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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

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发表于 Post on 4 day ago | 只看该作者 Only view this author
各位老师我通过vmd插件的Nanotube Builder方式生成了氧化石墨烯的结构作为单层石墨烯,我想得到该结构表面的电荷分布用于之后的动力学模拟,让Sobtop调用OpenBabel指认MMFF94原子电荷得到的总电荷却不为0而是为-20,是因为没有给边缘的碳加氢导致的吗?我是应该用类似构建寡聚物的结构去拟合电荷吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 4 day ago | 只看该作者 Only view this author
downpuor 发表于 2026-6-6 04:34
各位老师我通过vmd插件的Nanotube Builder方式生成了氧化石墨烯的结构作为单层石墨烯,我想得到该结构表面 ...

拿具体文件说事,给出具体命令
如果是周期性的氧化石墨烯而非孤立的片段,应当没法用openbabel
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 4 day ago | 只看该作者 Only view this author
downpuor 发表于 2026-6-6 03:03
各位老师,对于研究聚合物处理模型边界的两种方法,一种是将边缘用H饱和,一种是将两端的原子直接相连,这 ...

“两端的原子直接相连”和当做周期性处理事两码事,你要先说清楚前提,用什么程序计算/处理、什么形式的文件,等等。如果当做一个孤立分子来计算,两边相连,几何优化一开始就缩成环状了。如果是用sobtop(http://sobereva.com/soft/Sobtop)产生周期性聚合物的拓扑文件的时候用的是gview里显示两端相连的聚合物的mol2文件当做输入文件,必须事先自觉准确交代清楚。并且这种情况和量子化学计算无关,帖子必须发到分子模拟版块。

先说清楚你想用什么方式研究聚合物的什么问题
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发表于 Post on 前天 11:37 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2026-6-6 08:44
“两端的原子直接相连”和当做周期性处理事两码事,你要先说清楚前提,用什么程序计算/处理、什么形式的 ...

老师我想研究的是不同离子液体负载在氧化石墨烯表面时候与二氧化碳的作用情况,主要是想看不同含量的离子液体负载在氧化石墨烯时候,1.离子液体和氧化石墨烯的两者分别的表面电荷分布,以及氧化石墨烯和不同离子液体的相互作用情况。?2.CO2和氧化石墨烯的相互作用情况,和3.CO2穿过氧化石墨烯的扩散速率。其中关于问题1我用g16处理进行结构优化在使用Multiwfn计算CHELPG,并算单点能计算氧化石墨烯和离子液体之间的结合能,针对于这个过程我把初始的氧化石墨烯的边缘用H饱和当作孤立分子来算可以吗?

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发表于 Post on 前天 11:53 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2026-6-6 08:40
拿具体文件说事,给出具体命令
如果是周期性的氧化石墨烯而非孤立的片段,应当没法用openbabel

老师我使用的是vmd生成的mol2文件,边缘的H不饱和当作周期性结构,我是不是应该通过CP2K结构优化后再算REPEAT电荷?

GOvmd.mol2

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 楼主 Author| 发表于 Post on yesterday 05:38 | 只看该作者 Only view this author
downpuor 发表于 2026-6-8 11:53
老师我使用的是vmd生成的mol2文件,边缘的H不饱和当作周期性结构,我是不是应该通过CP2K结构优化后再算RE ...

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downpuor 发表于 2026-6-8 11:37
老师我想研究的是不同离子液体负载在氧化石墨烯表面时候与二氧化碳的作用情况,主要是想看不同含量的离子 ...

这种问题适合CP2K当周期性体系算
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发表于 Post on yesterday 16:17 | 只看该作者 Only view this author
想请教老师对这种茚基上Cp环配位的配合物,在GaussView里Ti和Cp环上的C用单键连接(图1这种),和用幽灵原子作结构优化还有单电能计算有没有差别?应该怎么建模是最好的呀

202606091611241834..png (237.54 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

202606091611241834..png

202606091612014733..png (18.47 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

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发表于 Post on yesterday 19:56 | 只看该作者 Only view this author
clause_yi 发表于 2026-6-9 16:17
想请教老师对这种茚基上Cp环配位的配合物,在GaussView里Ti和Cp环上的C用单键连接(图1这种),和用幽灵原 ...

分子结构相同情况下,是否用单键连接没有任何影响。参见http://sobereva.com/414
加dummy原子可能(但不必然)对结构优化有一定加速,不影响结构优化的结果,对于单点能计算既不影响速度也不影响结果。但注意要加dummy原子,不是ghost原子,ghost原子对结构优化、单点能计算的结果有轻微影响
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
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ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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clause_yi 发表于 2026-6-9 16:17
想请教老师对这种茚基上Cp环配位的配合物,在GaussView里Ti和Cp环上的C用单键连接(图1这种),和用幽灵原 ...

如果隐藏了氢,必须主动说明,免得造成误会。有的新人真就会干出不加氢的情况

鬼原子(ghost atom)跟当前问题没有半毛关系,完全不知道你怎么会联想到这个去。如果你是指gview里显示为X的原子,那叫虚原子(dummy atom),跟鬼原子完全是两码事。参考北京科音中级量子化学培训班(http://www.keinsci.com/KBQC)幻灯片:

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