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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

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发表于 Post on 2025-9-29 18:47:57 | 只看该作者 Only view this author
这没有报错吧
现代化学以狄拉克的一句“一切化学问题业已解决”为嚆矢。滥觞于经验主义传统的期望正失去它们的借鉴意义。但面对看似不可达的通往天堂之阶梯,我想循伍德沃德“最好的模型是你底物的对映异构体”的信仰好过过早地振翮。
我们怀揣热忱的灵魂天然被赋予对第一性的追求,不屑于单一坐标的约束,钟情于势能面彼端的芬芳。但

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-9-30 06:09:19 | 只看该作者 Only view this author
根本没报错
始终带着#P便于监控SCF过程省得蒙在鼓里
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2025-10-1 11:37:30 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-7-18 06:19
DFT范畴内,建议用PBE0-D3(BJ)做这个的opt freq,多数情况定性正确

sob老师您好,目前此类体系涉及到了锕系后半部分元素(Am、Cm),用Gaussian做opt和freq好像没法加D3校正,请问用MN15做opt和freq合适吗?

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发表于 Post on 2025-10-1 15:16:45 | 只看该作者 Only view this author
NHX 发表于 2025-10-1 11:37
sob老师您好,目前此类体系涉及到了锕系后半部分元素(Am、Cm),用Gaussian做opt和freq好像没法加D3校正 ...

PBE0在高斯中的关键词写成PBE1PBE。高斯里直接写PBE0关键词对应的是一个双杂化泛函。可能是您误用了错误的泛函而报错的。

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发表于 Post on 2025-10-1 15:50:00 | 只看该作者 Only view this author
Stardust0831 发表于 2025-10-1 15:16
PBE0在高斯中的关键词写成PBE1PBE。高斯里直接写PBE0关键词对应的是一个双杂化泛函。可能是您误用了错误 ...

不不,即使PBE1PBE关键词写对了也没法用,因为无论泛函如何,镅锔等94号之后的元素的D3色散校正参数是去年才发表的,显然Gaussian就算是最新的G16 C.02修订版也来不及更新代码添加这部分(至于未来G25如何也不好说)。该问题在http://bbs.keinsci.com/thread-52065-1-1.html讨论过了,建议就是换ORCA用D4色散校正或者含VV10的泛函等。

√546=23.36664289109

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发表于 Post on 2025-10-1 19:10:36 | 只看该作者 Only view this author
Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2025-10-1 15:50
不不,即使PBE1PBE关键词写对了也没法用,因为无论泛函如何,镅锔等94号之后的元素的D3色散校正参数是去 ...

老师您好,因为计算中涉及到找过渡态,同时某些气体反应路径比较复杂,以我目前的水平可能多数情况下需要跑IRC验证,曾听闻Gaussian的IRC好像要比ORCA的好,所以想着如果MN15(好像这个泛函也能一定程度描述色散作用)合适的话就直接用Gaussian做了

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发表于 Post on 2025-10-1 19:24:46 | 只看该作者 Only view this author
NHX 发表于 2025-10-1 19:10
老师您好,因为计算中涉及到找过渡态,同时某些气体反应路径比较复杂,以我目前的水平可能多数情况下需要 ...

10年前ORCA没有IRC,5年前ORCA有IRC但不如高斯好,现在哪个好未必。不建议只为了更好的IRC功能而不用ORCA
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
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发表于 Post on 2025-10-1 19:35:45 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2025-10-1 19:24
10年前ORCA没有IRC,5年前ORCA有IRC但不如高斯好,现在哪个好未必。不建议只为了更好的IRC功能而不用ORCA

啊,什么时候ORCA实现了质权坐标的IRC算法?我记得ORCA文档4.4节说了Follow_CoordType关键字默认且只能用cartesian选项,这应该只是MEP不是IRC吧,还是我理解错了?

@NHX  要不参考http://sobereva.com/422的操作联用Gaussian的IRC算法和ORCA的DFT计算吧
√546=23.36664289109

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发表于 Post on 2025-10-1 20:38:00 | 只看该作者 Only view this author
Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2025-10-1 19:35
啊,什么时候ORCA实现了质权坐标的IRC算法?我记得ORCA文档4.4节说了Follow_CoordType关键字默认且只能用 ...

如果抠定义的话,说ORCA的做法不叫IRC或许也有一定道理。我本意是ORCA的IRC的计算效率、收敛失败概率等未必比高斯差。再者,除非步长太大导致跑到其他反应途径上了,或者是有VRI的情形,否则是否做质权不影响IRC走到什么反应物和产物。而如果步长太大或者有VRI,即使做了质权,结果也不可靠,而且未必比不做质权可靠

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Uus/pMeC6H4-/キ + 1 原来有这样的讲究

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Zikuan Wang
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发表于 Post on 2025-10-1 21:39:26 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 NHX 于 2025-10-1 21:45 编辑
Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2025-10-1 19:35
啊,什么时候ORCA实现了质权坐标的IRC算法?我记得ORCA文档4.4节说了Follow_CoordType关键字默认且只能用 ...

