使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索

sobereva · 发表于 Post on 2019-12-9 21:15:37

hmlyz 发表于 2019-12-9 21:06
老师您好，我用win优化团簇觉得很慢想用Linux。可是按老师说的在Linux里打开终端输入./molclus后显示权限 ...

+x后头有空格
看清楚每一个空格

Jack · 发表于 Post on 2020-1-17 22:58:52

sobereva 发表于 2015-1-14 21:33
没有保存和备份chk文件的功能，因为molclus考查的只是能量。
对于完整版购买者，如果确实需要这个功能或 ...

请问，具体怎么在运行过程中保存每一个构象产生的chk文件？谢谢！

sobereva · 发表于 Post on 2020-1-18 16:38:07

Jack 发表于 2020-1-17 22:58
请问，具体怎么在运行过程中保存每一个构象产生的chk文件？谢谢！

ibkchk=1

sobereva · 发表于 Post on 2020-1-19 03:39:18

molclus今日发布了1.9.1版，兼容了2019年12月18日发布的xtb 6.3预览版。对老版本xtb不再兼容

阿甘 · 发表于 Post on 2020-2-12 05:34:59

sob老师，我在用molclus 1.9.3版本的时候，调用xTB做优化时，xTB正常结束了，但是在提取能量和坐标的时候出错了，以下是出错的信息。

*** Configuration 1 ***
Current date: 2020-02-12 Time: 05:19:39
Loading geometry 1 from the inputted geometry file
Generating xtb.xyz file...
Running xtb: xtb xtb.xyz --opt --gfn 2 --chrg 1 --uhf 0 > xtb.out
normal termination of xtb
Extracting energy and geometry from xtbopt.xyz
forrtl: severe (59): list-directed I/O syntax error, unit 10, file /share/home/ganhl/Molclus/molclus_1.9.3_Linux/xtbopt.xyz
Image PC Routine Line Source
molclus 0000000000419DDB Unknown Unknown Unknown
molclus 0000000000446D0B Unknown Unknown Unknown
molclus 000000000040A36B Unknown Unknown Unknown
molclus 0000000000404422 Unknown Unknown Unknown
libc-2.12.so 000000389541ED5D __libc_start_main Unknown Unknown
molclus 0000000000404329 Unknown Unknown Unknown

复制代码

sobereva · 发表于 Post on 2020-2-12 07:07:23

阿甘发表于 2020-2-12 05:34
sob老师，我在用molclus 1.9.3版本的时候，调用xTB做优化时，xTB正常结束了，但是在提取能量和坐标的时候出 ...

8成是xtb版本太老
目前版本molclus不支持老版本xtb
记住凡是出现此类问题，都把俩程序同时升级到最新就能解决

snljty · 发表于 Post on 2020-2-22 19:12:59

本帖最后由 snljty 于 2020-2-23 09:00 编辑

请问老师，下个版本能否加入备份ORCA振动分析后的.hess文件的功能，方便之后应用频率校正因子？谢谢您！

sobereva · 发表于 Post on 2020-2-22 22:50:01

snljty 发表于 2020-2-22 19:12
请问老师，下个版本能否加入备份ORCA振动分析后的hess矩阵的功能，方便之后应用频率校正因子？谢谢您！

下个版本加入

snljty · 发表于 Post on 2020-2-23 00:17:13

sobereva 发表于 2020-2-22 22:50
下个版本加入

辛苦老师了！

a617788816 · 发表于 Post on 2020-2-28 16:43:18

本帖最后由 a617788816 于 2020-2-29 18:22 编辑

sob老师，按照您的方法。体系34个原子含C,H.O.N.Cl，想优化结构做进一步弱相互作用计算，主要是氢键，我用了1000帧用PM6-D3级别预优化，但得到230帧的可能性太多了(是微小的几何结构偏差导致的那么多，我尝试扩大到1A，还是有60多种可能性)，原本打算是二次优化用m062x/6-311G+dp的。现在由于帧数太多，我应该降低到什么精度优化，然后再进行m062x/6-311G+dp优化呢？这样可行的吗?

sobereva · 发表于 Post on 2020-3-1 23:22:45

a617788816 发表于 2020-2-28 16:43
sob老师，按照您的方法。体系34个原子含C,H.O.N.Cl，想优化结构做进一步弱相互作用计算，主要是氢键，我用 ...

