编写了一个过渡态寻找程序，求测试例子

Lzw1281 · 发表于 Post on 2024-1-24 10:31:09

HATRE 发表于 2024-1-24 09:22
使用B3LYP/6-31+G(D,P)，第二个TS的结果见链接，可以参考一下：
https://alphacat.deepchem.cn/share#/d ...

好的谢谢您冒昧问一下第一个过渡态是找不到吗？因为我自己也花了很长的时间去寻找但是没找到如果您也找不到的话我就跟我老师说第一个过渡态很难找谢谢了

HATRE · 发表于 Post on 2024-1-24 15:00:35

Lzw1281 发表于 2024-1-24 10:31
好的谢谢您冒昧问一下第一个过渡态是找不到吗？因为我自己也花了很长的时间去寻找但是没找到如果您也 ...

目前还在计算中，我最近跟进一下结果，有进展我随时回复你

Sui1999 · 发表于 Post on 2024-1-24 18:10:58

HATRE 发表于 2024-1-24 09:28
计算使用B97-3c，结果见链接，IRC和过渡态坐标分别在反应过程汇总和结果文件中可以查看：
https://alpha ...

非常感谢

Lzw1281 · 发表于 Post on 2024-1-24 20:08:16

HATRE 发表于 2024-1-24 15:00
目前还在计算中，我最近跟进一下结果，有进展我随时回复你

好的万分感谢

HATRE · 发表于 Post on 2024-1-29 09:31:57

Lzw1281 发表于 2024-1-24 10:31
好的谢谢您冒昧问一下第一个过渡态是找不到吗？因为我自己也花了很长的时间去寻找但是没找到如果您也 ...

第一个过渡态结果，使用B3LYP/6-31+G(D,P)：
https://alphacat.deepchem.cn/sha ... 810b9821c9c1365fde6

Lzw1281 · 发表于 Post on 2024-1-29 14:50:45

HATRE 发表于 2024-1-29 09:31
第一个过渡态结果，使用B3LYP/6-31+G(D,P)：
https://alphacat.deepchem.cn/share#/detail/75d530f49844 ...

您好这个过渡态好像跟我要的结构不太一样那个产物的结构应该连着4、5两个P而不是连着6和7两个P 而且Ni上的H和PH3也要换一下位置

SHZH · 发表于 Post on 2024-2-20 17:15:27

您好，帮忙找一下这个过渡态可以吗，成键6 12，断键9 12，谢谢

HATRE · 发表于 Post on 2024-2-21 15:04:46

SHZH 发表于 2024-2-20 17:15
您好，帮忙找一下这个过渡态可以吗，成键6 12，断键9 12，谢谢

计算结果见链接：
https://alphacat.deepchem.cn/sha ... 75795110f668cdb4fa0

szy929 · 发表于 Post on 2024-4-1 10:21:41

您好麻烦您算一下这个过渡态可以吗我自己在高斯中计算时只形成新键没有断键过程不清楚是什么原因成键原子是2 26 断键原子是2 14

cym · 发表于 Post on 2024-4-3 09:35:25

大神，麻烦帮我看看这个例子，过渡态找了很久没找到。

NH3(+2价，单重态) 解离成 NH(+1价，2重态)和H2(+1价，2重态)，成键原子2-3，断健应该是1-3和2-3。

万分感谢！

JosephZhang · 发表于 Post on 2024-4-8 10:15:40

您好，可以帮我找一下以下四个文件的过渡态吗？这四个文件旨在寻找溴苯酚自由基偶联的过渡态，TS1寻找C6-O22成键的过渡态，TS2寻找C4-O22成键的过渡态，TS3寻找C6-C18成键的过渡态，TS4寻找C6-C14成键的过渡态。此外，所有四个过渡态文件的反应物均为不形成任何键的两个单独的溴苯酚自由基，十分感谢！

TS1.gjf (1.54 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)

TS2.gjf (1.54 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

TS3.gjf (1.54 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

TS4.gjf (1.54 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

HATRE · 发表于 Post on 2024-4-12 17:48:53

本帖最后由 HATRE 于 2024-4-15 09:49 编辑

JosephZhang 发表于 2024-4-8 10:15
您好，可以帮我找一下以下四个文件的过渡态吗？这四个文件旨在寻找溴苯酚自由基偶联的过渡态，TS1寻找C6-O2 ...

计算结果链接：
TS1: https://alphacat.deepchem.cn/sha ... 101b1f618ca8b7a00bf
TS2: https://alphacat.deepchem.cn/sha ... 09288432429cc2e3740
TS3: https://alphacat.deepchem.cn/sha ... 0c8a31405779466475e
TS4: https://alphacat.deepchem.cn/sha ... 3fab6805787537c104b

JosephZhang · 发表于 Post on 2024-4-12 18:02:52

本帖最后由 JosephZhang 于 2024-4-15 08:43 编辑

HATRE 发表于 2024-4-12 17:48
计算结果链接：
TS1: https://alphacat.deepchem.cn/share#/detail/469b8f37218e4101b1f618ca8b7a00bf;
...

谢谢您！但是我在打开上述四个连接时，打开后均弹出提示“Invalid uuid value”（使用校园网和手机热点打开均是上述现象，切换FireFox浏览器打开后直接跳转到登陆页面，也无法看到结果），无法查看结果

，想再冒昧地问一下您，您知道这是什么原因吗？
4.15更新：今天尝试打开230l与233l的计算结果网页，均可以打开，但是TS1-TS4的计算结果依旧打不开，还是弹出之前的提示

Lzw1281 · 发表于 Post on 2024-4-13 17:09:00

本帖最后由 Lzw1281 于 2024-4-13 17:17 编辑

您好我想找一下int1到int2的过渡态已经调试结构很久了都没找到麻烦您了方法是b3lyp def2svp

mettlyz · 发表于 Post on 2024-4-13 21:40:48

Lzw1281 发表于 2024-4-13 17:09
您好我想找一下int1到int2的过渡态已经调试结构很久了都没找到麻烦您了方法是b3lyp def2svp

这个没有变化，不需要找什么过渡态吧

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