计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
楼主 Author: sobereva
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

  [复制链接 Copy URL]

601

帖子

1

威望

4776

eV
积分
5397

Level 6 (一方通行)

4486#
发表于 Post on 2025-6-19 13:35:13 | 只看该作者 Only view this author
Gaussian 常见报错及解决方法;新手求助报错时的注意事项
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 9&fromuid=19420
(出处: 计算化学公社)
现代化学以狄拉克的一句“一切化学问题业已解决”为嚆矢。滥觞于经验主义传统的期望正失去它们的借鉴意义。但面对看似不可达的通往天堂之阶梯,我想循伍德沃德“最好的模型是你底物的对映异构体”的信仰好过过早地振翮。
我们怀揣热忱的灵魂天然被赋予对第一性的追求,不屑于单一坐标的约束,钟情于势能面彼端的芬芳。但

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120064

管理员

公社社长

4487#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-6-19 14:28:08 | 只看该作者 Only view this author
badada 发表于 2025-6-19 13:03
如图,计算的log文件报错,是因为什么?该如何修改输入文件呢?

log文件末尾报错:

根本没有报错,如果还在跑,继续等着
如果任务断了,下文里搜 停了
Gaussian的安装方法及运行时的相关问题
http://sobereva.com/439http://bbs.keinsci.com/thread-10814-1-1.html

没有任何理由用cep-121g*。用个像样的基组。看
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336http://bbs.keinsci.com/thread-3545-1-1.html

分清楚指令和关键词,别乱用“指令”一次,看
计算化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298http://bbs.keinsci.com/thread-1358-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

212

帖子

0

威望

887

eV
积分
1099

Level 4 (黑子)

4488#
发表于 Post on 2025-6-19 15:04:13 | 只看该作者 Only view this author
老师 我想做一个化学键断裂的扫描,常规有机体系,比如甲烷的C-H键
已看http://sobereva.com/474
我知道断键形成的双自由基应当是自旋极化单重态
也读了http://sobereva.com/82
我的问题是,我是否应该期望自旋极化单重态最终会变成三重态
对于这点是否直接用产物的三重态/单重态单点能或单点吉布斯自由能比较两者谁低 谁就应该是最终产物的状态?

1万

帖子

0

威望

8964

eV
积分
20708

Level 6 (一方通行)

4489#
发表于 Post on 2025-6-19 15:37:24 | 只看该作者 Only view this author
18217265596 发表于 2025-6-19 15:04
老师 我想做一个化学键断裂的扫描,常规有机体系,比如甲烷的C-H键
已看http://sobereva.com/474
我知道 ...

如果最终的解离产物里,两个自由基离得无穷远,那么应当分别算两个自由基,而非算两个自由基组成的总体系
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?hl=zh-CN&user=XW6C6eQAAAAJ&view_op=list_works&sortby=pubdate
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1034/1702.htm
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

212

帖子

0

威望

887

eV
积分
1099

Level 4 (黑子)

4490#
发表于 Post on 2025-6-19 15:55:43 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 18217265596 于 2025-6-19 16:02 编辑
wzkchem5 发表于 2025-6-19 15:37
如果最终的解离产物里,两个自由基离得无穷远,那么应当分别算两个自由基,而非算两个自由基组成的总体系

老师 我也是这么认为的
因此我是否应该
1,近距离 单重态闭壳层扫描
2,中距离 开壳层 自旋极化单重态
3,远距离 三重态

然后1-2 2-3 找到势能面交叉点 然后三条曲线合成一条

然后1-2的部分中间可能会涉及多参考态,统一用casscf(2e,?o) ?未定  这样是否合适?


不那么严肃的话一般DFT应该也凑合能用吧)

1万

帖子

0

威望

8964

eV
积分
20708

Level 6 (一方通行)

4491#
发表于 Post on 2025-6-19 16:38:56 | 只看该作者 Only view this author
18217265596 发表于 2025-6-19 15:55
老师 我也是这么认为的
因此我是否应该
1,近距离 单重态闭壳层扫描

起码对于比较简单的体系而言,只做2就行了。2在近距离和1重合(同时波函数收敛到单重态闭壳层),在远距离和3无限趋于一致
如果要做多参考态计算,起码做NEVPT2,CASSCF缺乏动态相关,结果不可信
对精度要求不高的场合,broken symmetry DFT可以
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?hl=zh-CN&user=XW6C6eQAAAAJ&view_op=list_works&sortby=pubdate
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1034/1702.htm
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

881

帖子

3

威望

1665

eV
积分
2606

Level 5 (御坂)

傻傻的木瓜

4492#
发表于 Post on 2025-6-20 10:24:17 | 只看该作者 Only view this author
fubingjie 发表于 2025-6-20 10:10
老师您好,我在计算机理的时候想用 B3LYP-D3/GENECP 然后再溶剂条件下 溶剂模型是SMD  然后我输入进去一直 ...

