计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
楼主 Author: sobereva
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

  [复制链接 Copy URL]

4

帖子

0

威望

37

eV
积分
41

Level 2 能力者

4921#
发表于 Post on 2025-12-12 21:54:01 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-12-12 17:15
Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法
http://sobereva.com/278(http://bbs.ke ...

感谢您

2

帖子

0

威望

15

eV
积分
17

Level 1 能力者

4922#
发表于 Post on 2025-12-13 09:25:10 | 只看该作者 Only view this author

报错求解

sob老师好。我最近用Gaussian做固定优化(%mem=160GB %nprocshared=64%nosave#p opt=(modredundant,loose) freq genecp pbe1pbe scf=xqc)和ts(%mem=160GB
%nprocshared=64%nosave#p opt=(calcfc,ts,noeigentest,maxstep=5,notrust) freq genecp pbe1pbe temperature=298 scf=xqc)时遇到以下情况计算停止,可否请您告知是什么原因导致的?
Cycle   1  Pass 1  IDiag  1:
FoFJK:  IHMeth= 1 ICntrl=       0 DoSepK=F KAlg= 0 I1Cent=           0 FoldK=F
IRaf= 720000000 NMat=       1 IRICut=       1 DoRegI=T DoRafI=F ISym2E= 0 IDoP0=0 IntGTp=1.
FoFCou: FMM=T IPFlag=           0 FMFlag=      100000 FMFlg1=        2001
         NFxFlg=           0 DoJE=F BraDBF=F KetDBF=F FulRan=T
         wScrn=  0.000000 ICntrl=         0 IOpCl=  1 I1Cent=           0 NGrid=           0
         NMat0=    1 NMatS0=      1 NMatT0=    0 NMatD0=    1 NMtDS0=    0 NMtDT0=    0
Symmetry not used in FoFCou.
FMM levels:  10  Number of levels for PrismC:   9
E= -4054.67208459830   
DIIS: error= 3.19D-09 at cycle   1 NSaved=   1.
NSaved= 1 IEnMin= 1 EnMin= -4054.67208459830     IErMin= 1 ErrMin= 3.19D-09
ErrMax= 3.19D-09  0.00D+00 EMaxC= 1.00D-01 BMatC= 1.12D-14 BMatP= 1.12D-14
IDIUse=1 WtCom= 1.00D+00 WtEn= 0.00D+00
Coeff-Com:  0.100D+01
Coeff:      0.100D+01
Gap=     0.098 Goal=   None    Shift=    0.000
Gap=     0.097 Goal=   None    Shift=    0.000
RMSDP=1.60D-10 MaxDP=7.84D-08              OVMax= 8.00D-08

SCF Done:  E(UPBE1PBE) =  -4054.67208460     A.U. after    1 cycles
            NFock=  1  Conv=0.16D-09     -V/T= 2.0196
<Sx>= 0.0000 <Sy>= 0.0000 <Sz>= 1.5000 <S**2>= 3.7564 S= 1.5016
<L.S>= 0.000000000000E+00
KE= 3.976892046541D+03 PE=-4.006096879793D+04 EE= 1.668897404480D+04
Annihilation of the first spin contaminant:
S**2 before annihilation     3.7564,   after     3.7500
Leave Link  502 at Fri Dec 12 18:55:25 2025, MaxMem= 21474836480 cpu:            2091.3 elap:              65.8
(Enter /work/share/ac2ovm3tlz/software/g16/l508.exe)
QCSCF skips out because SCF is already converged.
Leave Link  508 at Fri Dec 12 18:55:26 2025, MaxMem= 21474836480 cpu:               4.5 elap:               0.2
(Enter /work/share/ac2ovm3tlz/software/g16/l801.exe)
DoSCS=F DFT=T ScalE2(SS,OS)=  1.000000  1.000000
Range of M.O.s used for correlation:     1  1256
NBasis=  1256 NAE=   292 NBE=   289 NFC=     0 NFV=     0
NROrb=   1256 NOA=   292 NOB=   289 NVA=   964 NVB=   967

