简单量子化学问题答疑专帖

糖糖糖豆9988

wzkchem5 发表于 2023-2-11 16:23
问这个问题显然要给出文献全文，至少要给出文献SI全文。因为截图的部分显然是没有这个信息的。
问问题一 ...

谢谢您的提醒，我下次一定注意；老师，我用shermo试了试，但是环丙基和环丙烷得出的压力结果不一样，麻烦您看看，谢谢老师。

wzkchem5

糖糖糖豆9988 发表于 2023-2-11 09:46
谢谢您的提醒，我下次一定注意；老师，我用shermo试了试，但是环丙基和环丙烷得出的压力结果不一样，麻烦 ...

什么叫得出的压力结果不一样？压力又不是Shermo算出来的，是你要输进Shermo的啊

sobereva

糖糖糖豆9988 发表于 2023-2-11 16:20
请教各位老师，如图所示是文献补充资料里提供的热力学数据：不同温度的热容Cp 、熵S和H（T） – H（298 K） ...

文中没明说的情况一般默认为常压。如果你重复不出来，可以发邮件问作者

糖糖糖豆9988

wzkchem5 发表于 2023-2-11 17:12
什么叫得出的压力结果不一样？压力又不是Shermo算出来的，是你要输进Shermo的啊

我用自己的计算的结构，带入不同压力值用shermo计算，但是和文献两个物种相比，一个接近1atm，另一个接近0.1atm，我没有表述清楚，抱歉老师。（但是由于使用方法基组不同，校正因子也不同，结果存在差异应该也正常）

糖糖糖豆9988

sobereva 发表于 2023-2-12 04:45
文中没明说的情况一般默认为常压。如果你重复不出来，可以发邮件问作者

谢谢老师，可能是1 atm

糖糖糖豆9988

请教各位老师，如下是我对氢提取反应TS进行扫描计算的输入文件，因为是TS的扫描，所以限制了部分键长。输出文件显示“ New curvilinear step not converged”，并且附在附近里，请问这该如何解决？谢谢老师

%chk=scanTS_C3-H8-O2.chk
%nprocs=8
#p opt=modredundant 6-311g(d,p) nosymm um062x

2.11

0 3
C                 -1.76857300    1.08691500   -0.26138100
C                 -0.69045500    0.02931000    0.12017700
C                 -1.71937800   -1.01816100   -0.26295500
C                 -2.85684600   -0.02069200   -0.18237500
H                 -1.88274400    1.94318400    0.40351100
H                 -1.62361400    1.42623800   -1.28856200
H                 -0.54535200    0.04723100    1.20890000
H                 -1.82565200   -1.94510500    1.03685700
H                 -1.57619000   -1.70017000   -1.09910000
H                 -3.33619100   -0.02332300    0.80116700
H                 -3.61945900   -0.05759400   -0.95969400
C                  0.64285800    0.01445200   -0.59388100
C                  1.62900700    1.07819800   -0.04613700
C                  1.58858400   -1.08283100   -0.04009600
H                  0.47995100    0.01564000   -1.67544700
C                  2.24179700   -0.01140400    0.86659700
H                  1.19105500    1.95700900    0.43134900
H                  2.33415100    1.40384000   -0.81227700
H                  1.11523600   -1.93836900    0.44730300
H                  2.28099700   -1.44398300   -0.80184300
H                  1.80379900   -0.00208500    1.86533300
H                  3.32683000   -0.03144500    0.96196300
O                 -1.90275300   -2.30444900    2.02442700
O                 -2.05227500   -1.26707500    2.77414100

D 2 3 23 24 S 36 10.000000
B 3 8 F
B 8 23 F

wzkchem5

糖糖糖豆9988 发表于 2023-2-12 06:33
我用自己的计算的结构，带入不同压力值用shermo计算，但是和文献两个物种相比，一个接近1atm，另一个接近 ...

可能你的计算和文献的计算在其他方面有区别，导致对于后一个物种，你和文献的结果对不上，但是改变压力以后碰巧能对上。
如果文献的两个物种不是在同一个压力下算出来的，文献必然会说明（事实上即便都是在同一个压力下算的，只要这个压力不是1atm或1bar，文献也应该说明）。如果经过反复确认，文献确实没说，那极大概率是文献是在一个压力下算的，极小概率是文献该写的话漏写了。

糖糖糖豆9988

wzkchem5 发表于 2023-2-12 19:36
可能你的计算和文献的计算在其他方面有区别，导致对于后一个物种，你和文献的结果对不上，但是改变压力以 ...

好的老师，谢谢您

sobereva

糖糖糖豆9988 发表于 2023-2-12 17:33
请教各位老师，如下是我对氢提取反应TS进行扫描计算的输入文件，因为是TS的扫描，所以限制了部分键长。输出 ...

有的时候是程序算法不理想所致，有时候是约束条件存在冲突。尝试调整扫描和冻结设置，包括冻结和扫描的对象、扫描步长和范围等，试图避过去。

奶啵啵

进行植酸分子 的结构优化（pbe0 6-31g(d) solvent=water) 优化后发现8号碳连接的磷酸的位置发生了旋转 ，请问对下一步的吸附计算影响大么（最开始的结构在CCDC上找到的，查阅对应文献）

糖糖糖豆9988

sobereva 发表于 2023-2-12 23:45
有的时候是程序算法不理想所致，有时候是约束条件存在冲突。尝试调整扫描和冻结设置，包括冻结和扫描的对 ...

谢谢社长，我将扫描的二面角更换原子试试。

sobereva

奶啵啵 发表于 2023-2-13 09:50
进行植酸分子的结构优化（pbe0 6-31g(d) solvent=water) 优化后发现8号碳连接的磷酸的位置发生了旋转，请问 ...

极为正常
晶体环境中存在分子间相互作用，孤立状态没有，自然最有构象可能有明显不同，仔细看下文
实验测定分子结构的方法以及将实验结构用于量子化学计算需要注意的问题
http://sobereva.com/569

orangesea

老师您好 这想用这种粗略的方法计算溶质的自由能

另外，一种粗略但比较省事的计算溶剂下焓或自由能的方法如下：
(1)用opt freq优化结构同时获得焓或自由能的热校正量（获得焓的热校正量时建议用ZPE校正因子）。溶剂模型是否需要用看情况
(2)在(1)的结构下结合溶剂模型用高级别计算单点
然后将1和2的结果相加，再加上1.89 kcal/mol即可。此种做法步骤少，但相当于是在高级别下计算了溶解自由能，会比在溶剂模型专门参数化的级别下算的溶解自由能精度低。

我在优化时为了避免不收敛用了iefpcm模型，可以将这时得到的热校正量与smd模型计算的单点能相加，再加1.89 kcal/mol吗？或是计算单点能仍采用iefpcm模型？

chands

orangesea 发表于 2023-2-13 12:05
老师您好 这想用这种粗略的方法计算溶质的自由能

我在优化时为了避免不收敛用了iefpcm模型，可以将这时 ...

若优化用IEFPCM，计算单点能可以转用SMD。

奶啵啵

sobereva 发表于 2023-2-13 11:05
极为正常
晶体环境中存在分子间相互作用，孤立状态没有，自然最有构象可能有明显不同，仔细看下文
实验 ...

sob老师，我也觉得合理，那我接下来打算继续用这个模型，应该也行吧