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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

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发表于 Post on 2025-11-18 08:42:16 | 只看该作者 Only view this author
各位老师好!请问老师,计算一个不带电荷的笼子和氯离子的结合能力时,我用# opt freq b3lyp/6-31+G* em=gd3bj 和# b3lyp/def2tzvp em=gd3bj计算复合物。
对中性笼子单独做结构优化时是否要加弥散?用复合物的能量减去单独的笼子和氯离子的能量之和,作为结合能力强弱的判据是否可行呢?谢谢!

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发表于 Post on 2025-11-18 10:29:19 | 只看该作者 Only view this author
各位老师,我计算的是一个有机分子嵌入锂离子的化学过程,图1是分子模型,嵌入锂离子的位点是四个C=O双键,图2是嵌入机理,有机分子会去质子化来使整个体系保持电中性,目前对自旋多重度的设置有一些问题,自旋多重度=2S+1,S=n*1/2,如果嵌入一个锂离子,就会存在一个未成对电子,自旋多重度就是2*1/2+1=2,如果嵌入两个锂离子就会在两个不同的C=O都存在一个未成对电子,按照这么计算自旋多重度为3,嵌入三个锂离子,就会存在三个未成对电子,自旋多重度应该是4,以此类推,嵌入四个锂离子,自旋多重度应该是5,我这么理解对吗?

(0VB(_DOT8D2AO}T_M)F6XO.png (36.3 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

(0VB(_DOT8D2AO}T_M)F6XO.png

}ZRJP{)7L[G(RFIJVSLTT08.png (42.08 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

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发表于 Post on 2025-11-18 11:11:52 | 只看该作者 Only view this author
zyue0412 发表于 2025-11-15 21:40
新人在学习使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索 - 量子化学 (Quantum Chemistry) - 计算化学公社 ...

一般来说,用户数小于100万的软件的使用方法,AI的回答都不可信。ORCA的用户数在10万量级,即使是高斯、VASP,也没到100万
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-11-18 21:57:33 | 只看该作者 Only view this author
MD-Chen 发表于 2025-11-18 08:42
各位老师好!请问老师,计算一个不带电荷的笼子和氯离子的结合能力时,我用# opt freq b3lyp/6-31+G* em=gd ...

中性笼子一般不用加弥散
要用自由能相减,最有说服力。并且计算电子能量的时候氯离子应该带弥散函数,并且如果希望结果尽可能好,建议再考虑counterpoise校正
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-11-19 00:14:05 | 只看该作者 Only view this author
bean233 发表于 2025-11-18 10:29
各位老师,我计算的是一个有机分子嵌入锂离子的化学过程,图1是分子模型,嵌入锂离子的位点是四个C=O双键, ...

没看出哪会去质子化

按照第二个图的机理示意,从计算角度来说,就当成是中性有机分子结合了一个锂原子,只不过结合后电子会自发从Li上往有机分子上转移,成为阴阳离子,形成盐的电子结构。无论结合几个锂原子,净电荷都为0,至于自旋多重度,结合奇数个锂原子时二重态,结合偶数个锂原子时单重态
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发表于 Post on 2025-11-19 13:59:44 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-11-19 00:14
没看出哪会去质子化

按照第二个图的机理示意,从计算角度来说,就当成是中性有机分子结合了一个锂原子 ...

明白了,谢谢老师指导

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发表于 Post on 2025-11-19 21:07:56 | 只看该作者 Only view this author
算somo轨道只能用RODFT不能用UDFT吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-11-19 22:14:26 | 只看该作者 Only view this author
李唯一 发表于 2025-11-19 21:07
算somo轨道只能用RODFT不能用UDFT吗?

通常SOMO需要靠ROKS计算
UKS计算后也可以用Multiwfn做双正交化还原出类似SOMO的轨道,看下文,但能量和ROKS计算的不同
用于非限制性开壳层波函数的双正交化方法的原理与应用
http://sobereva.com/448http://bbs.keinsci.com/thread-11377-1-1.html
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发表于 Post on 2025-11-20 18:55:10 | 只看该作者 Only view this author

几何优化一直502报错

各位老师好,我正在做水凝胶和Zn离子的结合能计算,但是一直502报错,各种办法都尝试了,但是依然报错,我原来是用6-311g算的,现在换成了6-31g但是依然502报错,也换过结构(从MD模拟中得到的)但是依然报错,所以请求各位老师给予指点。




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4900#
发表于 Post on 2025-11-20 18:56:18 | 只看该作者 Only view this author
这是out和gif文件

ZN shuiningjiaoopt.zip

17.54 KB, 下载次数 Times of downloads: 12

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发表于 Post on 2025-11-20 22:12:37 | 只看该作者 Only view this author
一律发配[Gaussian/gview] Gaussian 常见报错及解决方法;新手求助报错时的注意事项
另请阅读解决SCF不收敛问题的方法

感觉初始建模有些问题,有一个C-C单键1.6A了,Zn放的位置也很奇怪,关键词里色散校正也没加。MD得到的结构是否应该可以考虑先用力场方法初步优化。

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发表于 Post on 2025-11-21 03:21:23 | 只看该作者 Only view this author

Gaussian提交任务后报错,找不到原因,请各位老师帮忙分析

各位老师,我提交以下的计算任务,为何一提交就会报错呢?
out.文件显示 A syntax error was detected in the input line.
但我不清楚具体的语法错误在哪里?
请各位老师不吝赐教,万分感谢!