**** Warning!!: The largest alpha MO coefficient is  0.10081973D+02


**** Warning!!: The smallest alpha delta epsilon is  0.97572675D-01


**** Warning!!: The smallest beta delta epsilon is  0.96990593D-01

Leave Link  801 at Fri Dec 12 18:55:27 2025, MaxMem= 21474836480 cpu:               7.8 elap:               0.3
(Enter /work/share/ac2ovm3tlz/software/g16/l1101.exe)
Using compressed storage, NAtomX=   140.
Will process    141 centers per pass.
PrsmSu:  requested number of processors reduced to:  56 ShMem   1 Linda.



6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
124667

管理员

公社社长

4923#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-12-13 12:26:09 | 只看该作者 Only view this author
Cochiral 发表于 2025-12-13 09:25
sob老师好。我最近用Gaussian做固定优化(%mem=160GB %nprocshared=64 ...

Gaussian的安装方法及运行时的相关问题
http://sobereva.com/439http://bbs.keinsci.com/thread-10814-1-1.html
上文里搜 停了
80%的概率是内存给得不够
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

88

帖子

0

威望

416

eV
积分
504

Level 4 (黑子)

4924#
发表于 Post on 2025-12-13 23:07:55 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 2429783189 于 2025-12-13 23:16 编辑

请问老师,http://sobereva.com/327此博文介绍的计算溶解自由能方法为:在溶剂模型下计算的单点能减去气相下计算的单点能。假如说溶剂效应对于结构的影响比较大,这个时候必须带溶剂,那么计算气相下的单点和溶剂相下的单点时所用的结构必须用同一个带着IEFPCM优化过的结构吗?

202512132313173441..png (128.41 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

202512132313173441..png

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
124667

管理员

公社社长

4925#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-12-14 03:16:12 | 只看该作者 Only view this author
2429783189 发表于 2025-12-13 23:07
请问老师,http://sobereva.com/327此博文介绍的计算溶解自由能方法为:在溶剂模型下计算的单点能减去气相 ...

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

2

帖子

0

威望

15

eV
积分
17

Level 1 能力者

4926#
发表于 Post on 2025-12-14 12:47:23 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-12-13 12:26
Gaussian的安装方法及运行时的相关问题
http://sobereva.com/439(http://bbs.keinsci.com/thread-10814 ...

感谢sob老师,确实可以正常进行了。

19

帖子

0

威望

207

eV
积分
226

Level 3 能力者

4927#
发表于 Post on 2025-12-15 16:39:00 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 李唯一 于 2025-12-15 16:48 编辑

请教各位老师,我接触计算化学不久,一直用的都是Gaussian做DFT计算,学习过程中,计算某物质的时候从来没用过stable这种关键词,什么情况下才需要检测波函数稳定性,是做计算必要的步骤吗

192

帖子

1

威望

2507

eV
积分
2719

Level 5 (御坂)

黄昏粼粼

4928#
发表于 Post on 2025-12-15 16:54:35 | 只看该作者 Only view this author
李唯一 发表于 2025-12-15 16:39
请教各位老师,我接触计算化学不久,一直用的都是Gaussian做DFT计算,学习过程中,计算某物质的时候从来没 ...

当你的体系不是传统有机体系时,特别是含有过渡金属或者成键方式不常见的体系,最好要做波函数稳定性测试
桃李春风一杯酒,江湖夜雨十年灯

88

帖子

0

威望

416

eV
积分
504

Level 4 (黑子)

4929#
发表于 Post on 2025-12-15 21:40:02 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 2429783189 于 2025-12-15 21:46 编辑

好的,感谢老师!

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
124667

管理员

公社社长

4930#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-12-15 23:52:12 | 只看该作者 Only view this author
李唯一 发表于 2025-12-15 16:39
请教各位老师,我接触计算化学不久,一直用的都是Gaussian做DFT计算,学习过程中,计算某物质的时候从来没 ...

