计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
楼主 Author: sobereva
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

  [复制链接 Copy URL]

29

帖子

0

威望

245

eV
积分
274

Level 3 能力者

5116#
发表于 Post on 2026-6-17 17:56:50 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,我因为只需要做多肽/膜/蛋白体系模拟之前报了gromacs初级培训课程,觉得非常有用。我接下来准备研究酶活性中心:包括激酶,内切酶等。软件为ORCA,想咨询一下,量子化学计算入门课程会有相关的内容吗?或者说该课程能领我走入酶活性中心计算的门吗?

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
128556

管理员

公社社长

5117#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2026-6-17 23:07:29 | 只看该作者 Only view this author
樊樊樊 发表于 2026-6-17 17:56
sob老师,我因为只需要做多肽/膜/蛋白体系模拟之前报了gromacs初级培训课程,觉得非常有用。我接下来准备研 ...

北京科音初级量子化学培训班(http://www.keinsci.com/KEQC)会讲用怎么用Gaussian算常见、基础的量子化学问题,学完了能用Gaussian凑合算起来这个(但还需要结合一些自己的额外摸索)。而把北京科音中级量子化学培训班(http://www.keinsci.com/KBQC)也学完了,就能顺利用Gaussian计算这个。注意中级班也是用目前流行度最高、用户最多的量子化学程序Gaussian。如果必须用ORCA不可,需要同时结合北京科音高级量子化学培训班(http://www.keinsci.com/KAQC),里面十分全面系统讲解用ORCA做各种计算,此培训里一半以上的计算都是ORCA做的。按照初级-中级-高级循序渐进学习效果明显最佳,按套装同时购买三门课程还有显著优惠,详见以上网址。


我极其不建议没有基础知识的初学者一开始就先把用什么程序限定死。北京科音的所有培训班里讲的程序都是充分从研究者实际角度出发、选择最适合他们的程序来讲。Gaussian做几何优化和振动分析方面稳得一批,也是我做这类任务的通常首选,尚无其它程序能充分代替,并且遇到问题最容易得到同行解答。

游客,本帖隐藏的内容需要积分高于 25 才可浏览,您当前积分为 0
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

66

帖子

0

威望

215

eV
积分
281

Level 3 能力者

5118#
发表于 Post on 2026-6-18 10:26:48 | 只看该作者 Only view this author

这个报错该如何解决


这是我的输出文件报错原因,想请教一下应该内存是够的,该如何解决这个报错呢?

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
128556

管理员

公社社长

5119#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2026-6-18 11:15:16 | 只看该作者 Only view this author
哈哈哈哈哈aaa 发表于 2026-6-18 10:26
这是我的输出文件报错原因,想请教一下应该内存是够的,该如何解决这个报错呢?

显然%mem给得太小,1000MB才相当于1000/8=125MW,明显小于提示里的要求

一定要认真把此文看了
Gaussian的安装方法及运行时的相关问题
http://sobereva.com/439http://bbs.keinsci.com/thread-10814-1-1.html

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

66

帖子

0

威望

215

eV
积分
281

Level 3 能力者

5120#
发表于 Post on 2026-6-19 11:38:24 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2026-6-18 11:15
显然%mem给得太小,1000MB才相当于1000/8=125MW,明显小于提示里的要求

一定要认真把此文看了

好滴好滴 感谢社长!!

29

帖子

0

威望

245

eV
积分
274

Level 3 能力者

5121#
发表于 Post on 2026-6-19 12:33:02 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2026-6-17 23:07
北京科音初级量子化学培训班(http://www.keinsci.com/KEQC)会讲用怎么用Gaussian算常见、基础的量子化 ...

太感谢老师您的回复啦。但是1W+的高斯我实在是无法承受,所以我才选择ORCA,不然我肯定选择高斯。我最近也询问了一下AI这两个软件的区别(实在是才入门请见谅),也大概明白区别在哪儿,但是对于我想计算的目标——酶活性位点与底物的反应两者的功能都能够覆盖。所以综上考虑,其实最重要还是成本,我还是可能选择ORCA,并非不听劝,老师,真的是因为成本。但是我仍然想了解量子化学的基础,虽然这两者不是一个软件,但是原理那些应该是相通的吧?所以说老师初级班能对我有帮助吗?我可以先上初级班,然后再找一些文献尝试复现,就如同我学习MD那样。

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
128556

管理员

公社社长

5122#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2026-6-19 16:37:26 | 只看该作者 Only view this author
樊樊樊 发表于 2026-6-19 12:33
太感谢老师您的回复啦。但是1W+的高斯我实在是无法承受,所以我才选择ORCA,不然我肯定选择高斯。我 ...

帮助极大
不同量子化学程序的基本理论知识、大量算法都是互通的,会了一个就容易上手另一个
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

29

帖子

0

威望

245

eV
积分
274

Level 3 能力者

5123#
发表于 Post on 2026-6-20 11:27:42 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2026-6-19 16:37
帮助极大
不同量子化学程序的基本理论知识、大量算法都是互通的,会了一个就容易上手另一个

好的多谢老师指导

79

帖子

0

威望

327

eV
积分
406

Level 3 能力者

5124#
发表于 Post on 2026-6-22 20:52:11 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 downpuor 于 2026-6-22 21:17 编辑
sobereva 发表于 2026-5-28 01:21
free energy profile图里每一步的能量差(相邻横杠的纵坐标距离)体现这一步基元反应的能量变化,不管当 ...

