编写了一个过渡态寻找程序，求测试例子

Lzw1281 · 发表于 Post on 2024-1-2 19:13:39

您好楼主请问能否帮忙找个氢转移的过渡态吗？最近一直在找但是没找到用的是B3LYP方法基组是6-31g 反应过程就是65 、11断开，62、65成键。万分感谢

HATRE · 发表于 Post on 2024-1-3 11:41:17

Sui1999 发表于 2024-1-2 17:46
你好，可以帮忙找一下这个酰胺结构在S1态的水解吗

这个结构有点奇怪，一边上C=O键上连接了个CH，另一边NH上也连了个CH？

HATRE · 发表于 Post on 2024-1-3 13:36:54

Lzw1281 发表于 2024-1-2 19:13
您好楼主请问能否帮忙找个氢转移的过渡态吗？最近一直在找但是没找到用的是B3LYP方法基组是6-31g 反应 ...

是62 65成键，还是63 65成键？

Lzw1281 · 发表于 Post on 2024-1-3 14:43:38

HATRE 发表于 2024-1-3 13:36
是62 65成键，还是63 65成键？

是62、65成键之后就是62和35断开最终形成产物甲醛

Sui1999 · 发表于 Post on 2024-1-3 21:08:05

不好意思传错了，这个结构是我用的初猜，S0态算出来了，但是S1态一直算不出来。

Walter · 发表于 Post on 2024-1-6 13:03:17

您好楼主请问能否帮忙找个自由基阴离子亲核加成反应的过渡态吗？最近一直在找但是没找到用的是m062x方法基组是6-31+g(d,p) 反应过程就是18 、7的双键断开，18、33成键。万分感谢

吴双 · 发表于 Post on 2024-1-8 11:31:05

本帖最后由吴双于 2024-5-30 22:05 编辑

您好，楼主能帮我找一下这个四元环的过渡态么，

HATRE · 发表于 Post on 2024-1-18 09:29:37

Lzw1281 发表于 2024-1-2 19:13
您好楼主请问能否帮忙找个氢转移的过渡态吗？最近一直在找但是没找到用的是B3LYP方法基组是6-31g 反应 ...

结构优化、频率计算：B3LYP/6-31G(D,P)；
单点计算：M062X,使用的基组为DEF2-TZVP；
计算结果链接：
https://alphacat.deepchem.cn/sha ... 0fab28f878c0e68d39e

wxthhh · 发表于 Post on 2024-1-18 11:07:38

楼主您好我这有两个过渡态恳请您帮忙找一下，结构很简单但是找了好久都没找到用了OPT=qst2找到的也不对一个是从Ni-2到Ni-3还有一个是从Ni-5到Ni-4 不胜感激方法用的是 m062x def2tzvp 不胜感激谢谢谢谢

Lzw1281 · 发表于 Post on 2024-1-18 11:24:27

HATRE 发表于 2024-1-18 09:29
结构优化、频率计算：B3LYP/6-31G(D,P)；
单点计算：M062X,使用的基组为DEF2-TZVP；
计算结果链接：

感谢楼主！！！

hmhao · 发表于 Post on 2024-1-18 16:18:31

mettlyz 发表于 2023-2-1 16:46
网页给一下结果：

结构优化+单点能xtb2+PWPB95/def2-TZVPP:

哇好酷我也想用来搜索一下哈哈哈哈

HATRE · 发表于 Post on 2024-1-19 13:48:21

wxthhh 发表于 2024-1-18 11:07
楼主您好我这有两个过渡态恳请您帮忙找一下，结构很简单但是找了好久都没找到用了OPT=qst2找到的也不对 ...

这个有成断键过程吗

wxthhh · 发表于 Post on 2024-1-19 15:24:08

HATRE 发表于 2024-1-19 13:48
这个有成断键过程吗

楼主您好这个是有断键的第一个从上往下看的话应该是Ni连着6、7、4和5变成只连着4和5 第二个是如果从上往下看的话应该就是由一开始Ni连着6和7变成Ni连着4、5、6和7这四个P .

HATRE · 发表于 Post on 2024-1-24 09:22:10

wxthhh 发表于 2024-1-19 15:24
楼主您好这个是有断键的第一个从上往下看的话应该是Ni连着6、7、4和5变成只连着4和5 第二个是如果从上 ...

使用B3LYP/6-31+G(D,P)，第二个TS的结果见链接，可以参考一下：
https://alphacat.deepchem.cn/sha ... 4c283e99fe623895446

HATRE · 发表于 Post on 2024-1-24 09:28:31

Sui1999 发表于 2024-1-3 21:08
不好意思传错了，这个结构是我用的初猜，S0态算出来了，但是S1态一直算不出来。

计算使用B97-3c，结果见链接，IRC和过渡态坐标分别在反应过程汇总和结果文件中可以查看：
https://alphacat.deepchem.cn/sha ... 579995ad00ace86aa57

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[算法与编程] 编写了一个过渡态寻找程序，求测试例子