在4928L的基础上再补充一句,使用scf=XQC、QC解决SCF不收敛时,也建议做波函数稳定性测试,因为QC算法收敛到不稳定波函数的概率更高
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6

帖子

0

威望

73

eV
积分
79

Level 2 能力者

4931#
发表于 Post on 2025-12-16 18:29:06 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 CM234 于 2025-12-17 11:53 编辑

新手提问:各位老师好,我想研究氯化铁、乳酸、氯化胆碱三种分子间的弱相互作用,使用了gaussian进行几何优化,B3LYP-D3(BJ)/def2svp,对Fe使用SDD赝势,跑了两天后,能量和受力一直在下降,但是位移好像震荡了,想让各位老师判断一下是否要杀(我从gview中看结构没有重复)

202512161826418845..png (132.07 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

202512161826418845..png

202512161827331030..png (129.74 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

202512161827331030..png

202512161827482898..png (122.48 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

202512161827482898..png

202512161828082423..png (109.01 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

202512161828082423..png

202512161828268797..png (141.56 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

202512161828268797..png

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
124667

管理员

公社社长

4932#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-12-17 02:46:01 | 只看该作者 Only view this author
CM234 发表于 2025-12-16 18:29
新手提问:各位老师好,我想研究氯化铁、乳酸、氯化胆碱三种分子间的弱相互作用,使用了gaussian进行几何优 ...

有点玄。可以再跑几十步观望。没具体输出文件我没法确切判断。可能用的关键词也不很合理
另外,强烈建议优化改用PBE0-D3(BJ)或B3LYP-D3(BJ)。M06-2X优化又慢又容易出虚频又容易震荡,而且还很不适合过渡金属配合物
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6

帖子

0

威望

73

eV
积分
79

Level 2 能力者

4933#
发表于 Post on 2025-12-17 12:07:11 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 CM234 于 2025-12-17 12:13 编辑
sobereva 发表于 2025-12-17 02:46
有点玄。可以再跑几十步观望。没具体输出文件我没法确切判断。可能用的关键词也不很合理
另外,强烈建议 ...

感谢sob老师回复,更正一点我原帖的错误,用的泛函是B3LYP-D3(BJ),M062x是另外一台电脑跑的,确实慢好几倍,已经做了修正。多跑了一天后没有震荡趋势了,但是收敛的还是很慢,输出文件我贴在附件了,输入关键词如下,请各位老师帮忙看以下有没有问题,(已经用molclus结合genmer做了构型搜索
%nprocshared=30
%mem=60GB
#p opt(gdiis,maxstep=4,notrust) b3lyp/genecp empiricaldispersion=gd3 geom=printinputorient


C H O Cl N 0
def2svp
****
Fe 0
SDD
****

Fe 0
SDD

ChClLAFeCl04.zip

1.79 MB, 下载次数 Times of downloads: 2

3

帖子

0

威望

17

eV
积分
20

Level 1 能力者

4934#
发表于 Post on 2025-12-17 21:48:10 | 只看该作者 Only view this author

CRCA中赝势基组的问题

卢老师在这篇帖子(详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入 - 思想家公社的门口:量子化学·分子模拟·二次元)最后这么说的,请问在ORCA中也是一样的吗?

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
124667

管理员

公社社长

4935#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-12-18 04:40:13 | 只看该作者 Only view this author
CM234 发表于 2025-12-17 12:07
感谢sob老师回复,更正一点我原帖的错误,用的泛函是B3LYP-D3(BJ),M062x是另外一台电脑跑的,确实慢好几 ...

去掉maxstep=4,否则每一步最多只能走一丁点长度,收敛当然巨慢
maxstep=4只适合用于解决震荡不收敛,绝对别什么情况都上来就用
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-1-23 15:14 , Processed in 0.882319 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list