感谢两位老师的回复,那我还是直接用ORCA吧 @wzkchem5

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发表于 Post on 2025-10-2 14:49:38 | 只看该作者 Only view this author
老师好!我想用AIMD模拟来初步验证一个设计的分子的室温稳定性,我参考了老师2024年发表在欧洲化学中有关carborazine的做法(http://sobereva.com/731),注意到老师AIMD的温度设置到了1,000 K, 我的体系可能更不稳定,是否一定要设置到这么高的温度?另外,由于课题组的计算资源非常有限,AIMD的模拟时间不能很长,我根据计算资源写了这样的代码:
%md
   timestep 1.0_fs

   initvel 600_K

   Thermostat NHC 600_K Timecon 50.0_fs

   Cell Sphere 0, 0, 0, 25 Spring 100

   Dump Position Stride 1 Filename "trajectoryAd.xyz"

   Restart IfExists

   Run 1000
end
采用的计算方法是wb97x-d3/def2tzvp,请问这样模拟分子在室温的稳定性是否具有物理合理性?
另外,这个脚本里时间只能设置到1 ps了,如果我想要更长的模拟时间,我该如何用已经由于超时被hpc上的PBS job scheduler杀掉的计算结果继续进行更长时间的模拟?
谢谢老师的耐心回复!作为计算化学新手,老师的耐心回复以及计算化学公社给了我巨大的帮助!

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发表于 Post on 2025-10-2 15:36:15 | 只看该作者 Only view this author
卤素妹妹 发表于 2025-10-2 14:49
老师好!我想用AIMD模拟来初步验证一个设计的分子的室温稳定性,我参考了老师2024年发表在欧洲化学中有关ca ...

如果在298 K下做1 ps的AIMD,可以知道这个分子在室温下能稳定1 ps。
如果在1000 K下做1 ps的AIMD,可以知道这个分子在室温下能稳定的时间远长于1 ps,但不知道是多长。
即使温度很高,1 ps也太短了,不如先用当前体系的DFT的能量和梯度数据重新拟合一下GFN2-xTB,然后用重新拟合过的GFN2-xTB跑更长时间的分子动力学。参见https://doi.org/10.1021/jacs.5c05709的SI关于重新拟合GFN2-xTB的方法
Zikuan Wang
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-10-2 17:24:10 | 只看该作者 Only view this author
卤素妹妹 发表于 2025-10-2 14:49
老师好!我想用AIMD模拟来初步验证一个设计的分子的室温稳定性,我参考了老师2024年发表在欧洲化学中有关ca ...

wB97X-D3/def2-TZVP未必总能合理描述势垒,如果严重高估/低估解离势垒,会显著高估/低估稳定性。参考下文做AIMD部分的讨论
18个氮原子组成的环状分子长什么样?一篇文章全面揭示18氮环的特征!
http://sobereva.com/725http://bbs.keinsci.com/thread-47955-1-1.html
即便用的计算级别能较准确描述解离势垒,1 ps的模拟尺度用来体现热稳定性通常来说也太短了,怎么也应该跑至少5 ps
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发表于 Post on 2025-10-2 22:19:58 | 只看该作者 Only view this author
请教一下各位老师,用ORCA对基态结构做多参考计算时,能同时加上SOC得到结构最终的总电子能量吗?学生目前正在学习ORCA,对此还不太熟悉,在手册上没有找到具体位置

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4800#
发表于 Post on 2025-10-3 03:18:07 | 只看该作者 Only view this author

Gaussian计算Homo→Lumo的跃迁偶极矩

各位老师好!
[size=14.6667px]
我想计算 Homo→Lumo的跃迁偶极矩,想请老师们帮忙看一下,以下的计算过程是否正确?



[size=14.6667px]第一步:先对分子进行几何优化;
[size=14.6667px]# opt freq b3lyp/6-31g(d,p) int=ultrafine
[size=14.6667px]

[size=14.6667px]第二步:基于优化后的分子结构,计算了10个激发态;
[size=14.6667px]# td=(nstates=10) b3lyp/6-31g(d,p) density
[size=14.6667px]

[size=14.6667px]第二步的具体结果如下图所示,请问我想得到的[size=14.6667px]Homo→Lumo的跃迁偶极矩是不是就是“红框”中的数值呢?
[size=14.6667px]

[size=14.6667px]辛苦各位老师指点,谢谢!
[size=14.6667px]




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