计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
楼主 Author: sobereva
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

  [复制链接 Copy URL]

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120061

管理员

公社社长

4531#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-7-5 07:35:31 | 只看该作者 Only view this author
Amélie 发表于 2025-7-3 07:49
老师好 这是我在做正丁烷随中央碳碳单键旋转的势能面扫描时的gjf文件,但是我发现扫描结果中只是甲基整体在 ...

改用柔性扫描。看下文了解和刚性扫描之间的区别
详谈使用Gaussian做势能面扫描
http://sobereva.com/474http://bbs.keinsci.com/thread-12660-1-1.html

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

10

帖子

0

威望

53

eV
积分
63

Level 2 能力者

4532#
发表于 Post on 2025-7-5 11:22:55 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 孙一舟 于 2025-7-5 11:43 编辑
wzkchem5 发表于 2025-7-4 20:22
如果确定xyz文件的格式没错(包括是否有空行,换行符的种类等),且用最新版crest,仍然报这个错的话,可 ...

好的,谢谢老师,我检查确定无误后,会去提个issue

补充:我找到了相似issue Memory errors when trying to do conf sampling on a radical molecule · Issue #402 · crest-lab/crest

底下的回复如下:
Let me preface, we don't maintain further changes to the 2.12 version.
What you see here is likely caused by a combination of two things.
First, -c and -u are not implemented keywords. They might be in xtb, but not in CREST. Use -chrg and -uhf.
Then, calculation of radicals might in some cases be technically accessible through GFN-FF, but as a classical force-field it has no electronic description... this could be causing some issues for the xtb binary (in your case), which is what is throwing the segfault actually. Try one of the xTBs rather then the force field.

看来应该是gfnff不能用于自由基体系

10

帖子

0

威望

53

eV
积分
63

Level 2 能力者

4533#
发表于 Post on 2025-7-5 11:36:32 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-7-5 07:30
强烈建议用Molclus做构象搜索,原理清楚,可控性强得多,参看:
构型和构象搜索程序Molclus主页:http:/ ...

谢谢老师回复,我会尝试Molclus

49

帖子

0

威望

132

eV
积分
181

Level 3 能力者

4534#
发表于 Post on 2025-7-6 11:06:25 | 只看该作者 Only view this author
老师们好,我想对比两个反应的自由能垒,第一个反应的所有元素均是前三周期,第二个反应除前三周期元素外还涉及过渡金属,请教各位老师,在对两个反应中的物质进行几何优化和算单点能时,对于两个反应是各自用合适的泛函和基组进行计算还是说两个反应必须采用同一个泛函和基组计算呢?

1万

帖子

0

威望

8959

eV
积分
20702

Level 6 (一方通行)

4535#
发表于 Post on 2025-7-6 11:50:59 | 只看该作者 Only view this author
NHX 发表于 2025-7-6 11:06
老师们好,我想对比两个反应的自由能垒,第一个反应的所有元素均是前三周期,第二个反应除前三周期元素外还 ...

泛函必须用同一个。
基组的话,对于任何一个给定的元素,当这个元素出现在第一个反应和出现在第二个反应里时,这个元素必须用同一个基组;但是不同的元素可以用不同的基组。满足这个条件就行,必要时通过指定混合基组来确保满足这一点
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?hl=zh-CN&user=XW6C6eQAAAAJ&view_op=list_works&sortby=pubdate
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1034/1702.htm
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

49

帖子

0

威望

132

eV
积分
181

Level 3 能力者

4536#
发表于 Post on 2025-7-6 14:29:46 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2025-7-6 11:50
泛函必须用同一个。
基组的话,对于任何一个给定的元素,当这个元素出现在第一个反应和出现在第二个反应 ...

好的,十分感谢老师

154

帖子

0

威望

850

eV
积分
1004

Level 4 (黑子)

4537#
发表于 Post on 2025-7-9 21:33:11 | 只看该作者 Only view this author
老师您好,我有高斯的基础,现在主要想聚焦于一些小分子激发态的计算,想学一下ORCA,主要是超算平台提交任务,应该如何入门,有没有推荐?谢谢老师答复。

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120061

管理员

公社社长

4538#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-7-9 22:53:37 | 只看该作者 Only view this author
〇66 发表于 2025-7-9 21:33
老师您好,我有高斯的基础,现在主要想聚焦于一些小分子激发态的计算,想学一下ORCA,主要是超算平台提交任 ...

