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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

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发表于 Post on 2025-10-16 22:27:18 | 只看该作者 Only view this author

orca 6.0 运行测试文件出错

E:\orca6>orca 1.inp > 1.out
!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!
!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!
[file orca_tools/qcsys.cpp, line 50]:
信息如上
此外生成了如下的文件

想问是哪里出了问题

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-10-17 03:59:04 | 只看该作者 Only view this author
anyi 发表于 2025-10-16 22:27
E:\orca6>orca 1.inp > 1.out
!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!
! ...

认真看此文,弄清楚怎么恰当安装和并行运行
量子化学程序ORCA的安装方法
http://sobereva.com/451http://bbs.keinsci.com/thread-11697-1-1.html

并且一律看out文件判断原因
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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发表于 Post on 2025-10-17 17:55:43 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-10-17 03:59
认真看此文,弄清楚怎么恰当安装和并行运行
量子化学程序ORCA的安装方法
http://sobereva.com/451(htt ...

感谢老师,是我的绝对路径出了问题

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发表于 Post on 2025-10-19 16:56:10 | 只看该作者 Only view this author

LOG文件报错

如图,在计算单体分子激发态寿命时,log文件末尾出现如图报错,是因为什么呢?又该如何改正?

202510191654444887..png (24.45 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

log文件报错末尾

log文件报错末尾

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发表于 Post on 2025-10-19 17:32:07 | 只看该作者 Only view this author
我看你这上面说的是电荷跟自由多重度输入错误,你的输入文件是啥?

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发表于 Post on 2025-10-19 17:58:21 | 只看该作者 Only view this author
八成是空行没弄对吧。上传输入文件或者看看论坛里其他人的输入文件开头的部分是怎么写的

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-10-20 01:24:38 | 只看该作者 Only view this author
badada 发表于 2025-10-19 16:56
如图,在计算单体分子激发态寿命时,log文件末尾出现如图报错,是因为什么呢?又该如何改正?

输入文件格式不对
问这种问题时自觉上传输入文件
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2025-10-20 12:02:56 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-10-10 11:09
激发态偶极矩和基态与激发态之间的跃迁偶极矩完全是两码事

sobereva老师,您好!我想问接着请教一下,我在对激发态进行几何优化过程中遇到了 “几何优化收敛 频率计算不收敛“ 的情况  
# opt freq td=(nstates=3,root=1) b3lyp/6-31g(d,p)
   
  Item               Value     Threshold  Converged?
Maximum Force            0.000005     0.000450     YES
RMS     Force            0.000001     0.000300     YES
Maximum Displacement     0.001765     0.001800     YES
RMS     Displacement     0.000370     0.001200     YES
Predicted change in Energy=-1.517039D-09
Optimization completed.
    -- Stationary point found.
几何优化收敛

         Item               Value     Threshold  Converged?
Maximum Force            0.000005     0.000450     YES
RMS     Force            0.000001     0.000300     YES
Maximum Displacement     0.014005     0.001800     NO
RMS     Displacement     0.002908     0.001200     NO
Predicted change in Energy=-1.057966D-08
频率计算不收敛

请问一下,解决思路和基态的几何优化的解决思路是一样的吗?还是会有不同之处呢? 是不是就是以下这个博文中提到的解决思路呀?
http://sobereva.com/164

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发表于 Post on 2025-10-20 14:34:25 | 只看该作者 Only view this author
Jerry_Wang 发表于 2025-10-20 12:02
sobereva老师,您好!我想问接着请教一下,我在对激发态进行几何优化过程中遇到了 “几何优化收敛 频率计 ...

完全一样。激发态结构优化相比基态优化的额外困难主要有三个:(1)存在锥形交叉点;(2)存在跟踪透热态还是绝热态的问题;(3)当基态波函数不稳定时,激发能可能变成复数。但如果你不涉及这三个问题,那么激发态结构优化的所有问题解决方法、需要写的关键词等都和基态结构优化一致,包括如何消虚频、如何解决不收敛问题等等都一致
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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发表于 Post on 2025-10-20 20:31:42 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2025-10-20 14:34
完全一样。激发态结构优化相比基态优化的额外困难主要有三个:(1)存在锥形交叉点;(2)存在跟踪透热态 ...

好的  谢谢老师!

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发表于 Post on 2025-10-25 21:28:19 | 只看该作者 Only view this author
各位老师我想问一下,我最近在做催化的机理计算,我想做一个催化剂晶粒尺寸大小,对催化过程影响(比如说电子转移,或者能带这些影响)我想问一下各位老师,这个计算在建模的时候应该怎么建模可以反应晶粒尺寸的变化呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-10-26 05:13:35 | 只看该作者 Only view this author
KCM@SHU 发表于 2025-10-25 21:28
各位老师我想问一下,我最近在做催化的机理计算,我想做一个催化剂晶粒尺寸大小,对催化过程影响(比如说电 ...

如果是小团簇,就建立成不同大小的团簇分别计算就行了
而如果是从原子尺度来看原子数极多的晶粒,由于考虑晶粒所有原子的情况下根本算不动,因此没法在计算模型中直接体现晶粒尺寸,只能研究不同晶面上反应特征的差异。
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发表于 Post on 2025-10-26 11:17:32 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-10-26 05:13
如果是小团簇,就建立成不同大小的团簇分别计算就行了
而如果是从原子尺度来看原子数极多的晶粒,由于考 ...

老师那对于大原子尺寸,比如说我是CoS催化CO2化碳,为了体现出尺寸的影响,我是不是可以考虑保证固定每个晶胞里面一个CO2分子,然后改变晶胞尺寸,就是相当于比如说10*10*10的结构中和一个CO2相互作用情况;和20*20*20晶胞与一个CO2相互作用情况来反应尺寸的影响?

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发表于 Post on 2025-10-26 14:01:19 | 只看该作者 Only view this author

柔性扫描能量断崖式下降,过渡态搜索不成功

各位老师好,我在柔性扫描时遇到了一些问题。就是在设置好结构后进行柔性扫描,发现能量有断崖式下降,但是下降后的的能量又上升了扫描gjf文件 WO2(OH)2(H2O)2-4-scan.gjf (5.57 KB, 下载次数 Times of downloads: 2) 。算出后的能量曲线如下图,然后提取坐标进行过渡态搜索,发现H原子又回到了原来羟基的位置,是什么原因呢?


202510261357283133..png (27.09 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

柔性扫描的能量曲线

柔性扫描的能量曲线

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发表于 Post on 2025-10-26 14:19:53 | 只看该作者 Only view this author
能量断崖式下降是正常的,取断崖附近能量最高的结构作为过渡态初猜即可,先 freq,观察振动模式,若正确,再 opt=(TS,NoEigen,ReadFC) freq。
现代化学以狄拉克的一句“一切化学问题业已解决”为嚆矢。滥觞于经验主义传统的期望正失去它们的借鉴意义。但面对看似不可达的通往天堂之阶梯,我想循伍德沃德“最好的模型是你底物的对映异构体”的信仰好过过早地振翮。
我们怀揣热忱的灵魂天然被赋予对第一性的追求,不屑于单一坐标的约束,钟情于势能面彼端的芬芳。但

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