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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

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发表于 Post on 2026-5-19 14:18:18 | 只看该作者 Only view this author

好的,谢谢谢谢

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发表于 Post on 2026-5-20 15:07:12 | 只看该作者 Only view this author

gaussian中溶剂化关键词

投稿时审稿人说我的gaussian用到的关键词不太行是气体的,但是我做的是溶液的,之前用到的关键词是#p opt freq=raman b3lyp/6-31g(d,p) geom=connectivity求助怎么改成溶剂化关键词

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发表于 Post on 2026-5-20 15:23:52 | 只看该作者 Only view this author
在手册里搜“SCRF”

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发表于 Post on 2026-5-20 16:04:53 | 只看该作者 Only view this author
用的什么溶剂

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发表于 Post on 2026-5-20 17:21:20 | 只看该作者 Only view this author

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2026-5-21 04:00:59 | 只看该作者 Only view this author
路人甲2 发表于 2026-5-20 15:07
投稿时审稿人说我的gaussian用到的关键词不太行是气体的,但是我做的是溶液的,之前用到的关键词是#p opt f ...

仔细看
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327http://bbs.keinsci.com/thread-3345-1-1.html
谈谈学量子化学如何正确地入门
http://sobereva.com/355http://bbs.keinsci.com/thread-4447-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2026-5-25 21:24:28 | 只看该作者 Only view this author
各位老师好,最近在学习过渡态计算,有些概念不理解。我想对不同催化剂参与下,相同的底物AB合成C的反应过程进行过渡态的搜索。催化剂先和底物A反应,而后生成的中间态和底物B反应,反应过程涉及催化剂的撤出和底物B的加入,每一个基元反应不是底物AB以及催化剂都参与的,那么1.我所搜索的过渡态是不是根据基元反应参与的反应物来搜索,而不是三个物质都参与搜索。2.那么比较决定反应速率的活化能也是以每一步不同的基元反应为标准来计算的吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2026-5-26 02:22:18 | 只看该作者 Only view this author
downpuor 发表于 2026-5-25 21:24
各位老师好,最近在学习过渡态计算,有些概念不理解。我想对不同催化剂参与下,相同的底物AB合成C的反应过 ...

1 算每个基元反应时,实际这一步有什么分子参与反应,计算体系里就出现什么分子,其它的忽略
2 不是比较每一个基元反应的势垒确定决速步或整个过程的活化能,而是得把整个催化反应每一步连起来构成完整的能量变化图,然后参考下文判断决速步和活化能
谈谈如何通过势垒判断反应是否容易发生
http://sobereva.com/506http://bbs.keinsci.com/thread-14313-1-1.html
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发表于 Post on 2026-5-28 01:03:17 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2026-5-26 02:22
1 算每个基元反应时,实际这一步有什么分子参与反应,计算体系里就出现什么分子,其它的忽略
2 不是比较 ...

老师,通常绘制的自由能台阶图就是将中间体和过渡态的自由能为纵坐标进行绘制后,再划分阶段吗?
不同基元反应对应的参与分子不同,过渡态之间的中间体不一致该怎么绘制自由能台阶图呢?是同时将所有的中间体都表示吗?
我的反应具体是,第一步底物A先和催化剂反应 底物A只是接受了催化剂提供的质子 而后第二步底物B补偿质子给催化剂 在和底物A反应,第三步就是最后底物A和B的复合物进行脱水,这个反应涉及的就是三个过渡态,TS1是底物A和催化剂 TS2是底物AB和催化剂 TS3是底物A和底物B,这样理解对吗?
那么这个反应连起来其中TS1对应的产物方向的中间体和TS2对应的生成物中间体,参与的分子不一样,自由能台阶图绘制的时候是把这两个中间体同时绘制吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2026-5-28 01:21:54 | 只看该作者 Only view this author
downpuor 发表于 2026-5-28 01:03
老师,通常绘制的自由能台阶图就是将中间体和过渡态的自由能为纵坐标进行绘制后,再划分阶段吗?
不同基 ...

free energy profile图里每一步的能量差(相邻横杠的纵坐标距离)体现这一步基元反应的能量变化,不管当前整个计算体系是什么分子构成
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发表于 Post on 2026-5-28 11:21:02 | 只看该作者 Only view this author
①请教有哪些类似chem3d,高斯view画三维结构的软件呢,要免费的,担心审稿人说我没版权
②同样是版权问题,从高斯转战到orca了, B3LYP/G D3 def2-TZVP def2/J RIJCOSX计算RESP,“B3LYP/G D3 def2-TZVP def2/J RIJCOSX”在SCI写论文怎么写比较规范呢

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2026-5-28 23:26:24 | 只看该作者 Only view this author
azero 发表于 2026-5-28 11:21
①请教有哪些类似chem3d,高斯view画三维结构的软件呢,要免费的,担心审稿人说我没版权
②同样是版权问题 ...

1 审稿人不知道你用什么建模的
2 用Multiwfn计算RESP电荷时,就说是B3LYP-D3(BJ)/def2-TZVP级别算的。算波函数时开了RIJCOSX加速计算,用了def2/J辅助基组
PS:Gaussian的定价很良心,是所有量子化学程序里几乎最便宜的,最便宜的版本都是个人完全可以接受的价格,对于长期做量子化学计算的人来说很有购买的必要

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发表于 Post on 4 day ago | 只看该作者 Only view this author
各位老师,对于研究聚合物处理模型边界的两种方法,一种是将边缘用H饱和,一种是将两端的原子直接相连,这两种方法是用来表示非周期性结构和周期性结构的常规方法吗?还有就是一般研究什么问题采用选取一定聚合度的非周期结构,什么时候采取周期性结构呢?

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发表于 Post on 4 day ago | 只看该作者 Only view this author
各位老师我通过vmd插件的Nanotube Builder方式生成了氧化石墨烯的结构作为单层石墨烯,我想得到该结构表面的电荷分布用于之后的动力学模拟,让Sobtop调用OpenBabel指认MMFF94原子电荷得到的总电荷却不为0而是为-20,是因为没有给边缘的碳加氢导致的吗?我是应该用类似构建寡聚物的结构去拟合电荷吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 4 day ago | 只看该作者 Only view this author
downpuor 发表于 2026-6-6 04:34
各位老师我通过vmd插件的Nanotube Builder方式生成了氧化石墨烯的结构作为单层石墨烯,我想得到该结构表面 ...

拿具体文件说事,给出具体命令
如果是周期性的氧化石墨烯而非孤立的片段,应当没法用openbabel
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