设置溶剂的关键词应当写作scrf=(smd,solvent=dichloromethane),没有单独的model=smd这种写法。
结构里两个PPh3都有苯环缺失部分原子,赶紧补上。
泛函建议按http://sobereva.com/272http://sobereva.com/557换成PBE0-D3(BJ)之类的,基组建议只给Os用SDD,包括Br的其他都用def2-SVP。
√546=23.36664289109

96

帖子

0

威望

942

eV
积分
1038

Level 4 (黑子)

4493#
发表于 Post on 2025-6-20 11:11:52 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 moiumuio 于 2025-6-20 13:36 编辑

Hi everyone,
I have compound A that transforms to compound B (unknown) under UV light. I want to investigate the mechanism of this formation through Gaussian and predict the product (compound B). Are there any tools that suit my need.
Thank you

1万

帖子

0

威望

8964

eV
积分
20708

Level 6 (一方通行)

4494#
发表于 Post on 2025-6-20 12:37:59 | 只看该作者 Only view this author
moiumuio 发表于 2025-6-20 11:11
Hi everyone,
I have compound A that transforms to compound B under UV light. I want to investigate  ...

The question is a bit too vague to answer. But you can first have a look at our recent work on the photolysis of a Rh-C bond (https://doi.org/10.1038/s41467-024-50253-9) and see if this already answers your question.
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?hl=zh-CN&user=XW6C6eQAAAAJ&view_op=list_works&sortby=pubdate
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1034/1702.htm
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

11

帖子

0

威望

189

eV
积分
200

Level 3 能力者

4495#
发表于 Post on 2025-6-20 12:47:52 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-6-19 14:28
根本没有报错,如果还在跑,继续等着
如果任务断了,下文里搜 停了
Gaussian的安装方法及运行时的相关 ...

好的,谢谢您

96

帖子

0

威望

942

eV
积分
1038

Level 4 (黑子)

4496#
发表于 Post on 2025-6-20 13:39:05 | 只看该作者 Only view this author
moiumuio 发表于 2025-6-20 11:11
Hi everyone,
I have compound A that transforms to compound B (unknown) under UV light. I want to in ...

I edited my question. I hope I made it clearer

8

帖子

0

威望

43

eV
积分
51

Level 2 能力者

4497#
发表于 Post on 2025-6-24 09:58:11 | 只看该作者 Only view this author

高斯计算显示l103报错

老师们,高斯结构优化显示l103报错,中途优化停止后,构型变成这样,请问是基组泛函的原因还是建模的原因呀

捕获.JPG (69.71 KB, 下载次数 Times of downloads: 14)

捕获.JPG

sh opt1.gjf

5.72 KB, 下载次数 Times of downloads: 2

1万

帖子

0

威望

8964

eV
积分
20708

Level 6 (一方通行)

4498#
发表于 Post on 2025-6-24 10:17:11 | 只看该作者 Only view this author
建模严重不合理,和Cd配位的羧酸没脱质子,NH3反而脱了质子,怎么可能?
好好查查常见物质的pKa,学习怎么确定质子化状态,再做计算
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?hl=zh-CN&user=XW6C6eQAAAAJ&view_op=list_works&sortby=pubdate
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1034/1702.htm
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

125

帖子

0

威望

464

eV
积分
589

Level 4 (黑子)

4499#
发表于 Post on 2025-6-26 19:00:34 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 Xx_DerEnTh 于 2025-6-26 23:25 编辑

各位老师好,请教一下检测优化后的结构的波函数稳定性的时候,若之前结构优化时加了int=superfine关键词,在检验波函数稳定性的时候(stable/stable=opt)是否需要保留

212

帖子

0

威望

887

eV
积分
1099

Level 4 (黑子)

4500#
发表于 Post on 2025-6-26 22:19:18 | 只看该作者 Only view this author

老师 这种IGMH_inter 是不是 排斥吸引都有的典型弱范德华作用

本帖最后由 18217265596 于 2025-6-26 22:21 编辑

D:\BaiduSyncdisk\hyd\final_data\paper\202505\新图\figure3

微信截图_20250626221954.png (128.65 KB, 下载次数 Times of downloads: 32)

微信截图_20250626221954.png

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2025-8-12 23:37 , Processed in 0.162539 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list