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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-6-27 06:21:59 | 只看该作者 Only view this author
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-6-27 06:22:28 | 只看该作者 Only view this author
Xx_DerEnTh 发表于 2025-6-26 19:00
各位老师好,请教一下检测优化后的结构的波函数稳定性的时候,若之前结构优化时加了int=superfine关键词, ...

无所谓
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发表于 Post on 2025-6-27 07:46:49 | 只看该作者 Only view this author

谢谢sob老师

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发表于 Post on 2025-6-27 08:08:06 | 只看该作者 Only view this author
老师 当用gview建模的目标分子体系并不大,但是利用gview自带的功能难以画出(如含有不饱和键的多元并环,多元稠环等),时候该如何建模?

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发表于 Post on 2025-6-27 09:25:11 | 只看该作者 Only view this author
Amélie 发表于 2025-6-27 08:08
老师 当用gview建模的目标分子体系并不大,但是利用gview自带的功能难以画出(如含有不饱和键的多元并环, ...

在网上随便找一个SMILES转mol或SMILES转xyz的网页/程序/插件,用chemdraw画出你想要的结构,然后粘贴进去
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?hl=zh-CN&user=XW6C6eQAAAAJ&view_op=list_works&sortby=pubdate
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1034/1702.htm
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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发表于 Post on 2025-6-28 15:17:40 | 只看该作者 Only view this author
paperz 发表于 2025-6-9 15:13
想要研究弱相互作用,并得到优化结构和单点能。
在“%nprocshared=48
%mem=48GB

更新一下解决进度,之前删了缓存文件,发现还是报错。后面尝试从g09换到g16之后,用相同的gjf文件计算,问题就解决了,不再报“Error termination in NtrErr: NtrErr Called from FileIO.”错误。应该不是硬盘和方法的问题,如果有友友遇到这种问题,可以尝试更换高斯版本,也许是g09的bug。
另外:如果条件允许的话,建议使用g16版本。我自己感受g16报错更少一些,如果我的见解错误,敬请指出。谢谢

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-6-30 05:46:26 | 只看该作者 Only view this author
Amélie 发表于 2025-6-27 08:08
老师 当用gview建模的目标分子体系并不大,但是利用gview自带的功能难以画出(如含有不饱和键的多元并环, ...

有并环的情况我建议用chemdraw,然后粘贴到chem3D里产生初始三维结构
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发表于 Post on 2025-6-30 10:19:34 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 400__LUX 于 2025-6-30 10:26 编辑

老师好,最近在学polyrate时候发现输入结构的默认的单位是bour,而gaussview中默认的单位是埃。我将优化完成的过渡态结构的.out文件转化为输入,然后写units=au,结果在gaussview中看整个结构挤在一起,这可能是只换单位而没有改变距离数值的结果。故想请教一下老师如何实现单位和坐标转化,使得.gjf文件的笛卡尔坐标是在原子单位下的,是否是只需要除一个0.529177即可。
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发表于 Post on 2025-6-30 10:50:34 | 只看该作者 Only view this author
400__LUX 发表于 2025-6-30 10:19
老师好,最近在学polyrate时候发现输入结构的默认的单位是bour,而gaussview中默认的单位是埃。我将优化完 ...

这和GaussView没关系,只是Gaussian在.out或.log输出文件里以埃为单位写笛卡尔坐标而已。需要以Bohr为单位的笛卡尔坐标的话,建议读取.fch或.fchk文件里Current cartesian coordinates字段的数据并自行分割、添加元素符号;这还有个好处是有效数字位数也比.out或.log里的多一点。
√546=23.36664289109

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发表于 Post on 2025-6-30 14:36:17 | 只看该作者 Only view this author
Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2025-6-30 10:50
这和GaussView没关系,只是Gaussian在.out或.log输出文件里以埃为单位写笛卡尔坐标而已。需要以Bohr为单 ...

好的,十分感谢您的回答,平常只关注.out文件,您不提醒的话我都没注意到.fch中的坐标是以bour为单位的。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-6-30 18:15:23 | 只看该作者 Only view this author
400__LUX 发表于 2025-6-30 14:36
好的,十分感谢您的回答,平常只关注.out文件,您不提醒的话我都没注意到.fch中的坐标是以bour为单位的。

是Bohr不是bour
顺带一提,Multiwfn载入含有结构信息的文件,诸如Gaussian输入/输出文件、fch文件等,进入主功能0后,文本窗口直接显示了以Bohr为单位的坐标,可以直接复制出来
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发表于 Post on 2025-6-30 20:22:16 | 只看该作者 Only view this author
我想请教一下各位老师,高斯在计算两个分子的结合能时,应该怎么确定两个分子的相对位置?

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发表于 Post on 2025-6-30 21:43:48 | 只看该作者 Only view this author
Wyk_ 发表于 2025-6-30 20:22
我想请教一下各位老师,高斯在计算两个分子的结合能时,应该怎么确定两个分子的相对位置?

做构型搜索,例如用Molclus、CREST、ABCluster,或ORCA的GOAT、DOCKER模块
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
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ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
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发表于 Post on 2025-6-30 22:20:12 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2025-6-30 21:43
做构型搜索,例如用Molclus、CREST、ABCluster,或ORCA的GOAT、DOCKER模块

好的,谢谢老师!

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发表于 Post on 2025-7-1 09:24:19 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-6-30 18:15
是Bohr不是bour
顺带一提,Multiwfn载入含有结构信息的文件,诸如Gaussian输入/输出文件、fch文件等,进 ...

好的,感谢老师指正。
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