编写了一个过渡态寻找程序，求测试例子

朽木可自雕 · 发表于 Post on 2023-2-19 19:17:37

这个和我之前看过的一个网页很像(北京深云智合科技)

mettlyz · 发表于 Post on 2023-2-20 18:24:14

本帖最后由 mettlyz 于 2023-8-10 11:07 编辑

糖糖糖豆9988 发表于 2023-2-18 15:02
您好，消息框好像不能发送附件，我在这里发给您，麻烦您找一找，说明里是包含反应原子序号的详细信息。我重 ...

糖糖糖豆9988 · 发表于 Post on 2023-2-20 19:15:09

mettlyz 发表于 2023-2-20 18:24
用B97-3c+双杂化单点能算了两个：
http://47.98.217.61/#/detail/85713
http://47.98.217.61/#/detail/ ...

谢谢您

我用您提供的坐标作为初猜优化一下，再跑个IRC验证，再次感谢您~

mettlyz · 发表于 Post on 2023-2-20 22:37:29

糖糖糖豆9988 发表于 2023-2-20 19:15
谢谢您我用您提供的坐标作为初猜优化一下，再跑个IRC验证，再次感谢您~

用reaction coordinates栏里面过渡态的坐标吧

糖糖糖豆9988 · 发表于 Post on 2023-2-21 09:39:48

mettlyz 发表于 2023-2-20 22:37
用reaction coordinates栏里面过渡态的坐标吧

谢谢，请问您指的是结果文件中的“过渡态_0的坐标”，然后复制左上角的xyz坐标吗？我使用的是这个

xkzzkx · 发表于 Post on 2023-2-21 10:45:12

您好，我想了解一下这个氢转移过程是否有过渡态，能否帮我测试一下，感谢~

Product.gjf (2 KB, 下载次数 Times of downloads: 5)

Reactant.gjf (2 KB, 下载次数 Times of downloads: 6)

大喵说多谢 · 发表于 Post on 2023-2-21 16:32:01

膜拜大佬

mettlyz · 发表于 Post on 2023-2-24 12:00:32

本帖最后由 mettlyz 于 2023-8-10 11:08 编辑

xkzzkx 发表于 2023-2-21 10:45
您好，我想了解一下这个氢转移过程是否有过渡态，能否帮我测试一下，感谢~

M062X/def2-SVP+PWPB95/def2-svp：

https://alphacat.deepchem.cn/#/d ... 0bc949c655e4a33ce2b
产物应该不是你画的，要不是多个过渡态到你画的产物

Hear · 发表于 Post on 2023-2-27 09:37:26

您好，能否帮忙测试一下OH自由基对咔唑中与N原子相连的H的抽提反应呢，我一直没能找到过渡态，想请您帮忙测试一下，非常感谢

wszs128 · 发表于 Post on 2023-2-28 09:40:54

除了过渡态还能算什么别的东西么？

mettlyz · 发表于 Post on 2023-2-28 17:04:19

wszs128 发表于 2023-2-28 09:40
除了过渡态还能算什么别的东西么？

一般都可以算。可以在线看的包括常规的分子轨道、静电势图、光谱、核磁、反应速率等等。发光相关，例如荧光寿命重组能之类的功能正在上线中。

米宝舞 · 发表于 Post on 2023-3-2 14:15:43

您好，能否帮忙找一下过渡态，附件为反应物和产物，想请您帮忙测试一下，非常感谢

糖糖糖豆9988 · 发表于 Post on 2023-3-4 10:01:22

楼主您好，这里有一个简单的反应，但是我始终找不到TS，可以麻烦您看看吗？谢谢

大头攒毛 · 发表于 Post on 2023-3-5 21:13:18

本帖最后由大头攒毛于 2023-3-5 21:19 编辑

最近算过渡态正犯愁

大头攒毛 · 发表于 Post on 2023-3-5 21:16:07

楼主牛啊，我这有个反应，你能给算算吗？成键、断键在说明中已给出

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[算法与编程] 编写了一个过渡态寻找程序，求测试例子