简单量子化学问题答疑专帖

卡卡西 · 发表于 Post on 2023-5-4 09:50:09

sobereva 发表于 2023-5-4 05:46
VASP是第一性原理程序，相关问题去第一性原理板块问

好的好的，谢谢sob老师

糖糖糖豆9988 · 发表于 Post on 2023-5-4 11:19:53

wzkchem5 发表于 2023-5-3 15:30
自己看https://en.wikipedia.org/wiki/Activation_energy里面对于负活化能的讨论

谢谢老师，关于负活化能有这样的描述“In some cases, rates of reaction decrease with increasing temperature. When following an approximately exponential relationship so the rate constant can still be fit to an Arrhenius expression, this results in a negative value of Ea. Elementary reactions exhibiting these negative activation energies are typically barrierless reactions, in which the reaction proceeding relies on the capture of the molecules in a potential well”。如果把300-1500 K下计算的k拟合为双参数形式，E为正值。老师，那么这样拟合的E是不是就没有什么实际意义了呢？

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-5-4 16:08:04

糖糖糖豆9988 发表于 2023-5-4 04:19
谢谢老师，关于负活化能有这样的描述“In some cases, rates of reaction decrease with increasing temp ...

不好说完全没有意义。可能缺乏物理意义，但是作为一个纯粹的数学工具（用来描述速率常数随温度的变化）还是有意义的

sxh3231796 · 发表于 Post on 2023-5-4 19:01:00

最近在做casscf激发态计算，算一个五配位的铁的阴离子，想请问下各位老师，在做casscf（10，10）时很顺利，但是想改成casscf（6，6）做轨道交换时，一直不能收敛，是什么原因啊？

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-5-4 19:06:45

sxh3231796 发表于 2023-5-4 12:01
最近在做casscf激发态计算，算一个五配位的铁的阴离子，想请问下各位老师，在做casscf（10，10）时很顺利， ...

你一共选了哪些轨道？很可能是(6,6)的活性空间本来就不合理

sxh3231796 · 发表于 Post on 2023-5-4 19:36:42

wzkchem5 发表于 2023-5-4 19:06
你一共选了哪些轨道？很可能是(6,6)的活性空间本来就不合理

因为主要关注Fe-NO配体的Fe-N的相关性质，选取了是个轨道中和Fe-N相关的六个轨道，然后就一直不收敛了

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-5-4 20:14:55

sxh3231796 发表于 2023-5-4 12:36
因为主要关注Fe-NO配体的Fe-N的相关性质，选取了是个轨道中和Fe-N相关的六个轨道，然后就一直不收敛了

一般来说，研究过渡金属配合物，应该把过渡金属的价层d轨道全部选进来。因为即便有些d轨道不参与成键，这些d轨道仍然有强相关特性

吴双 · 发表于 Post on 2023-5-7 10:22:06

想跟大家请教一下，我想用高斯计算开壳层单重态，参考的帖子是http://sobereva.com/82 谈谈片段组合波函数与自旋极化单重态，输入文件的关键词是#p UB3LYP genecp EmpiricalDispersion=GD3BJ guess=mix opt nosymm stable freq=noraman Temperature=338.15 SCRF=(CPCM,solvent=Methanol) GFinput 但是输出文件中报错，
Illegal IType or MSType generated by parse.Error termination via Lnk1e in /opt/soft/gauss/g16c01_avx2/g16/l1查了一下报错原因是输入文件中关键词矛盾。但是不太清楚那个关键词是矛盾的。

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-5-7 14:51:55

吴双发表于 2023-5-7 03:22
想跟大家请教一下，我想用高斯计算开壳层单重态，参考的帖子是http://sobereva.com/82 谈谈片段组合波函数 ...

但凡遇到这种问题，自己一个一个把关键词删掉，直到输入文件可以跑，就知道是哪个关键词有问题了

sobereva · 发表于 Post on 2023-5-7 20:30:26

吴双发表于 2023-5-7 10:22
想跟大家请教一下，我想用高斯计算开壳层单重态，参考的帖子是http://sobereva.com/82 谈谈片段组合波函数 ...

stable没法和opt或freq一起用

noraman完全多余，仔细看
常见的多余的和被滥用的Gaussian关键词
http://sobereva.com/331（http://bbs.keinsci.com/thread-3460-1-1.html）

Gaussian用户没事甭用CPCM，仔细看
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327（http://bbs.keinsci.com/thread-3345-1-1.html）

不知道gfinput是干什么的就别写

498746012 · 发表于 Post on 2023-5-8 17:25:53

wzkchem5 发表于 2023-4-28 17:28
参见http://sobereva.com/60

谢谢老师

护卫天使 · 发表于 Post on 2023-5-8 21:30:03

老师们好，实验探索了图中络合剂与稀土La的络合效果，在接近中性条件下络合效果很好。理论想预测络合剂与稀土的络合构型，目前我的想法有两种：1、使用xtb程序跑半经验动力学，使用一个单体，在显式水溶剂下搜索与稀土的络合构型，然后DFT计算。假如不行。2、就使用gromace软件跑动力学，用的五聚体作为聚合物理论模型，在盒子里加入有限的五聚体、稀土离子、水（尽量与实验浓度相当），去模拟搜索络合构型。
请问我这样做可以吗？望老师指正，感谢！

sobereva · 发表于 Post on 2023-5-8 22:32:59

护卫天使发表于 2023-5-8 21:30
老师们好，实验探索了图中络合剂与稀土La的络合效果，在接近中性条件下络合效果很好。理论想预测络合剂与稀 ...

那叫GROMACS
GROMACS能用的力场里没有能描述La与此物的络合的

xtb支持的方法未必有能描述好这个络合物的

可以考虑CP2K跑DFT的AIMD

护卫天使 · 发表于 Post on 2023-5-9 10:12:33

本帖最后由护卫天使于 2023-5-9 16:51 编辑

sobereva 发表于 2023-5-8 22:32
那叫GROMACS
GROMACS能用的力场里没有能描述La与此物的络合的

老师您好，第一次在CP2K程序跑AIMD，有几个问题请教一下您。1、如图您给的例子，假如实用Packmol构建体系盒子，预平衡这一步该如何操作？用什么软件跑个NPT的MD都可以吗，我第一想到的是XTB软件的半经验法；2、该体系用什么理论方法？3、模拟步数设置多少，计算核数为48？感谢老师！

qcn1211 · 发表于 Post on 2023-5-9 13:11:34

请问在windows系统中如何同时把多个log文件分别转换成gjf文件？

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