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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2026-6-6 08:44:14 | 只看该作者 Only view this author
downpuor 发表于 2026-6-6 03:03
各位老师,对于研究聚合物处理模型边界的两种方法,一种是将边缘用H饱和,一种是将两端的原子直接相连,这 ...

“两端的原子直接相连”和当做周期性处理事两码事,你要先说清楚前提,用什么程序计算/处理、什么形式的文件,等等。如果当做一个孤立分子来计算,两边相连,几何优化一开始就缩成环状了。如果是用sobtop(http://sobereva.com/soft/Sobtop)产生周期性聚合物的拓扑文件的时候用的是gview里显示两端相连的聚合物的mol2文件当做输入文件,必须事先自觉准确交代清楚。并且这种情况和量子化学计算无关,帖子必须发到分子模拟版块。

先说清楚你想用什么方式研究聚合物的什么问题
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2026-6-8 11:37:57 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2026-6-6 08:44
“两端的原子直接相连”和当做周期性处理事两码事,你要先说清楚前提,用什么程序计算/处理、什么形式的 ...

老师我想研究的是不同离子液体负载在氧化石墨烯表面时候与二氧化碳的作用情况,主要是想看不同含量的离子液体负载在氧化石墨烯时候,1.离子液体和氧化石墨烯的两者分别的表面电荷分布,以及氧化石墨烯和不同离子液体的相互作用情况。?2.CO2和氧化石墨烯的相互作用情况,和3.CO2穿过氧化石墨烯的扩散速率。其中关于问题1我用g16处理进行结构优化在使用Multiwfn计算CHELPG,并算单点能计算氧化石墨烯和离子液体之间的结合能,针对于这个过程我把初始的氧化石墨烯的边缘用H饱和当作孤立分子来算可以吗?

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发表于 Post on 2026-6-8 11:53:52 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2026-6-6 08:40
拿具体文件说事,给出具体命令
如果是周期性的氧化石墨烯而非孤立的片段,应当没法用openbabel

老师我使用的是vmd生成的mol2文件,边缘的H不饱和当作周期性结构,我是不是应该通过CP2K结构优化后再算REPEAT电荷?

GOvmd.mol2

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2026-6-9 05:38:23 | 只看该作者 Only view this author
downpuor 发表于 2026-6-8 11:53
老师我使用的是vmd生成的mol2文件,边缘的H不饱和当作周期性结构,我是不是应该通过CP2K结构优化后再算RE ...

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2026-6-9 05:39:53 | 只看该作者 Only view this author
downpuor 发表于 2026-6-8 11:37
老师我想研究的是不同离子液体负载在氧化石墨烯表面时候与二氧化碳的作用情况,主要是想看不同含量的离子 ...

这种问题适合CP2K当周期性体系算
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发表于 Post on 2026-6-9 16:17:41 | 只看该作者 Only view this author
想请教老师对这种茚基上Cp环配位的配合物,在GaussView里Ti和Cp环上的C用单键连接(图1这种),和用幽灵原子作结构优化还有单电能计算有没有差别?应该怎么建模是最好的呀

202606091611241834..png (237.54 KB, 下载次数 Times of downloads: 12)

202606091611241834..png

202606091612014733..png (18.47 KB, 下载次数 Times of downloads: 13)

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发表于 Post on 2026-6-9 19:56:55 | 只看该作者 Only view this author
clause_yi 发表于 2026-6-9 16:17
想请教老师对这种茚基上Cp环配位的配合物,在GaussView里Ti和Cp环上的C用单键连接(图1这种),和用幽灵原 ...

分子结构相同情况下,是否用单键连接没有任何影响。参见http://sobereva.com/414
加dummy原子可能(但不必然)对结构优化有一定加速,不影响结构优化的结果,对于单点能计算既不影响速度也不影响结果。但注意要加dummy原子,不是ghost原子,ghost原子对结构优化、单点能计算的结果有轻微影响
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php,墙内下载ORCA:https://www.faccts.de/customer)开发团队成员
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2026-6-10 09:34:31 | 只看该作者 Only view this author
clause_yi 发表于 2026-6-9 16:17
想请教老师对这种茚基上Cp环配位的配合物,在GaussView里Ti和Cp环上的C用单键连接(图1这种),和用幽灵原 ...

