复合体,这两种物质的复合方式需要寻找能量最低的构象吗?(就跟用molcluis做构象搜索一样)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-5-11 18:29:35 | 只看该作者 Only view this author
2877321934 发表于 2025-5-11 07:33
请问老师,如果我要使用簇模型计算Fe2O3和腐殖酸两者原位缩聚形成的Fe2O3-腐植酸复合体,这两种物质的复合 ...

那叫molclus

Fe2O3不建议用簇模型,又贵又SCF难收敛。对于界面体系,建议用CP2K来算。也牵扯到多构象问题,可以跑动力学来采样,再批量优化
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发表于 Post on 2025-5-11 20:28:14 | 只看该作者 Only view this author
moiumuio 发表于 2025-5-11 02:02
Thank you for your answer. I want to do opt and freq tasks and calculate homo-lumo levels. So, can ...

I'd recommend you to do opt freq job without diffuse function (or diffuse for significant negative charged atoms only), and then do a single point calculation with all atoms diffused, to better obtain HOMO LUMO levels.
现代化学以狄拉克的一句“一切化学问题业已解决”为嚆矢。滥觞于经验主义传统的期望正失去它们的借鉴意义。但面对看似不可达的通往天堂之阶梯,我想循伍德沃德“最好的模型是你底物的对映异构体”的信仰好过过早地振翮。
我们怀揣热忱的灵魂天然被赋予对第一性的追求,不屑于单一坐标的约束,钟情于势能面彼端的芬芳。但

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发表于 Post on 2025-5-12 00:13:47 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-5-11 02:21
If you need to compare orbital levels between neutral and anion species, all of them should employ ...

Thank you for your answer

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发表于 Post on 2025-5-12 00:14:13 | 只看该作者 Only view this author
北大-陶豫 发表于 2025-5-11 20:28
I'd recommend you to do opt freq job without diffuse function (or diffuse for significant negative ...

Thank you for your answer

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发表于 Post on 2025-5-12 10:17:39 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-5-10 16:23
对于Gaussian来说,只能通过修改净电荷体现(相应带电状态下,自旋多重度该怎么设怎么设)
至于实际金属 ...

好的 谢谢卢老师

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发表于 Post on 2025-5-12 11:29:34 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-5-11 18:29
那叫molclus

Fe2O3不建议用簇模型,又贵又SCF难收敛。对于界面体系,建议用CP2K来算。也牵扯到多构象 ...

好的好的,谢谢老师,抱歉molclus多打了一个i没发现,下次注意,此外想额外请问老师两个问题:
1.缩聚物体系就跟掺杂一样处理吗
2.周期性掺杂体系的构象搜索可以简化成对一个晶胞做构象搜索嘛?比如说Fe2O3和腐殖酸掺杂的晶胞,直接在Gaussian里不管周期性,把单个晶胞拿来当成孤立体系,然后用molclus把腐殖酸随机排布在Fe2O3晶胞周围,这样做的构象搜索得到的最稳定结构再拿到CP2K里算,这样做是合理的吗?
放下

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