北京科音高级量子化学培训班(http://www.keinsci.com/KAQC)非常详细讲了ORCA的使用和高精度激发态计算
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

3

帖子

0

威望

21

eV
积分
24

Level 1 能力者

4539#
发表于 Post on 2025-7-10 12:32:35 | 只看该作者 Only view this author
各位老师好,我在windows系统用Gaussian16做Raman光谱计算,分别计算[TaCl6]-、[TaCl4S]-、[Ta2Cl8S]等单体的Raman活性,来解析实验的Raman光谱,想问一下对这类体系需要使用什么基组可以获得尽量准确的Raman活性

1万

帖子

0

威望

8959

eV
积分
20702

Level 6 (一方通行)

4540#
发表于 Post on 2025-7-10 12:46:49 | 只看该作者 Only view this author
Shishishi_ 发表于 2025-7-10 12:32
各位老师好,我在windows系统用Gaussian16做Raman光谱计算,分别计算[TaCl6]-、[TaCl4S]-、[Ta2Cl8S]等单体 ...

实验是在固相、溶液相还是气相里测的?
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?hl=zh-CN&user=XW6C6eQAAAAJ&view_op=list_works&sortby=pubdate
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1034/1702.htm
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

154

帖子

0

威望

850

eV
积分
1004

Level 4 (黑子)

4541#
发表于 Post on 2025-7-10 13:37:50 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-7-9 22:53
北京科音高级量子化学培训班(http://www.keinsci.com/KAQC)非常详细讲了ORCA的使用和高精度激发态计算

谢谢老师答复,但是我不太清楚自己有没有能接受高级量化班知识的能力,怕去了很多听不懂。目前我已经上过初级量化班了,最近还打算去这个月的基础量化班,已经报名了。这个月学完后可能还要消化好一阵子,9月去高级量化班我怕基础量化班大量的内容还没学透就去,会跟不上。

3

帖子

0

威望

21

eV
积分
24

Level 1 能力者

4542#
发表于 Post on 2025-7-10 21:21:40 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2025-7-10 12:46
实验是在固相、溶液相还是气相里测的?

感谢老师答复,是在固相里测的,是一种非晶材料

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120061

管理员

公社社长

4543#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-7-10 22:51:19 | 只看该作者 Only view this author
Shishishi_ 发表于 2025-7-10 12:32
各位老师好,我在windows系统用Gaussian16做Raman光谱计算,分别计算[TaCl6]-、[TaCl4S]-、[Ta2Cl8S]等单体 ...

对于单分子来说,def2-TZVPD可以把拉曼活性算得很好,而且支持所有这些元素
至于你说的非晶材料怎么算,用周期性还是簇模型之类,取决于已知的实验信息
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120061

管理员

公社社长

4544#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-7-10 22:53:31 | 只看该作者 Only view this author
〇66 发表于 2025-7-10 13:37
谢谢老师答复,但是我不太清楚自己有没有能接受高级量化班知识的能力,怕去了很多听不懂。目前我已经上过 ...

有超级详细的讲义,又有全程录音,又有一大堆例子文件,若当时现场吸收得不充分,就之后再慢慢消化即可。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

3

帖子

0

威望

21

eV
积分
24

Level 1 能力者

4545#
发表于 Post on 2025-7-11 09:11:09 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-7-10 22:51
对于单分子来说,def2-TZVPD可以把拉曼活性算得很好,而且支持所有这些元素
至于你说的非晶材料怎么算, ...

感谢sob老师解答,材料的主要成分是Na-Ta-Cl-S,没有周期性晶体结构,我们用AIMD建立了非晶模型,调取了模型中存在的单体([TaCl6]-等)去计算拉曼活性来匹配实验获得的拉曼光谱,想问一下老师设计可以反映实验的拉曼光谱信息吗

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2025-8-12 21:12 , Processed in 0.745692 second(s), 20 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list