如果隐藏了氢,必须主动说明,免得造成误会。有的新人真就会干出不加氢的情况

鬼原子(ghost atom)跟当前问题没有半毛关系,完全不知道你怎么会联想到这个去。如果你是指gview里显示为X的原子,那叫虚原子(dummy atom),跟鬼原子完全是两码事。参考北京科音中级量子化学培训班(http://www.keinsci.com/KBQC)幻灯片:

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发表于 Post on 2026-6-13 22:34:30 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 downpuor 于 2026-6-13 22:55 编辑

各位老师,对于Li+和Co2+来说对水的固有亲合力比有机物高得多,目前知道的方法是算两种溶剂下的结合自由能之差判断亲合性的差异,由此计算的得到的结果是证明Li+和Co2+对水更高的亲合力,我想知道这一亲合力主要通过什么作用表现呢?同时我想证明的是金属能够和我的有机物溶剂(离子液体)结合更稳定,计算Li+-4H2O Li+-anion的结合能得到后者更大的结合能,同时通过能量分解计算得到离子液体阴离子相比金属之间的静电相互作用因为电荷-电荷 > 电荷-偶极而更大,是否能够说明金属和离子液体阴离子的结合是有利的?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2026-6-14 06:41:36 | 只看该作者 Only view this author
downpuor 发表于 2026-6-13 22:34
各位老师,对于Li+和Co2+来说对水的固有亲合力比有机物高得多,目前知道的方法是算两种溶剂下的结合自由能 ...

阳离子和水之间极化和静电作用显然比有机物和水之间的大,自然结合更强,做个sobEDAw能量分解(http://sobereva.com/685)便知
阳离子和阴离子的结合强度显然比中性之间的大,静电作用使然

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发表于 Post on 2026-6-16 14:02:24 | 只看该作者 Only view this author

计算soc时关键词报错

inp文件输入:
! CAM-B3LYP/G D3 6-31g(d.p) miniprint tightSCF
%maxcore  1000
%pal nprocs   36 end
%tddft
nroots 15
tda false
dosoc true
printlevel 3
end
* xyz   0  1
N      2.00475907    5.07483820    4.77098650
O      2.32021505    6.44718667    5.11379951
H      1.99822262    6.50116072    6.02049465
H      1.45014243    5.16631267    3.92360332
H      2.89835008    4.69771197    4.46555762
H     -0.40695035    1.01380188    5.69877989
*

out报错:
INPUTERRORUNRECOGNIZED OR DUPLICATED KEYWORD(S) IN SIMPLE INPUT LINE
CAM-B3LYP/G
[file orca main/maininp4.cpp, line l1068]
想问一下各位老师是不是CAM-B3LYP不适应这个ocar版本,需要换成什么什么泛函?



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 楼主 Author| 发表于 Post on 2026-6-16 16:03:40 | 只看该作者 Only view this author
zhangrui 发表于 2026-6-16 14:02
inp文件输入:
! CAM-B3LYP/G D3 6-31g(d.p) miniprint tightSCF
%maxcore  100 ...

那叫ORCA
手册里根本没有CAM-B3LYP/G关键词
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发表于 Post on 2026-6-16 18:32:22 | 只看该作者 Only view this author
zhangrui 发表于 2026-6-16 14:02
inp文件输入:
! CAM-B3LYP/G D3 6-31g(d.p) miniprint tightSCF
%maxcore  100 ...

只有B3LYP可以加/G,其他任何泛函都不能加,即便以B3LYP结尾的泛函也是如此
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2026-6-17 17:56:50 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,我因为只需要做多肽/膜/蛋白体系模拟之前报了gromacs初级培训课程,觉得非常有用。我接下来准备研究酶活性中心:包括激酶,内切酶等。软件为ORCA,想咨询一下,量子化学计算入门课程会有相关的内容吗?或者说该课程能领我走入酶活性中心计算的门吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2026-6-17 23:07:29 | 只看该作者 Only view this author
樊樊樊 发表于 2026-6-17 17:56
sob老师,我因为只需要做多肽/膜/蛋白体系模拟之前报了gromacs初级培训课程,觉得非常有用。我接下来准备研 ...

北京科音初级量子化学培训班(http://www.keinsci.com/KEQC)会讲用怎么用Gaussian算常见、基础的量子化学问题,学完了能用Gaussian凑合算起来这个(但还需要结合一些自己的额外摸索)。而把北京科音中级量子化学培训班(http://www.keinsci.com/KBQC)也学完了,就能顺利用Gaussian计算这个。注意中级班也是用目前流行度最高、用户最多的量子化学程序Gaussian。如果必须用ORCA不可,需要同时结合北京科音高级量子化学培训班(http://www.keinsci.com/KAQC),里面十分全面系统讲解用ORCA做各种计算,此培训里一半以上的计算都是ORCA做的。按照初级-中级-高级循序渐进学习效果明显最佳,按套装同时购买三门课程还有显著优惠,详见以上网址。


我极其不建议没有基础知识的初学者一开始就先把用什么程序限定死。北京科音的所有培训班里讲的程序都是充分从研究者实际角度出发、选择最适合他们的程序来讲。Gaussian做几何优化和振动分析方面稳得一批,也是我做这类任务的通常首选,尚无其它程序能充分代替,并且遇到问题最容易得到同行解答。

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