以下为输入文件:

%LindaWorkers=$workers
%NProcShared=50
%Mem=500GB
%chk=CBP-1004416-6.chk
# opt freq=raman b3lyp/def2-tzvp EmpiricalDispersion=GD3BJ

CBP-1004416-6

0 1
N                  4.97512100    0.00000000    0.00000000
C                  5.79326600   -1.08145500    0.33680000
C                  5.44078500   -2.37733300    0.70660600
H                  4.40446300   -2.67994300    0.77947300
C                  6.46514700   -3.27584100    0.97097500
H                  6.21569600   -4.28958100    1.26115400
C                  7.81046300   -2.90098300    0.86713700
H                  8.58516700   -3.62669200    1.08235600
C                  8.15635100   -1.61358600    0.48628100
H                  9.19844700   -1.32929700    0.39700600
C                  7.14653900   -0.69020100    0.21425000
C                  7.14653900    0.69020100   -0.21425000
C                  8.15635000    1.61358600   -0.48628200
H                  9.19844600    1.32929800   -0.39700600
C                  7.81046300    2.90098300   -0.86713800
H                  8.58516700    3.62669200   -1.08235600
C                  6.46514600    3.27584200   -0.97097600
H                  6.21569600    4.28958200   -1.26115400
C                  5.44078400    2.37733300   -0.70660600
H                  4.40446300    2.67994300   -0.77947300
C                  5.79326500    1.08145500   -0.33680000
C                  3.55757800    0.00000000    0.00000000
C                  2.85082700    0.32926600   -1.15651600




以下为.out文件的输出,显示有语法错误 A syntax error was detected in the input line.

******************************************
Gaussian 16:  ES64L-G16RevC.01  3-Jul-2019
                20-Nov-2025
******************************************
%LindaWorkers=bc11u27n1
%NProcShared=50
Will use up to   50 processors via shared memory.
%Mem=500GB
%chk=CBP-1004416-6.chk
SetLPE:  input flags="-nodefile tsnet.nodes.$SLURM_JOBID -opt "Tsnet.Node.lindarsharg: ssh" "
SetLPE:    new flags="-nodefile tsnet.nodes.$SLURM_JOBID -opt "Tsnet.Node.lindarsharg: ssh" -opt 'Tsnet.Node.lindarsharg: ssh'  -nodelist 'bc11u27n1.nots.rice.edu' -env GAUSS_MDEF=67108864000 -env GAUSS_EXEDIR="/opt/apps/software/Gaussian/16.C.01-AVX2/g16/bsd:/opt/apps/software/Gaussian/16.C.01-AVX2/g16""
Will use up to    1 processors via Linda.
----------------------------------------------------------
# opt freq=raman b3lyp/def2-tzvp EmpiricalDispersion=GD3BJ
----------------------------------------------------------
QPErr --- A syntax error was detected in the input line.
# opt freq=raman b3lyp/def2-tzvp Empiric
                        '
Last state= "GCL"
TCursr=      3880 LCursr=        23
Error termination via Lnk1e in /opt/apps/software/Gaussian/16.C.01-AVX2/g16/l1.exe at Thu Nov 20 13:13:16 2025.
Job cpu time:       0 days  0 hours  0 minutes  5.0 seconds.
Elapsed time:       0 days  0 hours  0 minutes  0.1 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=     17 Int=      0 D2E=      0 Chk=      2 Scr=      2





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发表于 Post on 2025-11-21 03:40:27 | 只看该作者 Only view this author
基组写错了
Def2-TZVP基组在Gaussian里应该写成"def2tzvp",在Orca里面才写成"def2-tzvp"

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发表于 Post on 2025-11-21 04:10:44 | 只看该作者 Only view this author
邱诺狼 发表于 2025-11-21 03:40
基组写错了
Def2-TZVP基组在Gaussian里应该写成"def2tzvp",在Orca里面才写成"def2-tzvp"

原来是这样,修改完果然可以正常运行啦!!!多谢老师!!!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-11-21 05:29:38 | 只看该作者 Only view this author
moiraaa 发表于 2025-11-20 18:55
各位老师好,我正在做水凝胶和Zn离子的结合能计算,但是一直502报错,各种办法都尝试了,但是依然报错,我 ...

有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充,应直接编辑原帖,不要通过回帖进行补充,导致信息零零碎碎,这点在置顶的新社员必读贴里明确说了。

提问时候必须准确交代基组,提问的人把6-31(d)说成6-31G是非常令内行人恼火的事,认真看
计算化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298http://bbs.keinsci.com/thread-1358-1-1.html

怎么解决下文该说的都说了
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