编写了一个过渡态寻找程序，求测试例子

Lzw1281 · 发表于 Post on 2024-4-15 08:52:26

mettlyz 发表于 2024-4-13 21:40
这个没有变化，不需要找什么过渡态吧

您好这个是有变化的可能我给的视角您看的变化不是很明显他的变化是P5和P4由原来的窄距变得P6和P7的距离差不多了与此同时NI和羰基也向右上角发生倾斜

HATRE · 发表于 Post on 2024-4-15 09:51:30

本帖最后由 HATRE 于 2024-4-17 15:17 编辑

szy929 发表于 2024-4-1 10:21
您好麻烦您算一下这个过渡态可以吗我自己在高斯中计算时只形成新键没有断键过程不清楚是什么原因成键原子是2 26 断键原子是2 14

这个反应电荷、自旋分别是0、2吗

HATRE · 发表于 Post on 2024-4-15 09:59:04

本帖最后由 HATRE 于 2024-4-18 15:05 编辑

cym 发表于 2024-4-3 09:35
大神，麻烦帮我看看这个例子，过渡态找了很久没找到。

NH3(+2价，单重态) 解离成 NH(+1价，2重态)和H2(+ ...

暂时不支持反应物和产物不同自旋的过渡态查找

HATRE · 发表于 Post on 2024-4-15 11:26:02

JosephZhang 发表于 2024-4-12 18:02
谢谢您！但是我在打开上述四个连接时，打开后均弹出提示“Invalid uuid value”（使用校园网和手机热点打 ...

调整好了，这回可以打开了

JosephZhang · 发表于 Post on 2024-4-15 16:37:51

HATRE 发表于 2024-4-15 11:26
调整好了，这回可以打开了

好的，已经可以正常查看结果了，十分感谢您！预祝您所在团队开发的过渡态寻找程序能够早日正式发布

HATRE · 发表于 Post on 2024-4-18 09:07:57

szy929 发表于 2024-4-1 10:21
您好麻烦您算一下这个过渡态可以吗我自己在高斯中计算时只形成新键没有断键过程不清楚是什么原因成键原 ...

结构优化：B3LYP/6-31G(d,p)
单点能计算：M062X/DEF2-TZVP
结果链接供参考：
https://alphacat.deepchem.cn/sha ... 9aea531eb92f15af708

wlwlw · 发表于 Post on 2024-5-26 00:08:21

您好大佬，我是小白一个

，这些天已经研究很久但是算不出来，完成毕设需要绘制这三个物质之间的过渡态计算，从111.gif到222.gif再到333gif，谢谢大佬

wlwlw · 发表于 Post on 2024-5-30 13:32:33

您好之前论坛禁言加上我等级太低不能发私信今天才能回复您

111 222 333gif是分别是从上到下红色圈住的部分非常感谢谢谢大佬帮忙

七尺贱 · 发表于 Post on 2024-5-30 13:55:36

不知道有没有初步的可用程序，已经过去一年了

HATRE · 发表于 Post on 2024-5-30 16:16:44

wlwlw 发表于 2024-5-30 13:32
您好之前论坛禁言加上我等级太低不能发私信今天才能回复您
111 222 333gif是分别是从上到下红色圈 ...

需要详细的机理图，比如111到222结构中的OH基团怎么过来的，111到222应该不是一步过来的，中间可能有其他过程

wlwlw · 发表于 Post on 2024-5-30 16:54:34

HATRE 发表于 2024-5-30 16:16
需要详细的机理图，比如111到222结构中的OH基团怎么过来的，111到222应该不是一步过来的，中间可能有其他 ...

这个反应是甲基末端氧化生成醇、醇脱氢生成醛、最终氧化生成一元酸，二元酸。

不好意思我不是学化学专业的学生大概只能解释这些这个涉及原油中的化合物的有氧降解 OH基团按我浅薄的理解应该是来自水中

wlwlw · 发表于 Post on 2024-5-30 23:05:21

HATRE 发表于 2024-5-30 16:16
需要详细的机理图，比如111到222结构中的OH基团怎么过来的，111到222应该不是一步过来的，中间可能有其他 ...

大佬我今天学习了一下之间缺少一步反应确实很难进行计算不知道能不能算那张图从上到下开始那两步的反应也就是甲基末端氧化成羧基再氧化成醛基的反应
也就是从111gif 到我这条回复的附件z222gif再到222gif
如果可以计算的话谢谢大佬救我毕业论文

dnlx · 发表于 Post on 2024-5-31 08:37:52

wlwlw 发表于 2024-5-30 23:05
大佬我今天学习了一下之间缺少一步反应确实很难进行计算不知道能不能算那张图从上到下开始那两步的反 ...

这是有机地球化学的同行。你的导师根本不知道这个问题的水深水浅。能把其中的一步搞清楚，就可能需要半年一年的时间。专业文献和书籍基本没写单步反应途径，而且即使写了也靠不住。

我做了两年时间，知道这些碳碳键的断裂或者重排应该是碳正离子反应，如果去考虑自由基反应就要绕很长时间的弯路。而生物氧化反应很可能会有含硫的酶介入，反应步数很多，确定反应途径的难度非常大，不是摆两个结构就可以找到合理的过渡态。

wlwlw · 发表于 Post on 2024-5-31 13:01:40

dnlx 发表于 2024-5-31 08:37
这是有机地球化学的同行。你的导师根本不知道这个问题的水深水浅。能把其中的一步搞清楚，就可能需要半年 ...

天呐谢谢同行大佬谢谢解答我会把这段话转告给我导师的

谢谢希望他不要让我研究了

candicechen · 发表于 Post on 2024-6-13 11:27:17

老师您好！请问能不能帮忙找一下这个反应的过渡态？是一个加成反应，分别是38,39之间断开，38,39分别与1号成键。泛函是wb97xd，基组是6-31G（d）和lanl2dz

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[算法与编程] 编写了一个过渡态寻找程序，求测试例子