简单量子化学问题答疑专帖

糖糖糖豆9988 · 发表于 Post on 2023-2-14 11:16:26

请教各位老师，①如图1是计算的H原子进行的氢提取反应的IRC曲线，整体趋势都符合的，但是IRC任务报错为"No lower point found -- run aborted."，即反应复合物一侧没有最低点；①如图2是H原子进行的另一个氢提取反应的IRC曲线，整体趋势也符合，但是IRC任务报错为"SCF has not converged."，表现为反应复合物一侧有一个点翘起来；老师们，对于这两种情况，可以说明TS正确，没有必要再跑IRC吗？另外可以直接拿端点结构继续优化寻找反应复合物吧？谢谢老师

NGC626 · 发表于 Post on 2023-2-14 13:58:28

各位老师好，我目前有高斯D01的32bit版，也下载了ORCA的5.0.3，想基于簇模型计算碳原子在Ir(111)和(100)表面物理吸附的稳定结构和结合能、电子结构和磁矩，体系大小在40到80个原子之间，之后施加一定大小，方向垂直于铱表面的外电场，重复以上过程，CPU是i5-11400，12核，内存16GB，希望计算耗时最好在3天以内，最长不超过五天，希望在这个耗时范围内的精度尽可能好，请问应该用什么理论方法和基组呢？

糖糖糖豆9988 · 发表于 Post on 2023-2-14 17:26:22

请教一下老师们，①用脚本指定如图1所示的free的节点在集群提交作业却一直在排队，这是为什么呢？②还有如图2显示run但是其实并没有运行，这又是什么原因呢？谢谢老师

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-2-14 20:56:51

糖糖糖豆9988 发表于 2023-2-14 10:26
请教一下老师们，①用脚本指定如图1所示的free的节点在集群提交作业却一直在排队，这是为什么呢？②还有如 ...

问你们集群的管理员

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-2-14 20:58:34

NGC626 发表于 2023-2-14 06:58
各位老师好，我目前有高斯D01的32bit版，也下载了ORCA的5.0.3，想基于簇模型计算碳原子在Ir(111)和(100)表 ...

很难把计算时间估计得这么准，计算时间能预估到正负4倍以内就很不错了。
不过首先一个问题，你确定碳原子在Ir表面存在稳定的物理吸附结构？不会直接通过无垒过程变成化学吸附吗？

NGC626 · 发表于 Post on 2023-2-14 21:57:17

wzkchem5 发表于 2023-2-14 20:58
很难把计算时间估计得这么准，计算时间能预估到正负4倍以内就很不错了。
不过首先一个问题，你确定碳原 ...

老师您好，我是看了这篇文献有的想法10.1063/1674-0068/cjcp2101016，目前我是纯自学状态，导师给不了任何指导，再加上手里的计算条件有限，所以希望在还算合理的精度下，尽量减少计算时间，希望老师可以提供一些建议

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-2-14 22:13:38

NGC626 发表于 2023-2-14 14:57
老师您好，我是看了这篇文献有的想法10.1063/1674-0068/cjcp2101016，目前我是纯自学状态，导师给不了任 ...

这是化学吸附啊，吸附能都到6eV的量级了。
建议用orca的embedded cluster功能（https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.inorgchem.9b00994）来做这个计算。先用DFT优化一下结构，再根据DFT用了多长时间，看用什么精度的方法来做计算。
不过为了体现簇模型的优势，应该用比DFT高的理论级别算单点能，例如DLPNO-CCSD(T)等，基组至少用triple zeta且显式考虑相对论效应。这是因为簇模型DFT计算（尤其是纯泛函计算）远不如周期性体系的DFT计算靠谱，尤其因为这是金属体系，电子结构比较离域。所以必须用周期性体系做不了或者不好做、但簇模型好做的高精度方法，才能justify你用簇模型。

sobereva · 发表于 Post on 2023-2-15 05:47:49

糖糖糖豆9988 发表于 2023-2-14 11:16
请教各位老师，①如图1是计算的H原子进行的氢提取反应的IRC曲线，整体趋势都符合的，但是IRC任务报错为"No ...

对于验证过渡态是否找对，没必要花太高代价把IRC跑得特别完整
可以对当前的两端优化得到TS相连的结构

NGC626 · 发表于 Post on 2023-2-15 09:28:17

wzkchem5 发表于 2023-2-14 22:13
这是化学吸附啊，吸附能都到6eV的量级了。
建议用orca的embedded cluster功能（https://pubs.acs.org/do ...

嗯嗯好的，谢谢老师

糖糖糖豆9988 · 发表于 Post on 2023-2-15 10:57:12

请教各位老师，对于图片所示结构的氢提取反应，计算单点能的话用什么方法/基组合适呢？可以用CCSD(T)/ cc-pVTZ吗？

糖糖糖豆9988 · 发表于 Post on 2023-2-15 10:57:33

sobereva 发表于 2023-2-15 05:47
对于验证过渡态是否找对，没必要花太高代价把IRC跑得特别完整
可以对当前的两端优化得到TS相连的结构

好的，谢谢社长

24樱 · 发表于 Post on 2023-2-15 12:11:45

本帖最后由 24樱于 2023-2-15 12:20 编辑

使用Gaussian计算ECD时，报错，求指教！！

Gaussian 09运算结果如图所示

其中，。gjf文件内容如下

sobereva · 发表于 Post on 2023-2-15 12:53:18

24樱发表于 2023-2-15 12:11
使用Gaussian计算ECD时，报错，求指教！！

Gaussian 09运算结果如图所示

仔细看此文弄清楚你当前的Gaussian最多能用多少内存
Gaussian的安装方法及运行时的相关问题
http://sobereva.com/439（http://bbs.keinsci.com/thread-10814-1-1.html）

#和P之间别写空格，去掉geom=connectivity

sobereva · 发表于 Post on 2023-2-15 12:53:40

糖糖糖豆9988 发表于 2023-2-15 10:57
请教各位老师，对于图片所示结构的氢提取反应，计算单点能的话用什么方法/基组合适呢？可以用CCSD(T)/ cc-p ...

机子像样的话可以

11111111m · 发表于 Post on 2023-2-15 18:04:02

请教下大家，如果不做构象搜索，能确定最后优化出来的结构是全局能量最小点吗？因为要做的分子体系较大，分子数也很多，感觉构象搜索比较费时。我是先在chem 3D里做了下MM2，然后再作为初始结构进行优化的，这样准确度高吗？

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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

计算ECD时，将.gjf文件拖入运行后，出现link died！