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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

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发表于 Post on 2025-9-18 12:56:06 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-9-17 18:55
ROKS不是什么好东西,无法充分展现本应该有的自旋极化,Pople还专门批判过ROKS
UKS的自旋污染不像基于波 ...

老师 您说的是这篇吗Spin-Unrestricted Character of Kohn-Sham Orbitals for Open-Shell Systems

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-9-18 23:33:08 | 只看该作者 Only view this author
18217265596 发表于 2025-9-18 12:56
老师 您说的是这篇吗Spin-Unrestricted Character of Kohn-Sham Orbitals for Open-Shell Systems

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
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思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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发表于 Post on 2025-9-19 10:06:41 | 只看该作者 Only view this author

高斯单点能计算输入文件结果为什么一直出现“无法识别的原子符号”的报错

本帖最后由 xuziwen 于 2025-9-19 10:09 编辑

麻烦老师们看看我的这个高斯单点能计算输入文件哪有有错误吗? 1_sp.gjf (2.89 KB, 下载次数 Times of downloads: 4)
总是出现这个报错General basis read from cards: (5D, 7F)Unrecognized atomic symbol_sp以下是我的文件输入信息

%mem=10GB%
nprocshared=8%
oldchk=1_freq.chk
%chk=1_sp.chk
#p B3LYP/genecp em=gd3bj scrf=(smd,solvent=methylcyclohexane) guess=read geom=allcheck


1_sp


0 1


C H Si N 0
6-31G(d,p)
****
Ti 0           
SDD
****





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发表于 Post on 2025-9-19 15:09:06 | 只看该作者 Only view this author
改成geom=check
某不知名实验组从苞米地里长出来的计算选手

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发表于 Post on 2025-9-19 18:21:42 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 Uus/pMeC6H4-/キ 于 2025-9-25 14:54 编辑

编辑:原提问内容(Baik法处理无势垒反应)已转移至http://bbs.keinsci.com/thread-26668-3-1.html开始的讨论
√546=23.36664289109

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-9-20 02:43:40 | 只看该作者 Only view this author
Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2025-9-19 18:21
经常见论坛讨论Baik法(Organometallics 2018, 37, 19, 3228–3239, DOI: 10.1021/acs.organomet.8b00456) ...

这属于相对复杂的问题,建议单独发个主题
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-9-20 03:02:14 | 只看该作者 Only view this author
xuziwen 发表于 2025-9-19 10:06
麻烦老师们看看我的这个高斯单点能计算输入文件哪有有错误吗?
总是出现这个报错General basis read from  ...

你传的gjf文件和你截图的内容完全不符
输入文件直接上传,别贴图
你传的gjf文件里没定义赝势,好好看此文
详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
http://sobereva.com/60
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发表于 Post on 2025-9-22 16:29:03 | 只看该作者 Only view this author

输出文件报错,求助。谢谢各位老师!


输入文件关键词(必须用M06-2X+SMD):
%nprocshared=64
%mem=96GB
%chk=01124_M062X_water.chk
# opt=(calcalc,ts,noeigen) freq M062X/TZVP scrf=(SMD, solvent=water)





输出文件最后几行:
******************************************
Gaussian 16:  ES64L-G16RevA.03 25-Dec-2016
                20-Sep-2025
******************************************
%nprocshared=64
Will use up to   64 processors via shared memory.
%mem=96GB
%chk=01124_M062X_water.chk
--------------------------------------------------------------------
# opt=(calcalc,ts,noeigen) freq M062X/TZVP scrf=(SMD, solvent=water)
--------------------------------------------------------------------
QPErr --- A syntax error was detected in the input line.
# opt=(calcalc,ts,noeigen) freq M062X/TZ
        '
Last state= "OPT2"
TCursr=    143042 LCursr=         7
Error termination via Lnk1e in /public/home/acgcwoz92l/software/g16/l1.exe at Sat Sep 20 19:33:12 2025.
Job cpu time:       0 days  0 hours  0 minutes  4.0 seconds.
Elapsed time:       0 days  0 hours  0 minutes  0.1 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=      6 Int=      0 D2E=      0 Chk=      1 Scr=      1



124.rar (3.62 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)



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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-9-22 23:30:08 | 只看该作者 Only view this author
〇66 发表于 2025-9-22 16:29
输出文件报错,求助。谢谢各位老师!

