简单量子化学问题答疑专帖

KSeGaSn · 发表于 Post on 2023-4-22 10:55:47

wzkchem5 发表于 2023-4-22 03:22
有可能，还有一种可能是S1或T1不止一个稳定构象，如果分别找到最稳定构象，我觉得S1发射能高于T1的概率会 ...

好的谢谢老师，我这系列分子最小的也有140个原子，激发态几何优化也基本得150步以上，对激发态联用ORCA从S0基础上做构象搜索您看可以进行吗？

davi · 发表于 Post on 2023-4-22 11:07:27

老师，您好。学生近期在了解分子内振动对热力学数据影响方面的知识，有几个地方实在不太理解。Gaussian程序默认的是用RRHO模型，但对于柔性分子含有很多低频振动，我看老师您推荐Shermo软件中用的准RRHO模型。对于自由转子，受阻转子，谐振子，非谐近似几个概念和上述两个模型又有什么关系呢，这几个概念具体到程序中又是如何使用的呢？

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-4-22 14:53:51

davi 发表于 2023-4-22 04:07
老师，您好。学生近期在了解分子内振动对热力学数据影响方面的知识，有几个地方实在不太理解。Gaussian程序 ...

Shermo的原始文献里都讲了。如果看不懂，把看不懂的句子截图出来，我们可以针对性地给你讲那句话是什么意思

davi · 发表于 Post on 2023-4-22 15:00:55

wzkchem5 发表于 2023-4-22 14:53
Shermo的原始文献里都讲了。如果看不懂，把看不懂的句子截图出来，我们可以针对性地给你讲那句话是什么意 ...

老师，您说的文献是这篇吗？http://sobereva.com/552

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-4-22 15:02:02

KSeGaSn 发表于 2023-4-22 03:55
好的谢谢老师，我这系列分子最小的也有140个原子，激发态几何优化也基本得150步以上，对激发态联用ORCA从 ...

这种体系的激发态构象，如果做系统性的构象搜索估计比较麻烦，因为DFT跑不动，而支持激发态解析梯度的半经验方法很少，主要就是OM2，需要用MNDO程序来做。但是MNDO程序和CREST、Molclus等构象搜索软件之间可能没有现成的接口，需要自己写接口。
所以我比较建议的方法是根据化学常识来确定几种可能的构象，分别计算，取能量最低的。又或者假如激发态的构象所涉及到的所有柔性基团在基态就是柔性的，那么可以用半经验方法做基态构象搜索，然后分别用TDDFT做激发态结构优化。第三种方法是用TDDFT跑一个或者若干个比较短的AIMD轨迹，取一些代表性的帧出来优化。

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-4-22 15:14:08

davi 发表于 2023-4-22 08:00
老师，您说的文献是这篇吗？http://sobereva.com/552

主要看里面chemrxiv那篇

桃子量子 · 发表于 Post on 2023-4-22 15:41:14

sobereva 发表于 2023-4-20 02:10
发帖的时候看清楚板块再发，这在首页的公告栏里已经明确提醒了，求助帖别发到资源分享子版块，这次给你移动 ...

好的，老师，下次会注意，谢谢老师

桃子量子 · 发表于 Post on 2023-4-22 15:42:34

sobereva 发表于 2023-4-20 04:37
图形库和当前软件环境有兼容性问题，或者显卡驱动问题。更新GPU驱动，或者换机子

好的谢谢老师，

KSeGaSn · 发表于 Post on 2023-4-22 16:21:27

wzkchem5 发表于 2023-4-22 15:02
这种体系的激发态构象，如果做系统性的构象搜索估计比较麻烦，因为DFT跑不动，而支持激发态解析梯度的半 ...

感谢老师细致的解答，我的基态结构是从晶体文件得到并配合DFT在气相优化的，各种配位键的角度键长以及配体上其他芳环的柔性应该都是挺大的。如果我在ORCA中用AIMD来进行可能对我来说学习成本稍低，您看我应该从现在优化后的S1/T1开始做TDA-AIMD还是从S0的结构开始做呢？

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-4-22 16:49:13

KSeGaSn 发表于 2023-4-22 09:21
感谢老师细致的解答，我的基态结构是从晶体文件得到并配合DFT在气相优化的，各种配位键的角度键长以及配 ...

从S0稍好一些，这样AIMD搜索得到的构象可以代表分子激发态从Franck-Condon点出发得到的主要构象。如果从S0结构可以得到两种S1构象，这两种构象的转变能垒比较高，那么从其中一个S1构象跑AIMD不一定能跑到另一个构象，所以容易遗漏重要的构象

KSeGaSn · 发表于 Post on 2023-4-22 17:58:48

wzkchem5 发表于 2023-4-22 16:49
从S0稍好一些，这样AIMD搜索得到的构象可以代表分子激发态从Franck-Condon点出发得到的主要构象。如果从S ...

谢谢老师，我利用AIMD的方法试试看，看大概跑500个点（500fs这个时间从FC结构应该能够IC到势能面上不少态了）能不能找到一些其他的构象？然后再提取构象做正常的TD opt任务比较能量。

sobereva · 发表于 Post on 2023-4-23 07:48:14

davi 发表于 2023-4-22 15:00
老师，您说的文献是这篇吗？http://sobereva.com/552

里面都明确说了

Tian Lu, Qinxue Chen, Shermo: A general code for calculating molecular thermochemistry properties, Comput. Theor. Chem., 1200, 113249 (2021) DOI: 10.1016/j.comptc.2021.113249

davi · 发表于 Post on 2023-4-23 14:45:55

sobereva 发表于 2023-4-23 07:48
里面都明确说了

老师，这篇文章我看了，也了解到低频振动下用RRHO模型是不合适的，需要做校正。但自己对于刚性转子-谐振子模型的概念不太清楚，在文献方面也没有看到讲解这一部分的

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-4-23 15:09:57

davi 发表于 2023-4-23 07:45
老师，这篇文章我看了，也了解到低频振动下用RRHO模型是不合适的，需要做校正。但自己对于刚性转子-谐振 ...

看统计热力学教材

davi · 发表于 Post on 2023-4-23 15:22:05

wzkchem5 发表于 2023-4-23 15:09
看统计热力学教材

老师，我有个问题不是很明白，RRHO全称是刚性转子-谐振子模型，那这个模型运用到分子内振动是将键当作谐振子，原子当作刚性转子的两种假设吗？

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