简单量子化学问题答疑专帖

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-5-3 15:30:35

糖糖糖豆9988 发表于 2023-5-3 02:22
请教各位老师，对于一个有能垒的反应，计算的速率常数拟合为A 、n、E的三参数形式后，E为负值。请问如何理 ...

自己看https://en.wikipedia.org/wiki/Activation_energy里面对于负活化能的讨论

sxh3231796 · 发表于 Post on 2023-5-3 16:00:34

wzkchem5 发表于 2023-5-3 15:28
B3LYP计算量几乎不比TPSSh小多少，因此即使先定性搜索，也不应该用B3LYP，可以考虑用GFN2-xTB等方法做初 ...

谢谢老师，但是我之前用pm6搜索后，用b3lyp/6-31g搜索除了我想要的过渡态，跑了irc，优化了反应物结构和产物结构都没问题，但是一换成b3lyp/6-31g*或者bp86就搜不到想要的过渡态了，就怀疑是不是步骤有问题

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-5-3 16:04:23

sxh3231796 发表于 2023-5-3 09:00
谢谢老师，但是我之前用pm6搜索后，用b3lyp/6-31g搜索除了我想要的过渡态，跑了irc，优化了反应物结构和 ...

这个过渡态是不是虚频很小，或者活化能很低，或者逆反应的活化能很低？
如果是这种情况的话，本来就很有可能在一个理论级别下存在过渡态，在另一个很相似的理论级别下却不存在

sxh3231796 · 发表于 Post on 2023-5-3 16:22:22

wzkchem5 发表于 2023-5-3 16:04
这个过渡态是不是虚频很小，或者活化能很低，或者逆反应的活化能很低？
如果是这种情况的话，本来就很有 ...

虚频是-240hz，这种理论上应该算正常吧

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-5-3 16:37:03

sxh3231796 发表于 2023-5-3 09:22
虚频是-240hz，这种理论上应该算正常吧

嗯，算是比较小的。但注意单位是cm-1，不是Hz

sxh3231796 · 发表于 Post on 2023-5-3 16:38:38

wzkchem5 发表于 2023-5-3 16:37
嗯，算是比较小的。但注意单位是cm-1，不是Hz

好的。好的，谢谢老师，下次一定注意。那这种过渡态有意义吗？还是说应该在搜一搜其他的过渡态看看

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-5-3 18:00:53

sxh3231796 发表于 2023-5-3 09:38
好的。好的，谢谢老师，下次一定注意。那这种过渡态有意义吗？还是说应该在搜一搜其他的过渡态看看

有意义。换了理论级别以后如果找不到过渡态，建议用柔性扫描确认是不是无垒反应

sobereva · 发表于 Post on 2023-5-3 18:05:31

sxh3231796 发表于 2023-5-3 14:29
想请问下老师，在做有过渡金属参与的过渡态搜索的时候，是过渡态搜索就使用tpssh泛函，还是可以先用b3lyp定 ...

没任何理由用B3LYP，又不比TPSSh明显便宜，又不十分适合过渡金属配合物
图便宜可以用ORCA里的B97-3c，借助RIJ比杂化泛函计算快得多，也可以用于预优化目的

sxh3231796 · 发表于 Post on 2023-5-3 18:09:28

wzkchem5 发表于 2023-5-3 18:00
有意义。换了理论级别以后如果找不到过渡态，建议用柔性扫描确认是不是无垒反应

好的好的，谢谢老师

sxh3231796 · 发表于 Post on 2023-5-3 18:10:26

sobereva 发表于 2023-5-3 18:05
没任何理由用B3LYP，又不比TPSSh明显便宜，又不十分适合过渡金属配合物
图便宜可以用ORCA里的B97-3c，借 ...

好的，谢谢sob老师，我去试试

杉杉JY · 发表于 Post on 2023-5-3 21:57:48

刚开始接触理论计算。对一个分子首先进行优化，提交给Gaussian后计算了90 min后提示收敛失败，但是在Out文件里面没有找到失败的原因，现在附上out文件，请大家帮忙看看。谢谢。

管理员注：回复见1376和1378楼

卡卡西 · 发表于 Post on 2023-5-3 22:24:04

本帖最后由卡卡西于 2023-5-3 22:45 编辑

想请教各位老师一个问题，不是很理解VSAP和VTST的关系，看到教程里都是用IBRION=3、POTIM=0、vasp_std来启动VTST，那么我incar参数按照VTST的标准设置，然后用vasp_gam可以启动VTST么？
因为我计算的体系超过150个原子，之前的结构优化都是用gamma版，k-points也是取1*1*1，所以不知道用VTST计算过渡态的时候是否能同样以vasp_gam来计算，这样可以缩短时间。还有就是我的体系比较大，力的收敛阈值调整到-0.05会收到质疑么？之前的结构优化都是取的-0.02，有点担心过渡态计算会耗时太长，想放宽收敛条件。

ahxb · 发表于 Post on 2023-5-3 23:36:16

电荷看起来不太合理。如果需要考虑在溶液中有4个COO-的该分子，电荷需要改成-4，且至少需要使用隐式溶剂化，与苯环直接相连的羧基的质子化状态也需要考虑清楚。

sobereva · 发表于 Post on 2023-5-4 05:46:59

卡卡西发表于 2023-5-3 22:24
想请教各位老师一个问题，不是很理解VSAP和VTST的关系，看到教程里都是用IBRION=3、POTIM=0、vasp_std来启 ...

VASP是第一性原理程序，相关问题去第一性原理板块问

sobereva · 发表于 Post on 2023-5-4 05:47:16

体系有4个去质子的羧基，显然不可能净电荷为0

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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

收敛失败但是不知道原因，所以不知道怎么解决