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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

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鸩羽

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发表于 Post on 2025-10-9 11:57:45 | 只看该作者 Only view this author
你机子内存有640个G吗
某不知名实验组从苞米地里长出来的计算选手

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发表于 Post on 2025-10-9 12:51:41 | 只看该作者 Only view this author
wal 发表于 2025-10-9 11:57
你机子内存有640个G吗

没有

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鸩羽

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发表于 Post on 2025-10-9 13:35:30 | 只看该作者 Only view this author

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那你这个写的不对 你告诉ORCA你有16*40GB的内存
某不知名实验组从苞米地里长出来的计算选手

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-10-9 13:53:24 | 只看该作者 Only view this author
Jerry_Wang 发表于 2025-10-8 22:01
谢谢sobreva老师,我还想请教一下,我们在计算 基态向第一激发态的跃迁偶极矩时,关键词是要写 density, ...

就连计算基态向第一激发态的跃迁偶极矩时根本都不需要写density
认真看下文
Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法
http://sobereva.com/314http://bbs.keinsci.com/thread-2413-1-1.html

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
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思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-10-9 14:16:24 | 只看该作者 Only view this author
一头肥猪 发表于 2025-10-9 09:25
ORCA激发态计算错误,我想算MR-TADF分子单三态能差,分子结构是200多个原子。请各位老师帮我看一下   
输 ...

看北京科音高级量子化学培训班(http://www.keinsci.com/KAQC)幻灯片了解常识


北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2025-10-9 14:26:03 | 只看该作者 Only view this author
wal 发表于 2025-10-9 13:35
%pal nprocs 16 end
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那你这个写的不对 你告诉ORCA你有16*40GB的内存

好的,谢谢老师

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发表于 Post on 2025-10-9 14:26:28 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-10-9 14:16
看北京科音高级量子化学培训班(http://www.keinsci.com/KAQC)幻灯片了解常识

好的,谢谢老师

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发表于 Post on 2025-10-9 19:04:34 | 只看该作者 Only view this author
一头肥猪 发表于 2025-10-9 09:25
ORCA激发态计算错误,我想算MR-TADF分子单三态能差,分子结构是200多个原子。请各位老师帮我看一下   
输 ...

体系太大了,双杂化泛函可能跑不动。可以考虑把不重要的原子用def2-SVP描述
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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发表于 Post on 2025-10-9 21:45:44 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-10-9 13:53
就连计算基态向第一激发态的跃迁偶极矩时根本都不需要写density
认真看下文
Gaussian中用TDDFT计算激发 ...

sobereva老师,谢谢您的回复!我是看到了之前您在一个帖子中的评论,里面说要写density,我想问一下这是为什么呢?是因为计算的东西不同吗?

Gaussian算激发态偶极矩和跃迁偶极矩和文献对比问题
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 3&fromuid=16022
(出处: 计算化学公社)
Gaussian算激发态偶极矩和跃迁偶极矩和文献对比问题
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 3&fromuid=16022
(出处: 计算化学公社)



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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-10-10 11:09:12 | 只看该作者 Only view this author
Jerry_Wang 发表于 2025-10-9 21:45
sobereva老师,谢谢您的回复!我是看到了之前您在一个帖子中的评论,里面说要写density,我想问一下这是 ...

激发态偶极矩和基态与激发态之间的跃迁偶极矩完全是两码事
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2025-10-10 21:11:43 | 只看该作者 Only view this author
各位老师我最近看到网上一下教程说在分子动力学不确定势能参数的时候,可以通过DFT计算来推导,我想问一下各位老师这种方法获得势能的准确性咋呀?有没有推荐的文章或者参考教程呀

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-10-10 22:53:40 | 只看该作者 Only view this author
KCM@SHU 发表于 2025-10-10 21:11
各位老师我最近看到网上一下教程说在分子动力学不确定势能参数的时候,可以通过DFT计算来推导,我想问一下 ...

那不叫推导,而叫拟合
诸如根据DFT扫描的势能曲线拟合力场参数,这是最常规的获得力场参数的做法之一,随便找点力场开发的文章便知

北京科音中级量子化学培训班(http://www.keinsci.com/KBQC)讲势能面扫描的部分还专门给了相关例子

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2025-10-16 15:12:54 | 只看该作者 Only view this author
请教一下量子化学计算选用的泛函和基组:
课题组里的体系(含氮、磷、硼等杂原子的稳定卡宾及其配合物,比如各类NHC卡宾等,以及一些含碳、磷、硼、硅等的主族配合物),导师比较关注HOMO-LUMO gap,三重态与单重态能量差,卡宾的氢化能,质子亲和能等,我目前是用wB97x-d3结合def2-tzvpp在smd溶剂化下分别进行三重态与单重态的几何优化并直接读取热力学数据。
遇到以下几个问题:1. 导师说我算的HOMO-LUMO gap很不准确,明显偏大,完全不能用,我也读了卢老师的文章(http://sobereva.com/272)指出wB97x-d3可能明显高估HOMO-LUMO gap,因此需要换计算方法;2. 自己工作中发现三重态与单重态的几何优化有大约25%概率出现虚频或者不收敛,之前也请教过卢老师,主要问题应该来自smd溶剂化。
针对这两个问题,我设计了以下的实验方案:1. 改用b3lyp(D3bj)结合def2-tzvpp基组,在cpcm溶剂化下进行三重态与单重态的几何优化,直接从几何优化的输出结果读出HOMO-LUMO gap;2. 使用wb97m-v结合cc-pvtz在几何优化的结构上进行振动分析,读出单点能和热力学数据,从而计算三重态与单重态的能量差与氢化能。
由于我要算的体系数目非常庞大,如果新的试验方案再遇到问题,势必又要重新挨个计算。麻烦各位有经验的老师们看一下这个方案是否合理,如何改进?

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发表于 Post on 2025-10-16 17:06:34 | 只看该作者 Only view this author
卤素妹妹 发表于 2025-10-16 15:12
请教一下量子化学计算选用的泛函和基组:
课题组里的体系(含氮、磷、硼等杂原子的稳定卡宾及其配合物,比 ...

关于gap问题,仔细阅读http://sobereva.com/543
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-10-16 21:39:24 | 只看该作者 Only view this author
卤素妹妹 发表于 2025-10-16 15:12
请教一下量子化学计算选用的泛函和基组:
课题组里的体系(含氮、磷、硼等杂原子的稳定卡宾及其配合物,比 ...

1 可以
2 强烈不推荐Dunning相关一致性基组结合DFT使用,下文说了
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336http://bbs.keinsci.com/thread-3545-1-1.html
wB97M-V只建议算单点用,甭做opt freq,ORCA里也没解析Hessian
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