编写了一个过渡态寻找程序，求测试例子

nianbin

mettlyz 发表于 2023-2-7 10:36
少了一个氢，是H自由基吗？

是的，生成H自由基了

kikisay

mettlyz 发表于 2023-2-7 08:37
羟基的对位没有C-H。能够提供一下产物吗？或者成那两个原子之间的键。给原子编号就行。

产物结构

mettlyz

kikisay 发表于 2023-2-8 19:26
产物结构

B3LYP/6-31G*级别下的：
https://alphacat.deepchem.cn/#/d ... 4178b51158ca59f181e
最近例子有点多，算力有限，有点慢，望耐心等待。
另外如有发表需求，需要提升精度，也可以讨论哈。

mettlyz

nianbin 发表于 2023-2-7 10:45
是的，生成H自由基了

https://alphacat.deepchem.cn/#/d ... ae49282c6d89a75ea4e
加了一个OH自由基跑的，可以参考一下

mettlyz

mettlyz 发表于 2023-2-9 22:30
http://47.98.217.61/#/detail/85626
加了一个OH自由基跑的，可以参考一下

直接均裂应该是没有过渡态的，我觉得

kikisay

mettlyz 发表于 2023-2-9 22:23
B3LYP/6-31G*级别下的
http://47.98.217.61/#/detail/85623
最近例子有点多，算力有限，有点慢，望耐心 ...

感谢感谢感谢，太牛了，结果超级棒，期待您之后分享教程，另外有个小问题想问一下，我跑IRC实际是想分析电子转移过程。这种情况下我初始反应物结构不做构象搜索的话会对我分析机理产生影响吗

wzkchem5

kikisay 发表于 2023-2-9 18:13
感谢感谢感谢，太牛了，结果超级棒，期待您之后分享教程，另外有个小问题想问一下，我跑IRC实际是想分析 ...

是否需要做构象搜索和研究的是不是电子转移没有关系。我之前总结过不需要做构象搜索的3种情况：（1）分子很刚性，不算就知道只有一个优势构象，且非优势构象贡献可忽略，例如苯甲醛；（2）分子虽然不刚性，但只有那些对你计算影响不大的部分不刚性，例如离你研究的部分很远的地方有个烷基链；（3）分子虽然不刚性，但是由常识、实验或文献可明确推知优势构象长什么样，且非优势构象贡献可忽略，例如Watson-Crick碱基对。其他情形一律要做构象搜索，虽然不做也有一定几率被审稿人放过，但是客观上讲结果不可靠。

nianbin

mettlyz 发表于 2023-2-9 22:30
http://47.98.217.61/#/detail/85626
加了一个OH自由基跑的，可以参考一下

非常感谢，请问您开发的这个程序 我们可以使用吗？

nianbin

mettlyz 发表于 2023-2-9 22:23
B3LYP/6-31G*级别下的
http://47.98.217.61/#/detail/85623
最近例子有点多，算力有限，有点慢，望耐心 ...

请问如果想合作发表文章应该怎么跟您联系呢？

mettlyz

nianbin 发表于 2023-2-10 10:17
请问如果想合作发表文章应该怎么跟您联系呢？

给我发消息吧，我们看看怎么往前走。

糖糖糖豆9988

您好，消息框好像不能发送附件，我在这里发给您，麻烦您找一找，说明里是包含反应原子序号的详细信息。我重新加入了反应物输入文件和反应路径图；只有两个反应物，但是分别进行了几个不同类型的反应，麻烦您试一试，谢谢~

mettlyz

糖糖糖豆9988 发表于 2023-2-18 15:02
您好，消息框好像不能发送附件，我在这里发给您，麻烦您找一找，说明里是详细信息。谢谢~

out文件有问题，发一下gjf文件吧

mettlyz

糖糖糖豆9988 发表于 2023-2-18 15:02
您好，消息框好像不能发送附件，我在这里发给您，麻烦您找一找，说明里是详细信息。谢谢~

分别给一下每个反应的反应物和产物的gjf文件

mettlyz

糖糖糖豆9988 发表于 2023-2-18 15:02
您好，消息框好像不能发送附件，我在这里发给您，麻烦您找一找，说明里是详细信息。谢谢~

给个chemdraw图展示一下反应过程会更好

糖糖糖豆9988

mettlyz 发表于 2023-2-18 21:58
分别给一下每个反应的反应物和产物的gjf文件

我用GAUSSVIEW6.0.16能打开反应物的out文件，我把反应物的gjf文件放进去了，但是产物结构还没有优化暂时不能提供；我重新附上了反应路径图，原子编号在txt文本里有说明，谢谢您