编写了一个过渡态寻找程序，求测试例子

mettlyz · 发表于 Post on 2023-3-30 17:50:36

本帖最后由 mettlyz 于 2023-8-10 11:16 编辑

zaqxs234 发表于 2023-3-23 23:53
您好，具体反应情况如图所示，IS-->TS-->FS，参考的NC文章单分子PMS过程

双分子的
B97-3C/PWPB95/MA-DEF2-TZVPP(sp)：

https://alphacat.deepchem.cn/#/d ... 127a148b18fdf0bef09
单分子的跑不出来

zaqxs234 · 发表于 Post on 2023-3-30 18:44:00

mettlyz 发表于 2023-3-30 17:50
双分子的
B97-3C/PWPB95/MA-DEF2-TZVPP(sp)
http://47.98.217.61/#/detail/86080

太强了！单分子跑不出来是不是跑不出过渡态？产物的能量反而更高了，我自己用CINEB跑了很多次，中间就有不止一个峰，而且产物能量反而高

mettlyz · 发表于 Post on 2023-4-1 07:28:39

zaqxs234 发表于 2023-3-30 18:44
太强了！单分子跑不出来是不是跑不出过渡态？产物的能量反而更高了，我自己用CINEB跑了很多次 ...

应该是没有

mettlyz · 发表于 Post on 2023-4-3 11:22:16

本帖最后由 mettlyz 于 2023-8-10 11:19 编辑

July. 发表于 2023-3-22 21:18
您好，能否帮忙寻找一下N2O4氨解双体水催化的过渡态结构，非常感谢！老师让寻找一个10圆环结构找了很久 ...

应该是个多步反应
WB97X-D3/DEF2-SVP（opt）+PWPB95/DEF2-TZVPP（sp）
第一步：
https://alphacat.deepchem.cn/#/d ... 14db65515000ad169d1

第二步：
https://alphacat.deepchem.cn/#/d ... b9fa3bdfe6681675567

mettlyz · 发表于 Post on 2023-4-11 19:06:36

本帖最后由 mettlyz 于 2023-8-15 10:39 编辑

Tracy_forward 发表于 2023-3-30 10:23
帮忙找一下这个反应的过渡态，反应物和产物已添加到附件中

Alan_Lee · 发表于 Post on 2023-4-12 16:07:32

帮忙找一下这个反应的过渡态，反应已添加到附件中；

scau·zh · 发表于 Post on 2023-4-12 16:20:21

您好可以帮忙算一下这个环氧油酸甲酯和CO2环加成反应（以四丁基溴化铵为催化剂），分子可能比较大，基组用B3LYP/6-31G+（d,p）方法大概算一下吗

感谢~

mettlyz · 发表于 Post on 2023-4-13 18:21:57

本帖最后由 mettlyz 于 2023-8-15 10:39 编辑

Alan_Lee 发表于 2023-4-12 16:07
帮忙找一下这个反应的过渡态，反应已添加到附件中；

mettlyz · 发表于 Post on 2023-4-18 10:22:04

本帖最后由 mettlyz 于 2023-8-10 11:21 编辑

scau·zh 发表于 2023-4-12 16:20
您好可以帮忙算一下这个环氧油酸甲酯和CO2环加成反应（以四丁基溴化铵为催化剂），分子可能比较大，基组用B ...

scau·zh · 发表于 Post on 2023-4-18 10:48:04

mettlyz 发表于 2023-4-18 10:22
B3LYP/6-31G** //WB97M-V/MA-DEF2-TZVP
step1：http://47.98.217.61/#/detail/86365
step2：http://47. ...

感谢~

断舍离 · 发表于 Post on 2023-4-20 10:58:50

提示: 作者被禁止或删除内容自动屏蔽

job · 发表于 Post on 2023-5-11 16:16:08

能否找找一下这个反应的过渡态

HATRE · 发表于 Post on 2023-5-15 16:12:24

本帖最后由 HATRE 于 2023-8-15 10:30 编辑

断舍离发表于 2023-4-20 10:58
您好，是否可以找一下这个反应的过渡态，反应物和产物的坐标信息添加已添加到附件中

因之前的帐户的负责人最近比较忙，没有时间，我来帮忙回复一下，计算结果见链接：

https://alphacat.deepchem.cn/#/d ... aa2907846f69659e46a

HATRE · 发表于 Post on 2023-5-15 16:15:27

本帖最后由 HATRE 于 2023-8-15 10:32 编辑

氢氦锂11 发表于 2023-4-27 16:35
帮忙找一下我这个反应的过渡态结构和活化能的值呗，计算精度不指定，首先能找到结构就可以

这个反应自动跑出了多步过渡态，结构坐标可以在结果文件中点击复制xyz得到：

https://alphacat.deepchem.cn/#/d ... c9580b8beff93439fdb

HATRE · 发表于 Post on 2023-5-15 16:16:37

本帖最后由 HATRE 于 2023-8-15 10:34 编辑

job 发表于 2023-5-11 16:16
能否找找一下这个反应的过渡态

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[算法与编程] 编写了一个过渡态寻找程序，求测试例子