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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

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发表于 Post on 2026-6-28 01:56:07 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2026-6-28 01:50
http://bbs.keinsci.com/thread-59759-1-1.html里你已经问过了
同一个问题或者高度类似的问题别在两个地 ...

好的老师,第一个帖子我这边浏览不到以为被您删掉了所以重新发了一次

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发表于 Post on 2026-6-28 14:39:42 | 只看该作者 Only view this author
TYXB521 发表于 2026-6-28 01:47
老师输出文件在这里

这个任务正常结束了,输出文件看起来挺正常的,哪里怪了?

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发表于 Post on 2026-6-28 16:41:52 | 只看该作者 Only view this author
各位老师好,我要分别对TEP(C6H15O4P),BTFE(C4H4F6O),LiFSI(LiN(SO2F)2)进行opt+freq,选择了DFT,B3LYP,基组要选择什么?
之前尝试了6-31G,6-311G,6-31G(d,p),6-31G(d),都无法达到让这三个分子都收敛

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2026-6-28 21:20:03 | 只看该作者 Only view this author
Nsy1 发表于 2026-6-28 16:41
各位老师好,我要分别对TEP(C6H15O4P),BTFE(C4H4F6O),LiFSI(LiN(SO2F)2)进行opt+freq,选择了DFT,B ...

SCF不收敛该怎么解决怎么解决,别随便盲目换基组
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61

6-31G,6-311G这样连极化函数都没有的基组没有任何试的意义
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发表于 Post on 2026-6-29 10:50:12 | 只看该作者 Only view this author
各位老师好,请问两个不同的中间体(IM)有没有可能通过同一个过渡态(TS)走向同一个中间体?目前一个反应的IM1找到了TS1走到IM2(通过IRC验证),但还发现了一个和IM1结构十分相似且能量接近的IM1',却始终没有找到连接IM1'的TS(尝试了各种手段,QST2,NEB,calcall,小步长,int=superfine),目前怀疑IM1和IM1'会不会经过同一个TS到达中间体IM2。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2026-6-29 16:52:57 | 只看该作者 Only view this author
NHX 发表于 2026-6-29 10:50
各位老师好,请问两个不同的中间体(IM)有没有可能通过同一个过渡态(TS)走向同一个中间体?目前一个反应 ...

如果你之前找IM1和IM1'之间的过渡态没找到,可以试试用NEB方法(ORCA、CP2K都支持),看看它们之间的势能曲线和结构变化特征,从而更充分了解当前的势能面特征。说不定二者之间不是一步能变化过去的
仅当TS后面出现势能面二分的情况,才会同时联通IM1和IM1'
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发表于 Post on 2026-6-30 10:41:59 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2026-6-29 16:52
如果你之前找IM1和IM1'之间的过渡态没找到,可以试试用NEB方法(ORCA、CP2K都支持),看看它们之间的势能 ...

感谢sob老师

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发表于 Post on 2026-7-1 23:16:52 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2026-6-29 16:52
如果你之前找IM1和IM1'之间的过渡态没找到,可以试试用NEB方法(ORCA、CP2K都支持),看看它们之间的势能 ...

sob老师您好,请教一下如果出现势能面二分,这种相交的曲线有没有可能出现

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2026-7-2 02:09:54 | 只看该作者 Only view this author
NHX 发表于 2026-7-1 23:16
sob老师您好,请教一下如果出现势能面二分,这种相交的曲线有没有可能出现

能量相交有可能。但二分处不是正好在过渡态位置,而是在其附近
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发表于 Post on 2026-7-2 10:59:30 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2026-7-2 02:09
能量相交有可能。但二分处不是正好在过渡态位置,而是在其附近

感谢sob老师回复

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发表于 Post on 2026-7-2 17:57:28 | 只看该作者 Only view this author
请问老师,我想用xtb跑动力学模拟物种在水中的脱质子过程,MD中需要引入大量显式水分子。虽然实验的PH为中性,为了加快现象的发生,适当引入1个OH-氢氧根是合理的吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2026-7-3 00:37:49 | 只看该作者 Only view this author
2429783189 发表于 2026-7-2 17:57
请问老师,我想用xtb跑动力学模拟物种在水中的脱质子过程,MD中需要引入大量显式水分子。虽然实验的PH为中 ...

人为因素太大,这和脱质子形成水合质子有很大的不同,不建议这样
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发表于 Post on 2026-7-3 13:52:01 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2026-7-3 00:37
人为因素太大,这和脱质子形成水合质子有很大的不同,不建议这样

OK,感谢老师的解答。

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发表于 Post on 2026-7-4 22:44:21 | 只看该作者 Only view this author
老师,您好,我想问一下审稿人提出了这个问题“I note that there are no quasi-harmonic treatment of low frequencies, and all free energies apparently determined at 298 K although the reaction runs at 343 K. The authors should apply standard-state and quasi-RRHO corrections, evaluate at 343 K, decompose ΔH/-TΔS for the association steps, and comment on BSSE at the optimization level.”,如果用shermo软件,可以找到上述问题中所有需要的数据吗?由于之前没有回答过类似的问题,不太懂

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2026-7-5 04:18:12 | 只看该作者 Only view this author
化小白 发表于 2026-7-4 22:44
老师,您好,我想问一下审稿人提出了这个问题“I note that there are no quasi-harmonic treatment of low ...

Shermo里设置成343 K,用Shermo默认的quasi-RRHO模型,并且讨论反应过程中焓变和-TΔS项的影响,就完了
如果基组不是很小,BSSE对几何优化不会有多大影响,没有你的体系具体信息没法针对性地回答。想证明原先用的BSSE对几何优化结果影响不大,对其中一个体系改用更大的基组对比就完了
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