简单量子化学问题答疑专帖

NGC626 · 发表于 Post on 2023-2-15 18:29:11

sob老师好，请问genmer可以生成博文http://sobereva.com/540里的Ag(111)团簇结构吗？

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-2-15 18:56:01

11111111m 发表于 2023-2-15 11:04
请教下大家，如果不做构象搜索，能确定最后优化出来的结构是全局能量最小点吗？因为要做的分子体系较大，分 ...

不能。事实上即使做了构象搜索，也不能严格保证是全局能量极小点，只是可以保证和全局能量极小点差不了太多而已。
而且体系越大，越有做构象搜索的必要。哪怕降低构象搜索的理论级别（比如从半经验降到分子力学），或者降低构象搜索的充分度（比如用分子力学做个1ns的退火，退成什么样就是什么样），也不要完全不做构象搜索。
MM2如果只是做了结构优化，那属于预优化，完全不能代替构象搜索。如果用MM2跑分子动力学，尤其是退火，那可以一定程度上代替构象搜索，但是即便如此，MM2总的来说也不是一个大家普遍认可的力场，一般用AMBER、CHARMM等比较多。

24樱 · 发表于 Post on 2023-2-15 22:56:10

sobereva 发表于 2023-2-15 12:53
仔细看此文弄清楚你当前的Gaussian最多能用多少内存
Gaussian的安装方法及运行时的相关问题
http://sob ...

你好，我使用的电脑是拯救者R7000P 2021款的，看电脑参数是16GB运行内存，8核处理器。关于核数和内存数该如何设置呀？这个错误设置是导致出现link died的原因吗

sobereva · 发表于 Post on 2023-2-16 05:22:24

24樱发表于 2023-2-15 22:56
你好，我使用的电脑是拯救者R7000P 2021款的，看电脑参数是16GB运行内存，8核处理器。关于核数和内存数该 ...

文中说得很清楚，一个字一个字看

sobereva · 发表于 Post on 2023-2-16 05:23:01

NGC626 发表于 2023-2-15 18:29
sob老师好，请问genmer可以生成博文http://sobereva.com/540里的Ag(111)团簇结构吗？

不能。这是自己基于晶体结构切出来的表面，跟团簇结构搜索是两码事

sobereva · 发表于 Post on 2023-2-16 05:25:19

11111111m 发表于 2023-2-15 18:04
请教下大家，如果不做构象搜索，能确定最后优化出来的结构是全局能量最小点吗？因为要做的分子体系较大，分 ...

MM2对于描述有机分子在力场的范畴里算比较不错的，但也比量子化学里很便宜的主流的半经验级别的方法烂得多。

什么级别算能量，和做不做构象搜索，完全是两码事。
通常柔性体系不做构象搜索绝对不行，而且即便用MM2这种精度的方法做了构象搜索往往也依然不行，因为对势能面的描述精度不够。所以molclus（http://www.keinsci.com/research/molclus.html）的各种教程里分子力场级别的计算顶多拿来做初筛目的。
倘若不做构象搜索就能简单地光靠做一次优化就靠谱地确定势能面最小点，哪还有那么多人费时地去做构象搜索。仔细把molclus网页里给出的非常详细的各种构象搜索的教程仔细看一遍，了解构象搜索的价值和思想，自然就明白了。

NGC626 · 发表于 Post on 2023-2-16 12:18:16

sobereva 发表于 2023-2-16 05:23
不能。这是自己基于晶体结构切出来的表面，跟团簇结构搜索是两码事

谢谢sob老师解答

75uio · 发表于 Post on 2023-2-16 12:24:33

使用簇模型研究酶催化需要冻结原子防止骨架变形，但冻结外层原子往往会导致很多虚频。

1 是不是要根据体系适当冻结某几个原子，确保骨架不变形同时也没有虚频？

2 在不同中间体或过渡态的时候都要保持冻结的原子一致吗？

pdd@ · 发表于 Post on 2023-2-16 14:17:07

老师，我用基组为6-311g(d,p)，方法为m062x优化化合物，出现L50错误，求指点

sobereva · 发表于 Post on 2023-2-16 14:23:15

pdd@ 发表于 2023-2-16 14:17
老师，我用基组为6-311g(d,p)，方法为m062x优化化合物，出现L50错误，求指点

解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61

sobereva · 发表于 Post on 2023-2-16 14:24:34

75uio 发表于 2023-2-16 12:24
使用簇模型研究酶催化需要冻结原子防止骨架变形，但冻结外层原子往往会导致很多虚频。

1 是不是要根据体 ...

虚频若只涉及不感兴趣的原子不用管

如果没有明确需要不一致的理由就保持一致

75uio · 发表于 Post on 2023-2-16 15:13:27

sobereva 发表于 2023-2-16 14:24
虚频若只涉及不感兴趣的原子不用管

如果没有明确需要不一致的理由就保持一致

好的，谢谢老师

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-2-16 15:53:22

75uio 发表于 2023-2-16 05:24
使用簇模型研究酶催化需要冻结原子防止骨架变形，但冻结外层原子往往会导致很多虚频。

1 是不是要根据体 ...

准确地说，如果虚频不涉及感兴趣的原子，而且反应前后虚频数目相同，又或者你只计算零点能，那么可能可以不管。
如果反应前后虚频数目不同，且你要算自由能，那么虚频数目每差一个都会引入最多2.68kcal/mol的误差，如果你用高斯等软件的RRHO方法（而非orca等的QRRHO方法）计算自由能，那么误差更大。而且即使所有虚频都不涉及感兴趣的原子，也是如此。原因见https://mattermodeling.stackexch ... equencies/8678#8678

糖糖糖豆9988 · 发表于 Post on 2023-2-16 15:56:21

sobereva 发表于 2023-2-15 12:53
机子像样的话可以

谢谢社长，另外对于该结构我使用“#p um062x 6-311g(d,p) guess(mix,always) opt=modredundant nosymm" 关键词，想要通过扫描键长的方式寻找C1-C2键断裂的过渡态，但是扫描曲线一直上升，没有拐点（0.05埃米扫描36步，后续在此基础继续扫描出现link 9999报错且仍然没有拐点）。请问老师，C1-C2键断裂的过渡态如何寻找呢？

雾雨魔理沙daze · 发表于 Post on 2023-2-16 16:32:56

本帖最后由雾雨魔理沙daze 于 2023-2-16 16:34 编辑

这个过程scan结果如图，显示能量递减，说明这个过程没有过渡态吗？

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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

老师，我用基组为6-311g(d,p)，方法为m062x优化化合物，出现L50错误，求指点