得结合能量进行判断啊，能量太高的就忽略掉就完了。
另外，这种大小的体系，就算用B3LYP-D3(BJ)/6-311G**优化60个体系也花不了多少时间。优化时候甭加弥散

注意正确书写基组，不存在6-311G+dp这种东西

a617788816 · 发表于 Post on 2020-3-2 23:50:51

本帖最后由 a617788816 于 2020-3-3 12:42 编辑

sobereva 发表于 2020-3-1 23:22
得结合能量进行判断啊，能量太高的就忽略掉就完了。
另外，这种大小的体系，就算用B3LYP-D3(BJ)/6-311G* ...

sob老师，关于弥散函数，您在谈谈弥散函数和“月份”基组 http://sobereva.com/119中提到计算弱相互作用需要加弥散，而优化过程是“计算条件允许”就加弥散，其实我目标就是寻找能量极小构象就是在m062x/6-311+G（d,p）下优化一部分结构，再进一步用may-cc-PVTZ算单点，我的体系是静电主导的弱相互作用体系，有一个21个原子的构成的阳离子，1个Cl离子，和一个12个原子构成的分子组成的符合体系，据文献查阅，类似物质的静电作用大约是100kal/mol，据您文中所言，这个体系应该算是带局部负电，需要弥散？所以我在优化的时候加上了弥散，请问我这个体系应当是需要加弥散的把？不加对我寻找能量极小构象是否有影响呢？
还有一个个小的问题，因为Gaussian满足不了我的需要了，现想改用ORCA,但是文献大多提到还是Gaussian的数据，想请问同物质，同方法，同基组，关于计算弱相互作用能以及进一步用于Multiwfn的波函数分析（AIM，范德华穿透，静电势表面等）的问题上，用不同的软件，是否有明显的区别，还具备可比性吗？

sobereva · 发表于 Post on 2020-3-3 11:06:30

a617788816 发表于 2020-3-2 23:50
sob老师，关于弥散函数，您在谈谈弥散函数和“月份”基组 http://sobereva.com/119中提到计算弱相互作用 ...

不加弥散也不会有什么大问题。但是对于发文章目的，得考虑审稿人怎么想，所以为了避免审稿人吐槽，建议给带负电的区域加上弥散
计算方式得当就不会有明显区别

happyknighthawk · 发表于 Post on 2020-5-20 21:57:10

本帖最后由 happyknighthawk 于 2020-5-20 22:05 编辑

社长，您好，isostat模块里面对于构象间的几何差异，使用的是距离矩阵之间的差异，我想请问，具体是不是这样实现的：对于两个构象，利用它们的坐标分别求出距离矩阵（A、B），然后将两个距离矩阵相减，得到另一个矩阵（C），然后再用这个矩阵（C）求RMSD，然后设定一个阈值，当两个构象求得的这个RMSD小于阈值时，就把这两个构象归到一个簇么？请问社长，是这样的么？谢谢

sobereva · 发表于 Post on 2020-5-21 07:08:38

happyknighthawk 发表于 2020-5-20 21:57
社长，您好，isostat模块里面对于构象间的几何差异，使用的是距离矩阵之间的差异，我想请问，具体是不是这 ...

把某结构的natm*(natm-1)/2个原子对的距离计算出来储存到一维数组里，从小到大排序，就构成了距离序列。通过距离序列可以判断两个结构的几何偏差。做法是让两个结构的距离序列求差并且取绝对值，其中最大的元素就是几何偏差。

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