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楼主 Author: sobereva
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[Molclus] 使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-11-20 01:42:57 | 只看该作者 Only view this author
KiritsuguPapa 发表于 2019-11-19 03:37
请问molclus能否会考虑支持一下简单并行?比如有1000个结构要跑,而1)使用的程序仅支持单核而机器有20核, 2 ...

可以用xyz2QC拆分成每一帧对应一个的输入文件,手动分到不同机子上运行就行了。之后都运行完了再合并成isomers.xyz是下个版本要提供的QC2xyz的事
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发表于 Post on 2019-12-9 21:06:03 | 只看该作者 Only view this author
老师您好,我用win优化团簇觉得很慢 想用Linux。可是按老师说的在Linux里打开终端输入./molclus后显示权限不够
然后输入chmod +x./molclus后有显示“+x./molclus后缺少操作数”请问怎么操作呢?(老师我不太熟悉Linux,只会使用Linux版gauss进行计算)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-12-9 21:15:37 | 只看该作者 Only view this author
hmlyz 发表于 2019-12-9 21:06
老师您好,我用win优化团簇觉得很慢 想用Linux。可是按老师说的在Linux里打开终端输入./molclus后显示权限 ...

+x后头有空格
看清楚每一个空格
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发表于 Post on 2020-1-17 22:58:52 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-1-14 21:33
没有保存和备份chk文件的功能,因为molclus考查的只是能量。
对于完整版购买者,如果确实需要这个功能或 ...

请问,具体怎么在运行过程中保存每一个构象产生的chk文件?谢谢!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-1-18 16:38:07 | 只看该作者 Only view this author
Jack 发表于 2020-1-17 22:58
请问,具体怎么在运行过程中保存每一个构象产生的chk文件?谢谢!

ibkchk=1
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-1-19 03:39:18 | 只看该作者 Only view this author
molclus今日发布了1.9.1版,兼容了2019年12月18日发布的xtb 6.3预览版。对老版本xtb不再兼容
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发表于 Post on 2020-2-12 05:34:59 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,我在用molclus 1.9.3版本的时候,调用xTB做优化时,xTB正常结束了,但是在提取能量和坐标的时候出错了,以下是出错的信息。
  1.                          *** Configuration     1  ***
  2. Current date: 2020-02-12   Time: 05:19:39
  3. Loading geometry         1 from the inputted geometry file
  4. Generating xtb.xyz file...
  5. Running xtb: xtb xtb.xyz  --opt --gfn 2 --chrg 1 --uhf 0 > xtb.out
  6. normal termination of xtb
  7. Extracting energy and geometry from xtbopt.xyz
  8. forrtl: severe (59): list-directed I/O syntax error, unit 10, file /share/home/ganhl/Molclus/molclus_1.9.3_Linux/xtbopt.xyz
  9. Image              PC                Routine            Line        Source            
  10. molclus            0000000000419DDB  Unknown               Unknown  Unknown
  11. molclus            0000000000446D0B  Unknown               Unknown  Unknown
  12. molclus            000000000040A36B  Unknown               Unknown  Unknown
  13. molclus            0000000000404422  Unknown               Unknown  Unknown
  14. libc-2.12.so       000000389541ED5D  __libc_start_main     Unknown  Unknown
  15. molclus            0000000000404329  Unknown               Unknown  Unknown
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-2-12 07:07:23 | 只看该作者 Only view this author
阿甘 发表于 2020-2-12 05:34
sob老师,我在用molclus 1.9.3版本的时候,调用xTB做优化时,xTB正常结束了,但是在提取能量和坐标的时候出 ...

8成是xtb版本太老
目前版本molclus不支持老版本xtb
记住凡是出现此类问题,都把俩程序同时升级到最新就能解决
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发表于 Post on 2020-2-22 19:12:59 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 snljty 于 2020-2-23 09:00 编辑

请问老师,下个版本能否加入备份ORCA振动分析后的.hess文件的功能,方便之后应用频率校正因子?谢谢您!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-2-22 22:50:01 | 只看该作者 Only view this author
snljty 发表于 2020-2-22 19:12
请问老师,下个版本能否加入备份ORCA振动分析后的hess矩阵的功能,方便之后应用频率校正因子?谢谢您!

下个版本加入
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发表于 Post on 2020-2-23 00:17:13 | 只看该作者 Only view this author

辛苦老师了!

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发表于 Post on 2020-2-28 16:43:18 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 a617788816 于 2020-2-29 18:22 编辑

sob老师,按照您的方法。体系34个原子含C,H.O.N.Cl,想优化结构做进一步弱相互作用计算,主要是氢键,我用了1000帧用PM6-D3级别预优化,但得到230帧的可能性太多了(是微小的几何结构偏差导致的那么多,我尝试扩大到1A,还是有60多种可能性),原本打算是二次优化用m062x/6-311G+dp的。现在由于帧数太多,我应该降低到什么精度优化,然后再进行m062x/6-311G+dp优化呢?这样可行的吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-3-1 23:22:45 | 只看该作者 Only view this author
a617788816 发表于 2020-2-28 16:43
sob老师,按照您的方法。体系34个原子含C,H.O.N.Cl,想优化结构做进一步弱相互作用计算,主要是氢键,我用 ...

得结合能量进行判断啊,能量太高的就忽略掉就完了。
另外,这种大小的体系,就算用B3LYP-D3(BJ)/6-311G**优化60个体系也花不了多少时间。优化时候甭加弥散

注意正确书写基组,不存在6-311G+dp这种东西
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发表于 Post on 2020-3-2 23:50:51 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 a617788816 于 2020-3-3 12:42 编辑
sobereva 发表于 2020-3-1 23:22
得结合能量进行判断啊,能量太高的就忽略掉就完了。
另外,这种大小的体系,就算用B3LYP-D3(BJ)/6-311G* ...

sob老师,关于弥散函数,您在谈谈弥散函数和“月份”基组 http://sobereva.com/119中提到计算弱相互作用需要加弥散,而优化过程是“计算条件允许”就加弥散,其实我目标就是寻找能量极小构象就是在m062x/6-311+G(d,p)下优化一部分结构,再进一步用may-cc-PVTZ算单点,我的体系是静电主导的弱相互作用体系,有一个21个原子的构成的阳离子,1个Cl离子,和一个12个原子构成的分子组成的符合体系,据文献查阅,类似物质的静电作用大约是100kal/mol,据您文中所言,这个体系应该算是带局部负电,需要弥散?所以我在优化的时候加上了弥散,请问我这个体系应当是需要加弥散的把?不加对我寻找能量极小构象是否有影响呢?
还有一个个小的问题,因为Gaussian满足不了我的需要了,现想改用ORCA,但是文献大多提到还是Gaussian的数据,想请问同物质,同方法,同基组,关于计算弱相互作用能以及进一步用于Multiwfn的波函数分析(AIM,范德华穿透,静电势表面等)的问题上,用不同的软件,是否有明显的区别,还具备可比性吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-3-3 11:06:30 | 只看该作者 Only view this author
a617788816 发表于 2020-3-2 23:50
sob老师,关于弥散函数,您在谈谈弥散函数和“月份”基组 http://sobereva.com/119中提到计算弱相互作用 ...

不加弥散也不会有什么大问题。但是对于发文章目的,得考虑审稿人怎么想,所以为了避免审稿人吐槽,建议给带负电的区域加上弥散
计算方式得当就不会有明显区别
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