是calcfc不是calcalc
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发表于 Post on 2025-9-23 11:47:54 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-9-22 23:30
是calcfc不是calcalc

好的 谢谢老师

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发表于 Post on 2025-9-23 22:47:32 | 只看该作者 Only view this author
请教老师,ORCA 6.0多核并行计算如何实现?使用的服务器上有各种版本的OpenMPI,最新版是4.1.2,之前看sob老师的帖子应该能够支持。
input文件核数修改为1之后能够在单核串行运算下得到正常的结果,因此应该不是.inp文件的问题。
这是我的提交PBS任务的.sh文件:

#!/bin/bash

#PBS -q parallel
#PBS -l select=2:ncpus=12:mpiprocs=12:mem=32GB
#PBS -l walltime=10:00:00
#PBS -j oe  
#PBS -V

cd $PBS_O_WORKDIR

export ORCA_SCRDIR=/scratch/$USER/$PBS_JOBID
mkdir -p "$ORCA_SCRDIR"

EBENV_AVX2=1 source /app1/ebenv
module load ORCA/6.0.1-foss-2023b-avx2

input=6a

mpirun -np 24 orca $input.inp  > $input.out

rm -rf "$ORCA_SCRDIR"

尝试了各种方法包括修改调用的Openmpi版本等等,都没有办法进行并行计算,.out文件的报错信息是并行计算相关
感谢老师帮助!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-9-24 03:44:58 | 只看该作者 Only view this author
卤素妹妹 发表于 2025-9-23 22:47
请教老师,ORCA 6.0多核并行计算如何实现?使用的服务器上有各种版本的OpenMPI,最新版是4.1.2,之前看sob ...

ORCA根本不应该用mpirun -np来执行,仔细看下文里并行核数设置说明。设了并行核数后自动就会用mpirun执行

量子化学程序ORCA的安装方法
http://sobereva.com/451http://bbs.keinsci.com/thread-11697-1-1.html
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发表于 Post on 2025-9-24 09:17:40 | 只看该作者 Only view this author

Gaussian/Gaussian view SCF不收敛

复合物结构优化遇到下面问题,请问各位老师应该如何解决
1、高斯输入文件,我设置关键词SCF(conver=6,novaracc) opt IOp(7/127=-99),解决SCF不收敛的问题。出现以下报错结束
Fine, optimization normally convergedNote: Unable to locate "Input orientation" field, try to load standard orientation insteadOpt + freq task normally terminatedError: Unable to locate free energy from the output file!Please double check "itask" and keywords in template input file. The task is regarded as failedPress ENTER button to continune
2、高斯输入文件的关键词是:
#b3lyp/6-31g(d,p) em=gd3bj SCF(conver=6,novaracc) opt IOp(7/127=-99) freq  





11.png (42.19 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

11.png

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-9-24 10:29:28 | 只看该作者 Only view this author
yangna11 发表于 2025-9-24 09:17
复合物结构优化遇到下面问题,请问各位老师应该如何解决
1、高斯输入文件,我设置关键词SCF(conver=6,nova ...

认真把此文看了
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚、完整
http://sobereva.com/620http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html

提问时必须把问题描述完整、不要有任何误导性,你贴的根本就不是Gaussian输出的信息,明明是Molclus输出的
所有情况都主动交代充分,molclus的settings.ini怎么设的都说清楚,自行检查Gaussian输出文件内容判断情况,搞不清楚就上传
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发表于 Post on 2025-9-24 13:37:04 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-9-24 10:29
认真把此文看了
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚、完整
http://s ...

好的,谢谢老师的提醒。

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