编写了一个过渡态寻找程序，求测试例子

mettlyz · 发表于 Post on 2023-3-9 08:35:00

本帖最后由 mettlyz 于 2023-8-10 11:10 编辑

Hear 发表于 2023-2-27 09:37
您好，能否帮忙测试一下OH自由基对咔唑中与N原子相连的H的抽提反应呢，我一直没能找到过渡态，想请您帮忙测 ...

计算频率的方法：WB97X-D3 DEF2-SVP RIJCOSX DEF2/J
计算能量的方法：PWPB95 DEF2-TZVPP RIJCOSX DEF2/J DEF2-TZVPP/C D3

计算结果链接：
https://alphacat.deepchem.cn/#/d ... 8e588abb41e2a13929b

mettlyz · 发表于 Post on 2023-3-9 08:37:25

本帖最后由 mettlyz 于 2023-8-10 11:11 编辑

米宝舞发表于 2023-3-2 14:15
您好，能否帮忙找一下过渡态，附件为反应物和产物，想请您帮忙测试一下，非常感谢

计算频率的方法：WB97X-D3 DEF2-SVP RIJCOSX DEF2/J
计算能量的方法：PWPB95 DEF2-TZVPP RIJCOSX DEF2/J DEF2-TZVPP/C D3

计算结果链接：
https://alphacat.deepchem.cn/#/d ... ac3a33afc3fdc92dde4

Gzh_NJ · 发表于 Post on 2023-3-11 15:25:29

您好，这是我的猜测的消除反应过程：CuTeCF3→TeCF2 +CuF，麻烦帮忙看下是否有过渡态，万分感谢，我已经尝试很久看起来是没有，反应坐标在压缩包

mettlyz · 发表于 Post on 2023-3-12 17:03:32

本帖最后由 mettlyz 于 2023-8-10 11:12 编辑

Gzh_NJ 发表于 2023-3-11 15:25
您好，这是我的猜测的消除反应过程：CuTeCF3→TeCF2 +CuF，麻烦帮忙看下是否有过渡态，万分感谢，我已经尝 ...

https://alphacat.deepchem.cn/#/d ... 483bf561ff28f93e7a4

Gzh_NJ · 发表于 Post on 2023-3-13 15:25:02

mettlyz 发表于 2023-3-12 17:03
http://47.98.217.61/#/detail/85857

万分感谢

Gzh_NJ · 发表于 Post on 2023-3-13 19:25:25

mettlyz 发表于 2023-3-12 17:03
http://47.98.217.61/#/detail/85857

您好，请教下使用的泛函和基组就是我输入文件里的吗

mettlyz · 发表于 Post on 2023-3-14 20:48:16

本帖最后由 mettlyz 于 2023-8-10 11:13 编辑

Gzh_NJ 发表于 2023-3-13 19:25
您好，请教下使用的泛函和基组就是我输入文件里的吗

之前的那个不是的。用tpssh/def2-tzvp的如下：

https://alphacat.deepchem.cn/#/d ... f498776b28daa61b888

Gzh_NJ · 发表于 Post on 2023-3-15 21:01:05

mettlyz 发表于 2023-3-14 20:48
之前的那个不是的。用tpssh/def2-tzvp的如下：
http://47.98.217.61/#/detail/85867

嗯嗯非常感谢您，这个结果跟我之前找到的是一样的，但是应该是没有消除生成CuF这个过程了，谢谢您的帮助

且行且珍惜 · 发表于 Post on 2023-3-21 17:03:30

图中反应过渡态没有找到，还希望用你们的程序算一下看看结果，谢谢

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-3-21 17:15:24

且行且珍惜发表于 2023-3-21 10:03
图中反应过渡态没有找到，还希望用你们的程序算一下看看结果，谢谢

画错了吧，碳原子数目都不守恒

且行且珍惜 · 发表于 Post on 2023-3-22 09:18:25

wzkchem5 发表于 2023-3-21 17:15
画错了吧，碳原子数目都不守恒

不好意思，确实画错了，这个是正确的

jerrybox · 发表于 Post on 2023-3-22 09:24:19

能否算一下二异丙醚的核磁氢谱看看

Alan_Lee · 发表于 Post on 2023-3-22 15:11:44

牛啊！留名，备用。

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-3-22 16:59:21

jerrybox 发表于 2023-3-22 02:24
能否算一下二异丙醚的核磁氢谱看看

这个跟过渡态搜索毫无关系。。。而且不管你是用什么溶剂测的，都极可能有实验数据，无需计算

mettlyz · 发表于 Post on 2023-3-22 19:57:48

本帖最后由 mettlyz 于 2023-8-10 11:14 编辑

且行且珍惜发表于 2023-3-22 09:18
不好意思，确实画错了，这个是正确的

B97-3C：

https://alphacat.deepchem.cn/#/d ... 66f82a8713e2a26806d

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[算法与编程] 编写了一个过渡态寻找程序，求测试例子