简单量子化学问题答疑专帖

NGC626 · 发表于 Post on 2023-2-18 17:26:10

wzkchem5 发表于 2023-2-17 20:08
不太好，一般金属团簇用纯泛函比较合适。考虑到碳原子受self-interaction error影响比较大，对于这个体系 ...

谢谢老师，另外还想了解一下，如果用DLPNO-CCSD(T)/cc-pVTZ with normalPNO and RIJK来计算单点能是否合适呢？

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-2-18 18:32:24

NGC626 发表于 2023-2-18 10:26
谢谢老师，另外还想了解一下，如果用DLPNO-CCSD(T)/cc-pVTZ with normalPNO and RIJK来计算单点能是否合 ...

可以，但建议做内层几十个原子是DLPNO-CCSD(T)，外层一两百个原子是HF的multilevel计算。此外因为这个体系有一定的强相关特征，默认的non-iterative (T)的精度未必够，建议考虑用iterative (T)

吴双 · 发表于 Post on 2023-2-18 18:52:14

wzkchem5 发表于 2023-2-18 16:59
不要用HOMO能级比较失电子能力。参见http://sobereva.com/543

老师通过计算氧化还原电势，比较E值，E值越大证明氧化性越强，这样可以么。

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-2-18 19:00:21

吴双发表于 2023-2-18 11:52
老师通过计算氧化还原电势，比较E值，E值越大证明氧化性越强，这样可以么。

可以

吴双 · 发表于 Post on 2023-2-18 19:16:34

wzkchem5 发表于 2023-2-18 19:00
可以

好的谢谢老师

sobereva · 发表于 Post on 2023-2-19 01:33:05

糖糖糖豆9988 发表于 2023-2-18 16:49
请教各位老师，使用“#p UCCSD(T,T1diag) cc-pVTZ”计算单点能，out文件在附件中，这是意外中断了吗？

是

8核机子算这种大小的CCSD(T)，还是开壳层，过于困难。并且怀疑分配的内存也严重不够。

糖糖糖豆9988 · 发表于 Post on 2023-2-19 12:46:51

sobereva 发表于 2023-2-19 01:33
是

8核机子算这种大小的CCSD(T)，还是开壳层，过于困难。并且怀疑分配的内存也严重不够。

社长，这种结构的分子使用该方法分配多大内存合适呢？

75uio · 发表于 Post on 2023-2-19 17:48:03

各位老师好。计算溶液环境下分子筛ZSM-5催化的一个有机反应的机理。请问周期性方法，簇模型，ONIOM方法选择哪个会比较好并且精度足够。因为考虑到ZSM-5的晶胞具有288个原子，加上反应物，大概330原子左右。还要和没有分子筛催化的纯溶液环境对比。簇模型的话大概150个原子左右。我心中是簇模型>ONIOM>周期性方法的。但是簇模型对这种多孔骨架需要考虑冻结原子，而且为了保证骨架不变形，似乎外层会冻结很多，这样计算精度可以保证吗，而且之后审稿人是否认可这种方式？

朽木可自雕 · 发表于 Post on 2023-2-19 19:21:03

如图所示，我的过渡态涉及C-B键的断裂和C-C键的形成，通过IRC分析可以看出，过渡态之前的结构C-B键变化程度很大而C-C键变化程度很小，那么我能不能说C-B键的断裂对能垒起着主要的作用？

朽木可自雕 · 发表于 Post on 2023-2-19 19:33:01

本帖最后由朽木可自雕于 2023-2-19 19:34 编辑

放错图了，应该是这张

sobereva · 发表于 Post on 2023-2-20 02:32:22

糖糖糖豆9988 发表于 2023-2-19 12:46
社长，这种结构的分子使用该方法分配多大内存合适呢？

该说的都说了
Gaussian的安装方法及运行时的相关问题
http://sobereva.com/439（http://bbs.keinsci.com/thread-10814-1-1.html）

sobereva · 发表于 Post on 2023-2-20 02:34:15

75uio 发表于 2023-2-19 17:48
各位老师好。计算溶液环境下分子筛ZSM-5催化的一个有机反应的机理。请问周期性方法，簇模型，ONIOM方法选择 ...

簇模型用起来省事，而且对于只会量化计算的人来说，能用就用。冻结的地方的结构不会明显被催化部分影响就可以。

ONIOM太费事，不建议用。

当周期性计算也完全可以，在CP2K里当周期性计算比用量化程序当簇模型计算可能还要快得多。如果之前就会用CP2K的话建议当周期性算。

sobereva · 发表于 Post on 2023-2-20 02:55:39

朽木可自雕发表于 2023-2-19 19:33
放错图了，应该是这张

有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，这点在置顶的新社员必读贴里明确说了。

一定程度上能说明。有更具体的结构图才能更准确判断

糖糖糖豆9988 · 发表于 Post on 2023-2-20 08:49:45

本帖最后由糖糖糖豆9988 于 2023-2-20 09:48 编辑

sobereva 发表于 2023-2-20 02:32
该说的都说了
Gaussian的安装方法及运行时的相关问题
http://sobereva.com/439（http://bbs.keinsci.co ...

好嘞，谢谢社长，我应该在输入文件里设置上%mem=xxGB内存；由于使用集群计算，请问怎么看集群有多少空余物理内存呢？

林守龙 · 发表于 Post on 2023-2-20 11:31:55

论文中需要rigid-rotor harmonic oscillator(RRHO)参考文献，求助RRHO方法的原始文献，找了好久都没找到。

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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

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