老师我看文献绘制free energy profile的时候往往将放在一起的正式反应物自由能作为基准归零,并且后续结构与其的自由能差值作为纵坐标,这通常对于基元反应过程中反应物始终在初始结构基础上变化的类型,如果我的基元反应在后续加入了新的反应物如图B中的IM2到IM3(或者生成的产物后续作为生成物减少),那么我是不是应该像图中这样把IM3重新作为基准归零?另外我发现有台阶图绘制是把孤立的反应物A和反应物B作为基准,后续把正式反应物,过渡态等根据该基准进行差值计算,这两种基准是不是取决于我反应物是单分子还是双分子?如果是涉及酸质子化A,质子化A和B作用这样的协同反应是不是就是把质子化A和B作为两个孤立的反应物?

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
128556

管理员

公社社长

5125#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2026-6-22 21:38:17 | 只看该作者 Only view this author
downpuor 发表于 2026-6-22 20:52
老师我看文献绘制free energy profile的时候往往将放在一起的正式反应物自由能作为基准归零,并且后续结 ...

1 是
2 对于双分子反应,如果希望路径描述完整,把各个反应物单独算的能量加和作为能量零点和起始状态最好。如果只关注反应过程而不关注复合过程,拿反应复合物当能量零点和起点也可以
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

21

帖子

0

威望

47

eV
积分
68

Level 2 能力者

5126#
发表于 Post on 2026-6-27 13:07:14 | 只看该作者 Only view this author

Gaussian模拟中混合基组的使用

%chk=C:\Users\1\Desktop\PHBAK.chk
%NProcShared=8
%mem=12GB
#p opt=(cartesian,calcfc) freq b3lyp/gen  pseudo=read scrf=(smd,solvent=generic,read)  em=gd3bj

Title Card Required

0 1
C                  0.27153041   -1.62863440    0.00263100
C                  1.66669041   -1.62863440    0.00263100
C                  2.36422841   -0.42088340    0.00263100
C                  1.66657441    0.78762560    0.00143200
C                  0.27174941    0.78754760    0.00095300
C                 -0.42585159   -0.42065840    0.00194900
H                 -0.27822859   -2.58095140    0.00308100
H                  3.46390841   -0.42080340    0.00326500
H                  2.21677441    1.73976860    0.00137300
H                 -1.52545559   -0.42047540    0.00176900
O                 -0.44356461    2.02578195   -0.00028617
C                  2.43624276   -2.96257061    0.00447258
O                  2.75382289   -3.50923077    1.09253328
K                 -0.88924327    2.80278472   -2.53676744
O                  2.79115873   -3.58214747   -1.23450247
K                  4.11451558   -5.87268236   -0.74636670

C H O 0
6-31G(d)
****
K 0
LANL2DZ
****

K 0
LANL2DZ

Eps=10.0
EpsInf=2.42
HbondAcidity=0.60
HbondBasicity=0.30
SurfaceTensionAtInterface=40.9
CarbonAromaticity=0.857
ElectronegativeHalogenicity=0.0
各位老师我现在要对一个钾盐物质进行模拟,溶液模型使用的是苯酚,然后这几天一直在试错,报错结果是link999,但是没找到错误的地方,能请各位老师帮忙看一下是输入文件哪里不规范吗


684

帖子

1

威望

5768

eV
积分
6472

Level 6 (一方通行)

5127#
发表于 Post on 2026-6-27 15:32:28 | 只看该作者 Only view this author
输出文件上传,太大的话就压缩后上传。你确定报错结果是link999不是9999?
现代化学以狄拉克的一句“一切化学问题业已解决”为嚆矢。滥觞于经验主义传统的期望正失去它们的借鉴意义。但面对看似不可达的通往天堂之阶梯,我想循伍德沃德“最好的模型是你底物的对映异构体”的信仰好过过早地振翮。
我们怀揣热忱的灵魂天然被赋予对第一性的追求,不屑于单一坐标的约束,钟情于势能面彼端的芬芳。但

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
128556

管理员

公社社长

5128#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2026-6-27 16:21:58 | 只看该作者 Only view this author
TYXB521 发表于 2026-6-27 13:07
%chk=C:%users\1\Desktop\PHBAK.chk
%NProcShared=8
%mem=12GB

这种事直接上传输出文件
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

21

帖子

0

威望

47

eV
积分
68

Level 2 能力者

5129#
发表于 Post on 2026-6-28 00:29:18 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2026-6-27 16:21
这种事直接上传输出文件

老师我现在没有报错,但是得到的输出文件结构很怪,还能再这个帖子下面发您吗

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
128556

管理员

公社社长

5130#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2026-6-28 01:29:34 | 只看该作者 Only view this author
TYXB521 发表于 2026-6-28 00:29
老师我现在没有报错,但是得到的输出文件结构很怪,还能再这个帖子下面发您吗

可以
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-7-26 09:32 , Processed in 0.234382 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list